Open Collections

UBC Press

Ecology of salmonids in estuaries around the world : adaptations, habitats, and conservation [Book Supplement] Levings, Colin D. 2016

Your browser doesn't seem to have a PDF viewer, please download the PDF to view this item.

Item Metadata

Download

Media
641-Levings _C_Ecology_Salmonids_Supplemental_Materials.pdf [ 2.66MB ]
Metadata
JSON: 641-1.0225821.json
JSON-LD: 641-1.0225821-ld.json
RDF/XML (Pretty): 641-1.0225821-rdf.xml
RDF/JSON: 641-1.0225821-rdf.json
Turtle: 641-1.0225821-turtle.txt
N-Triples: 641-1.0225821-rdf-ntriples.txt
Original Record: 641-1.0225821-source.json
Full Text
641-1.0225821-fulltext.txt
Citation
641-1.0225821.ris

Full Text

1  Supplemental Materials Appendix 1. Data Tables Referred to in the Book Appendix 2. Estuaries and Other Water Bodies Mentioned in the Book and Appendix 1, with Geographic Information and Coordinates Appendix 3. Estuary Primer: An Overview of Salmonids and Estuarine Ecosystems for Citizen Scientists Appendix 4. Additional Literature Consulted Appendix 5. Colour Photos Linked to Figures in the Book   2  Appendix 1 Data Tables Referred to in the Book Note: References marked with an asterisk are listed in the References section of the main book. All other references are listed in Appendix 4. Appendix Table 1.1. Salmonids known to utilize estuaries, with their geographic range (native, invaded) and conservation status as of August 2012 in selected international, national, and regional listings. Websites accessed for information on current conservation status (as of August 2012) are as follows: CDC (BC). Conservation Data Centre, Ministry of Sustainable Resource Management, British Columbia. http://www.env.gov.bc.ca/cdc/. COSEWIC. Committee on the Status of Endangered Wildlife in Canada. http://www.cosewic.gc.ca/eng/sct5/index_e.cfm. EC Habitats Directive (Annex II). Council Directive 92/43/EEC on the conservation of natural habitats and of wild fauna and flora. http://jncc.defra.gov.uk/page‐1374. ESA. Endangered Species Act (US). http://www.nmfs.noaa.gov/pr/laws/esa/. IUCN. International Union for Conservation of Nature (Red Listing category). http://www.iucnredlist.org/technical‐documents/categories‐and‐criteria. Japan. Nature Conservation Bureau, Ministry of the Environment (expands IUCN Red List model). http://www.stateofthesalmon.org/resources/endangered_listings/. OSPAR Convention. The Convention for the Protection of the Marine Environment of the North‐East Atlantic. http://www.ospar.org/. Russia. Ministry of Nature of Russia, Commission for Rare and Endangered Animals, Plants, and Fungi (expands IUCN Red List model). http://www.stateofthesalmon.org/resources/endangered_listings/. Species name (common name) Geographic range of self‐reproducing populations (from Fish Base and Groot and Margolis 1991) Conservation status CDC (BC) / COSEWIC / ESA / EC Habitats Directive / IUCN / Japan / OSPAR / Russia  Hucho perryi (Sakhalin taimen) Northwest Pacific: Hokkaido to Primorskii Krai, Russian Far East IUCN. Critically Endangered. Japan. National: Endangered. Hokkaido Prefecture: Critically Endangered. Russia. National: Category 2 (decreasing in number). 3  Oncorhynchus clarkii (cutthroat trout) North Pacific: Northern California to Prince William Sound, Alaska IUCN. Not yet assessed. CDC (BC). Blue (special concern). ESA. Threatened. Oncorhynchus gorbuscha (pink salmon) North Pacific and Arctic: Korea to Chukotka, Russia; central California to Point Barrow, Alaska; Iceland, Norway, and northwest Arctic coast of Russia IUCN. Not yet assessed.  Oncorhynchus keta (chum salmon) North Pacific and Arctic: Korea to the Laptev Sea; Monterey, California, to Mackenzie River, Northwest Territories; Chile ESA. Threatened: Columbia River, Washington‐Oregon; Hood Canal, Washington summer run. IUCN. Not yet assessed.  Oncorhynchus kisutch (coho salmon) North Pacific and Arctic: Korea to Chukotka, Russia; central California to Kotzebue Sound, Alaska. Introduced to Europe and South America (Chile). COSEWIC. Endangered: Interior Fraser River, British Columbia, population. ESA. Endangered: Central California coast. Threatened: Lower Columbia River, Washington‐Oregon, Oregon coast, Southern Oregon and Northern California coasts. IUCN. Not yet assessed. Oncorhynchus masou ishikawae (amago) Honshu Island, Japan  Nomenclature from Oohara and Okazaki 1996. Japan. National: Near Threatened (earlier nomenclature named subspecies rhodurus as near threatened). IUCN. Not yet assessed.  Oncorhynchus masou masou (masu) Northwest Pacific: Korea to Kamchatka Nomenclature from Oohara and Okazaki 1996. IUCN. Not yet assessed. Japan. National: Threatened. Russia. Khabarovsk Territory: Category 2 (decreasing in number). Northern Far East of Russia: Category 3 (rare). 4  Oncorhynchus mykiss (steelhead) North Pacific: Southern California to Kamchatka; northwest and northeast Atlantic; Argentina ESA. Endangered: Southern California. Threatened: Puget Sound, Central California coast, Snake River basin, Idaho; Upper Columbia River, Middle Columbia River, Lower Columbia River, Washington‐Oregon, Upper Willamette River, Oregon, Northern California, South‐Central California coast, California central valley. IUCN. Not yet assessed. Russia. National: Category 3 (rare). Northern Far East of Russia: Category 2 (decreasing in number). Khabarovsk Territory: Category 3 (decreasing in number). Oncorhynchus nerka (sockeye salmon) North Pacific and Arctic: Northern Japan to Chukotka, Russia; central California to Kotzebue Sound, Alaska COSEWIC. Endangered: Cultus Lake, British Columbia, population; Sakinaw Lake, British Columbia, population. ESA. Endangered: Snake River. Threatened: Ozette Lake. IUCN. Least Concern. Japan. National: Extinct: ssp. kawamurae. Hokkaido Prefecture: Critically Endangered.  Oncorhynchus tshawytscha (Chinook salmon) North Pacific and Arctic: Northern Japan to Chukotka, Russia; central California to Kotzebue Sound, Alaska; New Zealand; Chile, Argentina COSEWIC. Threatened: Okanagan River, British Columbia, population. ESA. Endangered: Upper Columbia River spring run, Washington‐Oregon; Sacramento River, California, winter run. Threatened: California coastal, Central Valley, California, spring run, Lower Columbia River Washington‐Oregon, Puget Sound, Washington, Snake River, Idaho falls and spring/summer run, Upper Willamette River, Oregon. IUCN. Not yet assessed. 5  Salmo salar (Atlantic salmon) Atlantic Ocean. North America: Connecticut to northern Québec; Europe: Portugal to Russia; Faroe Islands; Antarctic Ocean islands COSEWIC. Extinct population: Lake Ontario (2010). Endangered populations: Anticosti Island, Québec; Eastern Cape Breton, Nova Scotia; Inner Bay of Fundy, Nova Scotia; Nova Scotia Southern Upland; Outer Bay of Fundy, Nova Scotia. EC Habitats Directive (Annex II). Special Area of Conservation (freshwater only). ESA. Endangered: Gulf of Maine Distinct Population Segment (DPS). IUCN. Lower Risk/Least Concern.  OSPAR. List of Threatened and/or Declining Species, all locations where it occurs. Salmo trutta (sea trout) Atlantic Ocean: Europe (northwest coast); Caspian Sea; Black Sea; Sea of Azov. Successful invader of estuaries on all continents except Africa and Antarctica. IUCN. Least Concern. Notes on subspecies: Salmo trutta caspius, Caspian salmon. IUCN. Least Concern. Considered endangered by local authorities (see Niksirat and Abdoli 2009*). Salmo labrax, Black Sea salmon. IUCN. Least Concern. Considered endangered by local authorities (e.g., Seyhan et al. 2009). European ecotype: Rare, IUCN. Salmo trutta aralenis, sea trout from the Aral Sea, considered extinct (Ermakhanov et al. 2012). Salvelinus alpinus (Arctic char) North Atlantic Ocean, Arctic Ocean IUCN. Least Concern. Salvelinus confluentus (bull trout) Northeast Pacific Ocean  IUCN. Vulnerable. CDC (BC). Blue (special concern). ESA. Threatened (National). Salvelinus fontinalis (brook trout) Northwest Atlantic Ocean; Chile, Argentina IUCN. Not yet assessed.  Recovery programs for reduced populations of anadromous form are under way in United States (Eastern Brook Trout Joint Venture 2014*) 6  Salvelinus malma (Dolly Varden)  Northwest Pacific: Korea to Bering Sea; Arctic and Northeast Pacific: Alaska to Puget Sound CDC (BC). Blue (special concern). COSEWIC. Special Concern: Western Arctic population. IUCN. Not yet assessed. Japan. National: Near Threatened: ssp. krascheninnikovi, miyabei. Salvelinus namaycush (lake trout) Canadian Arctic Ocean  IUCN. Not yet assessed.  Salvelinus leucomaenis (White spotted char) Northwest Pacific: Korea to Bering Sea IUCN. Not yet assessed. Japan. National: Threatened local population: ssp. imbrius, japonicus.      7  Appendix Table 1.2. Fish communities in selected salmonid estuaries in the Northern and Southern Hemispheres. 1 = invasive species; n.a. = not available. Region  Habitat type Salmonids present and other species of note Sample size Sampling method and equipment Native fish families found with salmonids Invasive fish families References Northwest Pacific Ocean Bol’shaya River estuary, Russia Riverine channel Chum salmon, chinook salmon, coho salmon, pink salmon, steelhead, sockeye salmon, Dolly Varden, masu, White spotted char, starry flounder (Platichthys stellatus), flathead sculpin (Megalocottus platycephalus platycephalus), three‐ and nine‐spine stickleback (Gasterosteus aculeatus, Pungitius pungitius), Arctic rainbow smelt (Osmerus mordax dentex) 31 species, >1,000 individuals Beach seine, cast net, gillnet Agonidae Ammodytidae Cottidae Clupeidae Gadidae Gasterosteidae Osmeridae Petromyzontidae Pleuronectidae Trichodontidae None  Tokranov 1994* Northeast Pacific Ocean 8  Region  Habitat type Salmonids present and other species of note Sample size Sampling method and equipment Native fish families found with salmonids Invasive fish families References Fraser River estuary, British Columbia Riverine channel Peamouth chub (Mylocheilus caurinus), starry flounder (Platichthys stellatus), three‐spined stickleback (Gasterosteus aculeatus),  longnose (Rhinichthys falcatus) and leopard dace (R. cataractae), Chinook salmon,  largescale sucker (Catostomus macrocheilus), staghorn sculpin (Leptocottus armatus), northern squawfish (Ptychocheilus oregonensis), coho salmon, longfin smelt (Spirinchus thaleichthys), chum salmon, mountain whitefish (Prosopium williamsoni), rainbow trout, white sturgeon (Acipenser transmontanus), common carp (Cyprinus carpio),1 brown bullhead (Ictalurus nebulosus),1 black crappie (Pomoxis nigromaculatus),1 pink salmon, sockeye salmon, Dolly Varden, cutthroat trout, eulachon (Thaleichthys pacificus), white greenling (Hexagrammos stelleri) 33 species, >1,000 individuals Beach seine, gillnet Acipenseridae Ammodytidae  Clupeidae Coregonidae Cottidae Clupeidae Embiotocidae Gadidae  Gasterosteidae  Hexagrammidae Osmeridae Stichaeidae Pleuronectidae Centrarchidae Cyprinidae Ictaluridae Richardson et al. 2000* Baltic Sea 9  Region  Habitat type Salmonids present and other species of note Sample size Sampling method and equipment Native fish families found with salmonids Invasive fish families References Neva River estuary, Russia Primarily riverine channel Atlantic salmon, sea trout, steelhead,1 river lamprey (Lampetra fluviatilis L.), Atlantic vendace (Coregonus albula L.), whitefish (Coregonus lavaratus L.), Baltic vimba (Vimba vimba L.), eel (Anguilla anguilla L.), European smelt (Osmerus eperlanus L.), pike (Esox lucius L.), bream (Abramis brama L.), pike perch (Sander lucioperca L.), burbot (Lota lota L.), three‐spined stickleback (Gasterosteus aculeatus L.) nine‐spined stickleback (Pungitius pungitius L.), sterlet (Acipenser ruthenus L.),1 Siberian sturgeon (Acipenser baerii Brandt),1 four species1 of whitefish: Coregonus autumnalis migratorius Georgi, C. nasus Pallas, C. muksun, C. peled Gmelin; catfish (Catostomus rostratus Tilesius),1 carp (Cyprinus carpio L.),1 Amur sleeper (Perccottus glenii Dyb),1 flounder (Pleuronectes flesus), eelpout (Zoarces viviparous), burbot (Lota lota) 60 species  n.a.  Anguillidae Clupeidae Coregonidae Cottidae Cyprinidae Esocidae Gadidae Gasterosteidae Lotidae Osmeridae Percidae Petromyzontidae Pleuronectidae Zoarcidae Acipenseridae Catostomidae Coregonidae Cyprinidae OdontobutidaeSalmonidae  Telesh et al. 2008* 10  Region  Habitat type Salmonids present and other species of note Sample size Sampling method and equipment Native fish families found with salmonids Invasive fish families References Northwest Atlantic Miramichi River estuary, New Brunswick  Primarily riverine channels Atlantic salmon, brook trout, fundulids (Fundulus diaphanous and F. heteroclitus), sticklebacks (Gasterosteus aculeatus, Apeltes quadracus, and Pungitius pungitius), Atlantic silversides (Menidia menidia), white perch (Morone americana), golden shiner (Notemigonus crysoleucas) 47 species  Seining, trawling, trapnet Ammodytidae Anguilidae Atherinopsidae Bothidae Catostomidae Clupeidae Cottidae Cyclopteridae Cyprinidae Cryptacanthodidae Fundulidae Gadidae Gasterosteidae Ictaluridae Labridae Moronidae Osmeridae Percidae Petromyzontidae Pholidae Pleuronectidae Rajidae Scombridae Stichaeidae Stromateidae Zoarcidae None   Hanson and Courtenay 1995* Arctic and Near Arctic 11  Region  Habitat type Salmonids present and other species of note Sample size Sampling method and equipment Native fish families found with salmonids Invasive fish families References Estuaries of the Kara and Livar‐Yakha Rivers, Russia n.a.  Arctic char, Atlantic salmon, pink salmon,1 Siberian cisco (Coregonus sardinella), whitefish (Coregonus spp.), capelin (Mallotus villosus), Atlantic herring (Clupea harengus), Arctic rainbow smelt (Osmerus modax dentex), Arctic cod (Boreogadus saida), navaga (Eleginus nawaga), Arctic staghorn sculpin (Gymnocanthus tricuspis), four‐horned sculpin (Myoxocephalus quadricornis), lumpfish (Cyclopterus lumpus), Arctic flounder (Liopsetta glacialis), Arctic cisco (Coregonus autumnalis) 15 species  Mostly beach seines Clupeidae Coregonidae Cottidae Cyclopteridae Gadidae Osmeridae Salmonidae  Semushin and Novoselov 2009* Southern Hemisphere Kakanui River estuary, New Zealand Mud and sand flats, gravel Sea trout,1 steelhead,1 Chinook salmon,1 cockabullies (Tripterygion nigripenne) and common bullies (Gobiomorphus cotidianus), yellow‐eyed mullet (Aldrichetta forsteri), giant bully (Gobiomorphus gobioides), common smelt (Retropinna retropinna), short‐20 species  Beach seines, fyke nets Anguillidae CheimarrichthyidaeClupeidae Eleotridae Galaxiidae Gempylidae Geotriidae Labridae Leptoscopidae Mugilidae Salmonidae  Jellyman et al. 1997* 12  Region  Habitat type Salmonids present and other species of note Sample size Sampling method and equipment Native fish families found with salmonids Invasive fish families References finned eel (Anguilla australis), long‐finned eel (Anguilla dieffenbachii), inanga (Galaxias maculatus), black flounder (Rhombosolea retiaria) Pleuronectidae Retropinnidae Tripterygiidae    13  Appendix Table 1.3. Selected equipment used for harvesting, sampling, or observing salmonids in estuaries around the world. F = fry, S = smolts, A = adult. Number of “+” under frequency indicates common to rarely used. “+” or “–“ under life stage indicates whether or not the technique is applicable. Equipment  Frequency of use  Limitations  F  S  A  References or examples of deployment Angling  ++  Can be difficult to estimate population size –  –  +  Hvidsten et al. 2000*  Baited traps  +  Work well in low‐salinity areas +  +  –  Johnson et al. 1992  Beach seine  +++++  Effective on gently sloping soft beach substrate +  +  +  See Jaenicke et al. 1985 for deployment in pairs; Levings, McAllister, and Chang 1986;* see Tay District Salmon Fisheries Board 2014 for example of use in fishery for adults. Block net  +  Useful for enumerating density in a specific habitat +  +  +  Toft et al. 2007* Bottom (benthic) trawling,including beam trawling +  Not effective for salmonids unless water is very shallow –  +  +  Lobry et al. 2008* Nicolas et al. 2010*  Cast net  +  Often used in estuaries of the Russian Far East +  +  –  Tokranov 1994*  Dip nets  ++  Depends on visual sightings of schools +  –  –  Hiwatari et al. 2011* Electrofishing  +  Effective only in fresh water +  +  –  Friesen et al. 2007* Fixed trap, bag, weir or “pound net” ++  Used in industrial fishing –  –  +  Fixed and therefore cannot be used in distributional work; Elliott and Hemingway 2002  Fyke nets  ++++  Most effective when used in a constrained area, e.g., tidal creeks, but can also be used to capture fish moving along a shoreline +  +  +  Craig et al. 1985; Hanson and Courtenay 1995;* Levy and Northcote 1982*  Gillnets  +++  Effectiveness varies with mesh size –  +  +  Fraser et al. 1982;* Levy and Levings 1978*  14  Equipment  Frequency of use  Limitations  F  S  A  References or examples of deployment Inclined plane traps +  Most effective when tides and river currents are strong enough to move fish over the trap screen +  +  –  Bussanich et al. 2009  Pole seine  +++  Most effective when used in a constrained area, e.g., tidal creek +  +  –  Maier and Simenstad 2009* Portable beach with beach seine +  Useful in very shallow water; consists of two plywood sheets hinged over a small shallow‐draft boat +  +  –  Macdonald 1984* Purse seining  +++  Difficult to use in shallow water +  +  –  Argue et al. 1986; Johnsen and Sims 1973; Levings 1982*  Push net  +  Used for juvenile Chinook salmon +  +  –  Raquel 1996 Snorkel or scuba  +++  Effectiveness limited by turbidity and species identification problems +  +  +  Haggarty 2001; Iwata and Komatsu 1984;* Macdonald et al. 1987;* Toft et al. 2007* Sonar  +  Extensive calibration required –  –  +  Gerasimov et al. 2004; Xie et al. 2005* Stake net  +  Historically used in the Tay River estuary, Scotland –  –  +  Tay District Salmon Fisheries Board 2014 Surface or mid water trawling +++  Difficult to operate vessels in estuarine channels +  +  –  Hvidsten et al. 1992; Levings 2004;* Magie et al. 2010 Video camera  +  Water clarity  –  +  –  Borgstrøm et al. 2010; Sonoma County Water Agency 2014    15  Appendix Table 1.4. Selected equipment or method used to tag, mark, or identify salmonids in estuaries. F = fry, S = smolts, A = adult. Number of “+” under frequency indicates common to rarely used. “+” or “–“ under life stage indicates whether or not the technique is applicable. Equipment  Frequency of use  Limitations  F  S  A  References or examples of deployment Hydroacoustic tags + +  Technology is steadily improving but limited for fry due to size; needs to be inserted in body cavity –  +  +  Chittenden et al. 2008;* Harnish et al. 2012;* McMichael et al. 2010, 2013; Rechisky et al. 2012;* Solomon and Potter 1988* PIT tags  ++  Recent advances in technology have helped reduce salinity effects for detection; needs to be inserted in body cavity –  +  +  Used to investigate cutthroat trout and Chinook salmon movements in an estuary  (Hering et al. 2010;* Krentz 2007*) Fin clips  ++  May harm fish in some circumstances +  +  +  Mason 1974 Floy tag, Carlin tag +  Other types of dart or skin‐inserted tags are also used –  –  +  Smith and Smith 1997* Dye marking  + +  Works well in low‐salinity areas +  +  –  Levy et al. 1982* Fluorescent grit spray +  May harm fish in some circumstances +  +  –  Levings et al. 1983     16  Appendix Table 1.5. Representative growth data (ranges) for juvenile or sea‐run salmonids in estuaries (mm • d‐1). Where available, specific growth rate (SGR) data are also given. Method for growth estimation is indicated by superscripted numbers: 1 = marked or tagged fish; 2 = scales or otoliths; 3 = change in length over time; 4 = includes older age classes of repeat sea‐run migrants. Species  Growth rate (mm • d–1) or percent for SGR Location  Comments  References Arctic char1, 4  1.03–1.49 SGR 1.4–1.5 Northern Norway, Svalbard Includes coastal habitat; post‐smolts and older fish Finstad and Heggberget 1993; Gulseth and Nilssen 2001; Rikardsen et al. 2000* Atlantic salmon3, 2 0.23–2.03  Newfoundland and Labrador; Russia; Québec Parr, smolts  Cunjak 1992;* Kazakov 1994;* Power 1969*   Brook trout1, 2, 4   0.03–0.66 SGR  0.08–0.42 Rivers on Cape Cod, Massachusetts; Sainte Marguerite River estuary, Québec;  Lac Guillaume‐Delisle, Québec.  1 and 2 years old  Dutil and Power 1980; Mullan 1958; Morinville and Rasmussen 2003; Thériault and Dodson 2003 Bull trout3, 4  1.2   Puget Sound, Washington Likely includes coastal habitat; post‐smolts and older fish Goetz et al. 2004 Chinook salmon1, 2 0.07–1.32   Oregon, California, British Columbia Fry, pre‐smolts  Healey 1991;* Reimers 1973;*  MacFarlane 2010;* Volk et al. 2010* Chum salmon1  0.84–1.13   Hokkaido, Japan  Hatchery fish, includes coastal habitat Mayama 1985 Chum salmon3  0.5–1.0   British Columbia; Sakhalin Island, Russia Fry  Healey 1980b;* Karpenko 2003*  Coho salmon1  0.25–0.44  British Columbia, Oregon Fry  Atagi 1994; Miller and Sadro 2003* Cutthroat trout4 0.45–28 SGR   Oregon  2‐ and 3‐year‐old fish Zydlewski et al. 2009  0.83–1.5   Oregon  1‐4‐year‐old fish  Johnson 1982; Tomasson 1978 17  Species  Growth rate (mm • d–1) or percent for SGR Location  Comments  References Dolly Varden2  0.5–2.4  Chukchi region, Russia Northern form; post‐smolts and older fish Chereshnev et al. 1989;  Gudkov 1995 Amago3   0.44  Honshu, Japan  Smolts  Kato 1991  Masu 3  1.85  Hokkaido, Japan  Smolts  Kato 1991  Pink salmon3  1.33   Alaska  An outlier for pink salmon estuarine growth Murphy et al. 1988*  Sea trout2  0.4–0.6  Ireland, Argentina, Norway, Netherlands Includes coastal habitat Fahy 1985; O’Neal and Stanford 2011* and references therein Sockeye salmon3 0.44   British Columbia, Russia Fry  Birtwell et al. 1987;* Bugaev and Karpenko 1984*  Steelhead1  0.43–0.78  California  Fry and parr  Hayes et al. 2008*  Sakhalin taimen3, 4 1.1–1.5   Sakhalin Island, Russia; Hokkaido, Japan Post‐smolts and older fish Gritsenko et al. 1974;* Kawamula et al. 1983 Whitespotted char1, 2, 4 0.85–2.8  Hokkaido, Japan; north coast Okhotsk Sea, Russia Includes coastal habitat; post‐smolts and older fish Gudkov 1992; Takami et al. 1996     18  Appendix Table 1.6. List of estuarine salmonids showing gradients in their physiological response to increased salinity as they move from the river to the estuary and ocean. + indicates species with kelts, sea‐run migrants; Chinook salmon and masu are included as they may have malture male parr that may survive and breed again (Fleming 1998*).  Species  Distinct parr‐smolt transformation? Example of life history type or location of specialized form benefiting from estuary residence Comments  Reference Amago   Yes  Precocious male parr  Smolts enter the estuary in autumn when estuarine waters are cooler.  Nagahama et al. 1982; Ueda et al. 1983. Arctic char+  Yes, but exceptions Population in the Skibotn River estuary, Norway, overwinters in the estuary. Strategy may enable the populations to avoid low‐temperature issues related to salinity toxicity. Jensen and Rikardsen 2008* Atlantic salmon+ Yes, but exceptions Parr: Western Arm Brook estuary, Newfoundland and Labrador; Severn River estuary, England; Frome River; England  Smolts: Varzuga River estuary, Russia  Smolts to adults: Koksoak River estuary, Québec; Nastapoka River estuary, Québec;  Nabisipi River estuary, Québec; Freshwater River, Newfoundland and Labrador Parr may move back into river for overwintering. Smolts at Nabisipi River and Koksoak River estuaries, Québec, were exceptionally large. Birt et al. 1990; Claridge and Potter 1994;* Cunjak et al. 1989;* Kazakov 1994;* Lee and Power 1976; Morin 1991; Pinder et al. 2007; Robitaille et al. 1986* Brook trout+  Yes, but exceptions Small age 1+ in Petite Cascapédia River estuary, Québec; older fish in St‐Jean River estuary, Québec Found overwintering in upper estuary. Castonguay et al. 1982; Curry et al. 2010*  Bull trout+  Yes  Possibly Hoh River, Washington Data on osmoregulation of the Brenkman and Corbett 2007 19  Species  Distinct parr‐smolt transformation? Example of life history type or location of specialized form benefiting from estuary residence Comments  Reference   anadromous form of bull trout could not be found but there is demonstrated estuarine use by the species (Hoh River, Washington). Chinook salmon+ Yes for river type and minijacks, but not for fry or subyearlings of ocean type life history found in many estuaries Campbell River estuary, British Columbia; Nanaimo River estuary, British Columbia; Salmon River estuary, Oregon; Sacramento River estuary, California; Columbia River estuary, Washington‐Oregon The ability to rear in the estuary has been established for numerous populations and appears to be a resilient trait for coastal stocks; minijacks in Columbia River estuary are inferred from scale patterns; Bol’shaya River estuary, Russia. Argue et al. 1979; Healey 1980a;* Hering et al. 2010;* Johnson et al 2012;* Levings et al. 1986;* Miller et al. 2010;* Roegner et al. 2012;* Lister and Walker 1966; Leman and Chebanova 2005* Chum salmon No  n.a.  Requires a variable period of adaptation to low‐salinity water. Iwata and Komatsu 1984;* Salo 1991; Uchida and Kaneko 1996 Coho salmon  Yes for many coho salmon populations, but not for fry of “nomad” or fall migration life history type found in several estuaries or spring migrating “pre‐smolts” Winchester Creek estuary, Oregon; Carnation Creek, British Columbia; Avacha River estuary, Russia; two estuaries in Washington  Fry may overwinter in upper estuary or stream or move to the ocean in the fall. Miller and Sadro 2003;* Hoem Neher et al. 2013; Koski 2009;* Roni et al. 2012 ; Tschaplinski 1982;* Varnavsky et al. 1992* Cutthroat trout+ Yes, but possible exceptions n.a.  Some populations migrate to coastal habitats while others move further out in the ocean. Trotter 1989; Zydlewski et al. 2009 20  Species  Distinct parr‐smolt transformation? Example of life history type or location of specialized form benefiting from estuary residence Comments  Reference Dolly Varden+ Yes, but exceptions Southern form of Dolly Varden (e.g., Deer Track Creek, Alaska); northern form of Dolly Varden (e.g., several estuaries in Russia) About 20% of smolts did not meet the seawater challenge and may have been still in the parr stage; “thousanders” rear in the estuary for 2–4 months before migrating to the river for overwintering and finally migrating to the ocean the next spring. Johnson and Heifetz 1988; Pavlov and Savvaitova 2008* Lake trout+  Yes  Estuary of a stream draining Nauyuk Lake, Nunavut Now known to be an anadromous species that migrates to the estuary at very old age (13 years); this species has the potential to osmoregulate in 10–20 psu estuarine waters. Hiroi and McCormick 2007; Swanson et al. 2010*  Masu +  Yes  Razdol’naya River estuary, Russia Variation in size and age that juvenile males of various life history types use the estuary Tsiger et al. 1994; Miyakoshi et al. 2001 Pink salmon  No  n.a.  Ability to excrete salt is attained at an early age without a distinct freshwater life history stage Grant et al. 2009 Sea trout+  Yes, but exceptions Populations in the Skibotn River estuary, Norway, and the Ponoi River estuary, Russia, overwinter in the estuary; parr from streams on Gotland, Sweden (Baltic Sea) rear in estuary. Strategy may enable northern populations to avoid low‐temperature issues related to salinity toxicity. Elliott and Chamber 1996; Jensen and Rikardsen 2008;* Limburg et al. 2001; Lukin and Krylova 2010  Sockeye salmon Yes for the lake rearing sockeye Several estuaries in the Northeast and The ability to rear in low‐salinity water in Birtwell et al. 1987;* Bugaev 21  Species  Distinct parr‐smolt transformation? Example of life history type or location of specialized form benefiting from estuary residence Comments  Reference salmon, but not for fry of “sea type” life history type found in several estuaries. NorthwestPacific. the upper estuary has been established for several populations and appears to be a resilient trait for coastal stocks. 2004;* Bugaev and Karpenko 1984;* Wood et al. 2008* Steelhead+  Yes, but exceptions Klamath River estuary, California; Scott Creek estuary, California; and several estuaries in Russia Parr migrate between the estuary and stream; “half‐pounders” rear in the estuary for 2–4 months before migrating to the river for overwintering and finally migrating to the ocean the next spring. S.A. Hayes et al. 2011b;* Hodge et al. 2014;* Kesner and Barnhart 1972; Savvaitova et al. 2005  Sakhalin taimen+ Yes  n.a.    Honda et al. 2010 White‐spotted char+ Yes but exceptions Several estuaries in Russia “Thousanders” rear in the estuary for 2–4 months before migrating to the river for overwintering and finally migrating to the ocean the next spring. Pavlov and Savvaitova 2008*     22  Appendix Table 1.7. Summary of industrial harvesting, recreational fishing, ocean ranching, and aquaculture for estuarine salmonids, with comments on present and past stock levels and ocean ranching/aquaculture practices. Species  Harvest status/general stock assessment in estuaries Ocean ranching and aquaculture in estuaries References Amago   Commercial and recreational fisheries are conducted, but the species is considered overexploited. Ocean ranching: extensive hatchery/ocean ranching programs are a concern for the maintenance of wild populations. Fisheries: Hamai et al. 1996; Kato 1991  Ocean ranching: Kato et al. 1982; Kawamura et al. 2012* Arctic char  Targeted for commercial, subsistence and recreational fisheries in Arctic and subarctic estuaries in the Northern Hemisphere. Worldwide catch estimated at 3000 t in 1995. Aquaculture: In 2008 about 1.7 • 103 were cultured on the Norwegian coast. Norway and Iceland cultured 800 and 300 t, respectively, in 1993.  Ocean ranching: potential, but large variation in return rate. Fisheries: Dempson et al. 2004; Johnson 1980; Johnson and Burns 1984; Maitland 1995; Roux et al. 2011  Aquaculture: Directorate of Fisheries 2009; Heasman and Black 1998; Sæther et al. 2013  Ocean ranching: Moksness 2008 Atlantic salmon  Commercial, subsistence, and recreational; abundance is very reduced and estuarine harvesting has been curtailed in many countries. Ocean ranching: 96% are hatchery‐reared (2009); in some areas, only ocean‐ranched fish can be retained.  Aquaculture: one of the most widespread cultured salmon in the world; the species is cultured in sea pens in coastal zones of Norway, Scotland, Ireland, Canada, United States, Chile, New Zealand, and Australia, but many operations are not within the estuary proper because of low growth rates in reduced salinities. Fisheries: Elliott and Hemingway 2002;* Mills 2003; Pascual et al. 2009  Ocean ranching: Whoriskey 2009*  Aquaculture: 1.4 M t produced worldwide in 2010 (Food and Agriculture Organization of the United Nations, 2014*) Brook trout  Subsistence fisheries in subarctic northwest Atlantic estuaries, e.g., Aquaculture: extensive experimentation concluded that brook trout were not Aquaculture: Naiman et al. 1987  23  Species  Harvest status/general stock assessment in estuaries Ocean ranching and aquaculture in estuaries References 15,500 kg • y–1 in Koksoak River estuary, Québec in the 1970s. Estuarine brook trout recreational fisheries from Newfoundland and Labrador to Massachusetts. suitable for marine or estuarine culturing.  Ocean ranching: stocking of sea‐run brook trout “salters” conducted In several states on the northeast coast of the United States and experimentally on Prince Edward Island, Canada. In some areas, only ocean‐ranched fish can be retained. Fisheries: Berkes and Freeman 2011 for subsistence fishery; Northern Québec Inuit Association 1976, in Power 1980  Recreational fishery: Prince Edward Island: Saunders and Smith 1964; Maine: Bonney 2009; Massachusetts: Saunders et al. 2006,* Eastern Brook trout Joint Venture 2014* Bull trout  Bycatch in estuarine gillnet fisheries for other salmonids. n.a.  Brenkman and Corbett 2005, 2007 Chinook salmon  Commercial, subsistence, and recreational; abundance is severely reduced, especially in southern part of the range. Ocean ranching: extensive hatchery/ocean ranching programs all along the west coast of North America. In 1990, about 400 million passed through estuaries in that region. In some areas only ocean‐ranched fish can be retained.  Aquaculture: cultured in fjords and coastal zone in British Columbia, New Zealand, and Chile, but many operations are not within the estuary because of low growth rates in reduced salinities. Fisheries: Department of Fisheries and Oceans 1995;* Fraser et al. 1982*   Ocean ranching: Mahnken et al. 1998  Aquaculture: Correa and Gross 2008* Chum salmon  Commercial, subsistence, and recreational.  Ocean ranching: extensive hatchery/ocean ranching programs along the west coast of North America and in Asia, especially Japan.  Fisheries: Department of Fisheries and Oceans 1995; Novomodny et al. 2004*  Ocean ranching: Kaeriyama and Edpalina 2008;* Ruggerone and 24  Species  Harvest status/general stock assessment in estuaries Ocean ranching and aquaculture in estuaries References Nielsen 2004; Ruggerone and Connors 2015* Coho salmon   Commercial, subsistence, and recreational; abundance is severely reduced especially in southern part of the range; bycatch with more abundant species such as chum salmon and pink salmon is an issue in some areas. Ocean ranching: extensive hatchery/ocean ranching programs along the west coast of North America; in some areas only ocean‐ranched fish can be retained.  Aquaculture: cultured in fjords and coastal zone in British Columbia, New Zealand, and Chile, but many operations are not within the estuary because of low growth rates in reduced salinities. Fisheries: Buchanan et al. 2002;* Fraser et al. 1982;* Sandercock 1991; Vincent‐Lang et al. 1993*  Ocean ranching: Mahnken et al. 1998  Aquaculture: Food and Agriculture Organization 2014;* Sasaki et al. 2002; Soto et al. 2001;* Pascual et al. 2009 Cutthroat trout  Bycatch in commercial fishing; targeted in recreational fisheries. Ocean ranching: enhancement programs in British Columbia, Washington, and Oregon have hatchery programs for rearing and releasing smolts. In some areas only ocean‐ranched fish can be retained. Fisheries: Duffy and Beauchamp 2008;* Krentz 2007*  Dolly Varden  Subsistence and recreational fisheries; abundance very reduced in some regions of Northeast Pacific so recreational fishery is catch and release only. n.a.  Fisheries: Andreev and Skopets 2003; British Columbia Ministry of Forests, Lands and Natural Resource Operations 2015;* Department of Fisheries and Oceans 2001; Stephenson 2003; Tiller 2013; Zolotukhin 2003a. Lake trout  Likely subsistence and recreational fisheries in estuaries in Nunavut. n.a.  n.a. Masu  Commercial (mostly gillnet and traps) and recreational fisheries are conducted, but the species is considered overexploited. Ocean ranching: extensive hatchery/ocean ranching, e.g., 10 M stocked in Japan during 2000  Aquaculture: some Fisheries: Ando and Miyakoshi 2003; Zolotukhin 2003a  Ocean ranching: Morita et al. 2006; Miyakoshi et 25  Species  Harvest status/general stock assessment in estuaries Ocean ranching and aquaculture in estuaries References experimental pen rearing in coastal waters. al. 2001  Aquaculture: Ohta et al. 1988 Pink salmon  Commercial, subsistence, and recreational; this species is one of the most abundant in estuarine fisheries in the Northeast and Northwest Pacific. Ocean ranching: extensive hatchery/ocean ranching programs along the west coast of North America and in Asia, especially Japan. Fisheries: Pacific Salmon Commission 1999; Zolotukhin 2003b  Ocean ranching: Ruggerone and Nielsen 2004; Ruggerone and Connor 2015* Sakhalin taimen  Previously targeted; now overfished and bycatch in industrial fishing. Targeted in recreational fisheries, especially in Kamchatka estuaries. n.a.  Fisheries: Edo et al. 2005; Fukushima et al. 2011* Sea trout  Commercial fisheries were conducted historically, e.g., catches in Caspian Sea estuaries were 1,100 t in 1940, decreasing to 9 t by 1999.   Recreational: sea trout are the target for sport fishers in many salmonid estuaries of the Northern and Southern Hemispheres. Ocean ranching: hatchery/ocean ranching programs are conducted in European countries and some states in US on the northwest Atlantic; broodstock development using eggs from reconditioned kelts has also been tested.  Aquaculture: the species has been considered for coastal net pen rearing in a number of European countries (and in the Caspian Sea), but this species is apparently not widely used for aquaculture. Fisheries: Faschevsky 2004; Fisher and Vallance 2010; Harris and Milner 2006;* O’Neal and Stanford 2011;* Poole et al. 1994; Rikardsen et al. 2007;* Veinott et al. 2012  Ocean ranching: Mitchell 2003;* Ruzzante et al. 2004; Serrano et al. 2009 Aquaculture: Dorafshan et al. 2008; Quillet et al. 1992 Sockeye salmon  Commercial because of high value as food, sockeye salmon fisheries in estuaries are perhaps the most intensively managed salmonid fisheries in the world (mostly gillnets and traps). Ocean ranching: limited hatchery/ocean ranching programs and some conservation hatcheries. Fisheries: Burgner 1991; Hilborn et al. 2003; Berman et al 1997  Ocean ranching: Zaporozhets and Zaporozhets 2012* 26  Species  Harvest status/general stock assessment in estuaries Ocean ranching and aquaculture in estuaries References  Recreational: throughout the estuary. Steelhead  Recreational fisheries for steelhead usually located upstream of estuaries; bycatch of steelhead in commercial fisheries for other species is a problem and techniques are being tested to prevent accidental catch. Ocean ranching: extensive hatchery/ocean ranching in California, Oregon, Washington, and British Columbia (e.g., 15.4 M smolts released to Columbia River, Washington‐Oregon in 2010). In some areas, only ocean‐ranched fish can be retained.  Aquaculture: the non‐anadromous form (rainbow trout) is cultured in sea pens in coastal zones (Scotland, Ireland, Canada, United States, Chile, Denmark, New Zealand, Norway, Australia and other countries, but typically operations are not within the estuary because of low growth rates in reduced salinities. Fisheries: Cox‐Rogers 1994; Department of Fisheries and Oceans 2001*  Aquaculture: Food and Agriculture Organization of the United Nations 2014;* Pedersen 2000; Porter 2000; Skilbrei 2002; Soto et al. 2001* White spotted char Commercial (mostly gillnet and traps) (e.g., annual commercial catch of 30 t at estuaries around the Sea of Okhotsk in 1992) and recreational fisheries are conducted but the species is considered overexploited; poaching reported as a problem. n.a.  Fisheries: Gudkov 1992; Zolotukhin 2003a.    27  Appendix Table 1.8. Selected indicators of contaminants in the salmonid estuary (adapted from Sanchez and Porcher 2009*). Biomarker  (from Sanchez and Porcher 2009*) Related function  Example of application to assess effects of exposure to contaminants in salmonids References Ethoxyresorufin‐O‐deethylase (EROD) Detoxification enzyme  Dioxin from pulp mill effluent Rogers et al. 1989 Acetylcholinesterase activity (AChE)  Indicator of reduced neural (brain) function Pesticides  Laetz et al. 2009 Vitellogenin (VTG)  Indicator of egg development rate Flame retardants  Boon et al. 2002 Metallothionein (MT)  Detoxification enzyme  Heavy metals  Dang et al. 2001 Amino‐levulinic acid dehydratase (ALAD)  Enzyme for hemoglobin synthesis; reduced levels affect brain function Heavy metals  Heier et al. 2009 DNA damage  Genetic damage to somatic (e.g., red blood cells) and germ (e.g., spermatocytes) cells. Pesticides and heavy metals Dhawan et al. 2009 Lysozyme activity  Immune response and skin mucus production to help shed disease organisms Stress response to disease caused by various pollutants Skinner et al. 2010 Macrophage aggregate Immune response that stimulates growth of specific melanin‐producing cells (sometimes melanin‐producing cells sequester bacteria) Stress response to various pollutants, but may not be specific Agius and Roberts 2003    28  Appendix Table 1.9. General summary of seasonal occurrence of various life stages of salmonids in estuaries. n. a. = not applicable. Season/ life stage Spawning  Alevin  Fry  Parr  Smolt or pre‐smolt Adult Spring  n.a.  If spawning grounds are a short distance above the estuary (especially noted for Oncorhynchus spp.) Extensive use by chum and pink salmon; population‐specific use by Chinook and coho salmon Population‐specific use by Atlantic salmon, Chinook salmon, and steelhead Extensive use by all taxa Extensive use by spring Chinook salmon, kelts from Salmo, Salvelinus, and Hucho spp. Summer  n.a.  n.a.  Population‐specific use by Chinook salmon Population‐specific use by Chinook and Atlantic salmon Extensive use by all taxa Population‐specific use by all taxa Autumn  Pink and chum salmon in British Columbia, Alaska, and Russia n.a.  n.a.  Population‐specific use by Chinook and Atlantic salmon Population‐specific use by Chinook and Atlantic salmon Extensive use by all taxa Winter  Incubation of pink and chum salmon eggs n.a.  n.a.  n.a.  Population‐specific use by Chinook salmon Population‐specific use by Chinook salmon, Arctic char, and Atlantic salmon  29  Appendix 2 Estuaries and Other Water Bodies Mentioned in the Book and Appendix 1, with Geographic Information and Coordinates Name, geopolitical area, latitude, and longitude of estuaries and other water bodies mentioned in the book and appendices are shown below. Coordinates were found using Google Maps and itouchmap.com. An explanation of the various geopolitical units is given at the end of the list. River/estuary  Location Latitude  Longitude Aberdeenshire Dee River estuary  Aberdeenshire, Scotland  N 57° 08′ 29  W 002° 05′ 39 Åbjora River system (the Å River)  Nordland, Norway  N 65° 01′ 29  E 012° 45′ 58 Adam River estuary  British Columbia, Canada  N 50° 27′ 58  W 126° 17′ 10 Akaroa Harbour  Canterbury District, New Zealand S 43° 48′ 14  E 172° 58′ 56 Alouette River  British Columbia, Canada  N 49° 15′ 53  W 122° 42′ 28 Alsea River estuary  Oregon, United States  N 44° 25′ 21  W 124° 04′ 51 Altafjord  Finnmark County, Norway  N 70° 12′ 00  E 023° 06′ 00 Amu‐Darya River estuary  Karakalpakstan, Uzbekistan  N 43° 40′ 00  E 059° 01′ 00 Amur River estuary  Khabarovsk Krai, Russia  N 52° 55′ 48  E 141° 09′ 36 Anapka River estuary  Kamchatka Krai, Russia  N 60° 10.5′ 00"  E 165° 03′ 00" Aral Sea  Uzbekistan and Kazakhstan  N 45° 00′ 00"  E 60° 00′ 00 Ashida River estuary  Hiroshima Prefecture, Japan  N 34° 26′ 16  E 133° 24′ 03 Aurland River estuary  Sogn og Fjordane, Norway  N 61° 02′ 47  E 007° 01′ 30 Avacha River estuary  Kamchatka Krai, Russia  N 53° 01′ 30  E 158° 31′ 00 Avon River estuary  Southwest England Region, England N 50° 43′ 47  W 001° 46′ 22 Aysén Fjord  Aysén Region, Chile  S 45° 26′ 22"  W 072° 55′ 43" Bekanbeushi River estuary (Akkeshi Lagoon) Hokkaido Prefecture, Japan  N 43° 05′ 52  E 144° 52′ 46 Bella Coola River estuary  British Columbia, Canada  N 52° 22′ 49  W 126° 46′ 22 Beaufort Sea  Alaska, United States  N 71° 45′ 41  W 146° 03′ 07 Big Qualicum River estuary  British Columbia, Canada  N 49° 23′ 56  W 124° 36′ 31 30  River/estuary  Location Latitude  Longitude Bogataya River estuary  Sakhalinskaya Oblast, Russia  N 49° 59′ 46  E 143° 59′ 17 Bol‘shaya River estuary  Kamchatka Krai, Russia  N 52° 43′ 16  E 156° 13′ 03 Bras d’Or Lakes  Nova Scotia, Canada  N 45° 48′ 40  W 060° 49′ 41 Britannia Creek estuary  British Columbia, Canada  N 49° 37′ 33  W 123° 12′ 25 Campbell River estuary  British Columbia, Canada  N 50° 02′ 28  W 125° 15′ 39 Carnation Creek estuary  British Columbia, Canada  N 48° 54′ 49  W 125° 00′ 15 Carneros Creek estuary  California, United States  N 38° 13′ 18  W 122° 18′ 40 Caspian Sea  Azerbaijan, Russia, Kazakhstan, Turkmenistan, and Iran N 41° 22′ 37  E 050° 48′ 03 Chehalis River estuary  Washington, United States  N 46° 57′ 29  W 123° 50′ 04 Chesapeake Bay  Maryland and Virginia, United States N 37° 43′ 63  W 76° 07′ 56 Clowholm River estuary  British Columbia, Canada  N 49° 42′ 43  W 123° 32′ 05 Columbia River estuary  Washington‐Oregon, United States N 46° 14′ 39  W 124° 03′ 28 Connecticut River estuary  Connecticut, United States  N 41° 17′ 38  W 72° 22′ 57 Cook Inlet  Alaska, United States  N 60° 52′ 29  W 151° 44′ 47 Cosumnes River  California, United States  N 38° 21′ 51  W 121° 19′ 59 Cowichan River estuary  British Columbia, Canada  N 48° 45′ 43  W 123° 37′ 40 Clyde River estuary  West Central Lowlands, Scotland N 55° 53′ 00  W 004° 56′ 14 Cromarty Firth  Ross and Cromarty, Highland, Scotland N 57° 10′ 47  W 004° 05′ 55 Danube River estuary  Romania‐Ukraine  N 45° 20′ 00  E 029° 40′ 00 Deer Track Creek estuary  Alaska, United States  N 56° 01′ 31  W 133° 16′ 25 Deseado River estuary  Santa Cruz, Argentina  S 47° 45′ 39  W 065° 53′ 56 Dieset River estuary  Svalbard County, Norway  N 79° 11′ 00"  E 011° 12′ 00" Dnieper River  Khersons Oblast, Ukraine  N 46° 30′ 00  E 032° 18′ 00 Dordogne River  Aquitaine Region, France  N 45° 02′ 43"  W 000° 36′ 21" Douro River estuary  Norte Region, Portugal  N 41° 08′ 33"  W 008° 39′ 37" Duwamish River estuary  Washington, United States  N 47° 34′02  W 122° 20′ 54 31  River/estuary  Location Latitude  Longitude Eachaig River estuary  Argyll and Bute County, Scotland N 56° 02′ 19"  W 004° 59′ 05" Esk River estuary  Yorkshire and Humber, England N 54° 29′ 33"  W 000° 36′ 44" Forth River estuary  Fife Region – Lothian Region, Scotland N 56° 08′ 16  W 002° 43′ 34 Fowey River estuary  South West Region, England  N 50° 21′ 02  W 004° 37′ 59 Fraser River estuary  British Columbia, Canada  N 49° 06′ 58  W 123° 11′ 09 Freshwater Creek estuary  Nunavut, Canada  N 69° 07′ 07  W 105° 03′ 11 Frome River estuary  Southwest England Region, England N 50° 41′ 18"  W 002° 04′ 51" Garonne River  Aquitaine Region, France  N 45° 01′ 42"  W 000° 36′ 05" Gaula River estuary  Sør‐Trøndelag County, Norway  N 63° 20′ 33”  E 010° 13′ 37 Gilbert Bay  Newfoundland and Labrador, Canada N 52° 34′ 37"  W 055° 54′ 32" Gironde estuary  Aquitaine Region, France  N 45° 35′ 00  W 001° 03′ 00 Gljufur River  South Iceland  N 63° 25′ 09”  W 019° 005′ 49 Gordon River estuary  Tasmania, Australia  S 42° 43′ 48"  E 145° 58′ 31" Hals River estuary  Finnmark County, Norway  N 70° 01′ 56  E 022° 58′ 26 Hoh River estuary  Washington, United States  N 47° 44′ 58"  W 124° 26′ 20" Homathko River estuary  British Columbia, Canada  N 50° 55′ 45  W 124° 50′ 54 Hood Canal  Washington, United States  N 47° 33′ 51  W 122° 59′ 48 Humber River estuary  Yorkshire and the Humber region, England N 53° 33′ 35"  E 000° 03′ 57" Izembek Lagoon/Joshua Green River estuary Alaska, United States  N 55° 18′ 57"  W 162° 50′ 43" James River estuary  Virginia, United States  N 36° 57′ 21  W 76° 22′ 20 Kakanui River estuary  Otago Region, New Zealand  S 45° 11′ 20  E 170° 53′ 56 Kalininka River estuary  Sakhalin Oblast, Russia  N 47° 00′ 48”  E 142° 02′ 02” Kamchatka River estuary  Kamchatka Krai, Russia  N 56° 13′ 35  E 162° 30′ 00 32  River/estuary  Location Latitude  Longitude Kamchatka Peninsula  Kamchatka Krai, Russia  N 55° 12′ 20  E 159° 17′ 48 Kara River estuary  Tyumen Oblast, Russia  N 69° 09′ 59  E 064° 47′ 11 Karaginsky Bay  Kamchatka Krai, Russia  N 58° 59′ 07  E 163° 08′ 14 Kemijoki River estuary  Lapland region, Finland  N 65° 46′ 12  E 024° 27′ 00 Kennebec River estuary  Maine, United States  N 44° 00′ 24  W 069° 49′ 16 Keogh River estuary  British Columbia, Canada  N 50° 40′ 42  W 127° 20′ 56 Kerguelen Islands  District of the French Southern and Antarctic Lands S 49° 21′ 35  E 69° 47′ 30 Khaylyulya River estuary  Kamchatka Krai, Russia  N 58° 04′ 51  E 161° 59′ 04 King River estuary  Tasmania, Australia  S 42° 11′ 35  E 145° 21′ 22 Klamath River estuary  California, United States  N 41° 32′ 49  W 124° 05′ 00 Koksoak River estuary  Québec, Canada  N 58° 32′ 11  W 068° 09′ 29 Kushiro River estuary  Hokkaido Prefecture, Japan  N 42° 58′ 47  E 144° 22′ 20 Kyronjoki River estuary  Southern Ostrobothnia Maakunta, Finland N 63° 13′ 09"  E 021° 46′ 13" Lac Guillaume‐Delisle  Québec, Canada  N 56° 12′ 13  W 076° 22′ 26 Lagunitas Creek estuary  California, United States  N 38° 04′ 48  W 122° 49′ 37 La Have River estuary  Nova Scotia, Canada  N 44° 17′ 56  W 064° 21′ 28 Lake Llanquihue  Los Lagos Region, Chile  S 41° 08′ 00  W 72° 47′ 00 Lake Kamchatka  Kamchatka Krai, Russia  N 56° 18′ 43"  E 162° 49′ 52" Laval River estuary  Québec, Canada  N 48° 46′ 24"  W 069° 03′ 00" Lena River estuary  Sakha Republic, Russia  N 72° 08′ 29  E 126° 50′ 53 Little Susitna River estuary  Alaska, United States  N 61° 15′ 03  W 150° 17′ 17 Livar‐Yakha River estuary  Arkhangelsk Oblast, Russia  N 69° 40′ 55"  E 063° 07′ 17" Loch Eck  Argyll and Bute, Scotland  N 56° 05′ 04  W 004° 59′ 41 Loire River  Pays‐de‐la‐Loire, France  N 47° 16′ 21"  W 002° 10′ 54" Lough Furnace  Mayo County, Ireland  N 53° 55′ 16"  W 009° 34′ 30" Mackenzie River estuary  Northwest Territories, Canada  N 69° 21′ 00  W 133° 54′ 20 Maminkvayam River estuary  Kamchatka Krai, Russia  N 58° 48′ 21  E 164° 07′ 55 33  River/estuary  Location Latitude  Longitude Manasquan River estuary  New Jersey, United States  N 40° 06′ 09"  W 074° 02′ 04" Manawatu River estuary  Manawatu‐Wanganui Region, New Zealand S 40° 28′ 23"  E 175° 13′ 03" Margaree River estuary  Nova Scotia, Canada  N 46° 25′ 38"  W 061° 05′ 50" Mattole River estuary  California, United States  N 40° 17′ 40"  W 124° 21′ 11" Maullin River estuary  Los Lagos Region, Chile  S 41° 36′ 22"  W 073° 36′ 51" Mersey River estuary  North West England, England  N 53° 26′ 30  W 003° 01′ 31 Mezen River estuary  Arkhangelsk Oblast – Nenets Autonomous Okrug, Russia N 66° 11′ 05  E 043° 58′ 22 Miramichi River estuary  New Brunswick, Canada  N 47° 05′ 00  W 065° 21′ 55 Mølnargårds River estuary  Sør‐Trøndelag County, Norway  N 63° 45′ 55  E 009° 48′ 40 Moisie River estuary  Québec, Canada  N 50° 11′ 29  W 066° 05′ 40 Nabisipi River estuary  Québec, Canada  N 50° 14′ 00"  W 062° 13′ 10" Nagara River estuary  Mie Prefecture, Japan  N 35° 04′ 05"  E 136° 42′ 22" Naiba River estuary  Sakhalin Oblast, Russia  N 47° 26′ 02"  E 142° 45′ 7" Namsen River estuary  Nord‐ Trøndelag County, Norway N 64° 27′ 32"  E 011° 30′ 47" Nanaimo River estuary  British Columbia, Canada  N 49° 07′ 58  W 123° 54′ 09 Nain Bay estuary  Newfoundland and Labrador  N 56° 32 28  W 61° 41′ 26 Nastapoka River estuary  Québec, Canada  N 56° 54′ 37  W 076° 32′ 47 Nauyuk Lake  Nunavut, Canada  N 68° 20′ 45  W 107° 40′ 42 Navarro River estuary  California, United States  N 39° 11′ 31"  W 123° 45′ 40" Nehalem River estuary  Oregon, United States  N 45° 41′ 00"  W 123° 55 48" Neiden River estuary  Finnmark, Norway  N 69° 42′ 51"  E 029° 34′ 04" Netarts Bay  Oregon, United States  N 45° 24′ 10"  W 123° 56 54" Neva River estuary  Leningradskaya Oblast, Russia  E 59° 55′ 43"  E 030° 12′ 11" Nisqually River estuary  Washington, United States  N 47° 05′ 32  W 122° 43′ 12 Numedals River estuary  Vestfold County, Norway  N 59° 02′ 15  E 010° 03′ 20 Olsen Creek estuary  Alaska, United States  N 60° 45′ 36  W 146° 10′ 27 Orkla River estuary  Sør‐Trøndelag County, Norway  N 63° 19′ 06  E 009° 50′ 22 34  River/estuary  Location Latitude  Longitude Oslofjord  Vestfold County, Norway  N 59° 20′ 47"  E 010° 35′ 23" Penobscot River estuary  Maine, United States  N 44° 30′ 30  W 068° 48′ 01 Petitcodiac River estuary  New Brunswick, Canada  N 45° 51′ 20  W 064° 33′ 25 Petite Cascapédia River estuary  Québec, Canada  N 48° 10′ 09  W 065° 49′ 20 Petrohue River estuary  Los Lagos, Chile  S 41° 23′ 21  W 072° 18 14 Pettaquamscutt River estuary  Rhode Island, United States  N 41° 26′ 31  W 071° 26′ 27 Ponoi River estuary  Murmansk Oblast, Russia  N 66° 58′ 59"  E 041° 16′ 53" Porcupine Creek estuary  Alaska, United States  N 56° 07′ 51  W 132° 39′ 27′ Potomac River estuary  Maryland, United States  N 37° 59′ 57  W 076° 14′ 59′ Prince William Sound  Alaska, United States  N 60° 41′ 26  W 147° 05′ 49 Puelo River estuary  Los Lagos, Chile  S 41° .38′ 39  W 072° 19′ 10 Puget Sound  Washington, United States  N 47° 43′ 25  W 122° 26′ 33 Puntledge River estuary  British Columbia, Canada  N 49° 41′ 59  W 124° 59′ 52′ Puyallup River estuary  Washington, United States  N 47° 16′ 10  W 122° 25′ 42 Quashnet River estuary  Massachusetts, United States  N 41° 34′ 23  W 070° 31′ 03 Rakaia River estuary  Canterbury, New Zealand  S 43° 53′ 57  E 172° 12′ 13 Rappahannock River estuary  Virginia, United States  N 37° 36′ 04  W 76° 19′ 18 Raritan River estuary  New Jersey, United States  N 40° 29′ 59  W 074° 17′ 15 Razdol’naya River estuary  Primorsky Krai, Russia  N 43° 20′ 27"  E 131° 48′ 12" Relconcavi Fjord  Los Lagos Region, Chile  S 41° 40′ 00  W 072° 21′ 00 Rhine River estuary  South Holland, Netherlands  N 51° 58′ 54  E 004° 04′ 50 Ribble River estuary  North West, England  N 53° 43′ 43  W 002° 56′ 29 Ribe River estuary  Southern Denmark, Denmark  N 55° 20′ 31  E 008° 39′ 53 Rio Grande River estuary  Tierra del Fuego Province, Argentina S 53° 48′ 09  W 067° 40′ 54 Rivière à la Truite  Québec, Canada  N 49° 13′ 32  W 072° 28′ 05 Rosewall Creek estuary  British Columbia, Canada  N 49° 28′ 00  W 124° 46′ 43 Sacramento River estuary  California, United States  N 38° 03′ 47  W 121° 51′ 09 Sacramento–San Joaquin River estuary California, United States  N 38° 02′ 39  W 121° 53′ 13 35  River/estuary  Location Latitude  Longitude Saguenay River estuary  Québec, Canada  N 48° 07′ 45"  W 069° 42′ 09" St‐Jean River estuary  Québec, Canada  N 48° 46′ 12"  W 064° 25′ 44" Sainte Marguerite River estuary  Québec, Canada  N 50° 08′ 34  W 066° 36′ 17" Sakhalin Island  Sakhalin Oblast, Russia  N 50° 26′ 37  E 142° 54′ 44" Salmon River estuary  Oregon, United States  N 45° 02′ 48  W 124° 00′ 22 San Antonio Creek estuary  California, United States  N 38° 09′ 30  W 122° 32′ 39 Santa Cruz River estuary  Santa Cruz Province, Argentina  S 50° 01′ 09  W 68° 31′ 18 ScheldtRiver estuary  Flemish Region, Belgium, The Netherlands N 51° 21′ 00  E 004° 14′ 44 Scott Creek estuary  California, United States  N 37° 27′ 35"  W 121° 55′ 05" Seine River estuary  Normandie, France  N 49° 26′ 05  E 000° 07′ 03 Sélune River estuary  Lower Normandy, France  N 48° 38′ 51  W 001° 23′ 53 Severn River estuary  South West Region, England  N 51° 33′ 42  W 002° 42′ 05 Shimanto River estuary  Kōchi Prefecture, Japan  N 32° 56′ 00"  E 133° 00′ 00" Simojoki River estuary  Lapland Maakunta, Finland  N 65° 37′ 18  E 025° 02′ 50 Sixes River estuary  Oregon, United States  N 42° 51′ 13  W 124° 32′ 38 Skagit River estuary  Washington, United States  N 48° 10′ 34  W 122° 21′ 50 Skeena River estuary  British Columbia, Canada  N 54° 00′ 58  W 130° 07′ 12 Skibotn River estuary  Troms, Norway  N 69° 22′ 45  E 020° 15′ 38 Skjern River estuary  Midtjylland Region, Denmark  N 55° 54′ 58"  E 008° 24′ 04" Smith River estuary  California, United States  N 41° 56′ 18"  W 124° 12′ 13" Snake River  Washington, United States  N 46° 11′ 10"  W 119° 01′ 43" Somass River estuary  British Columbia, Canada  N 49° 14′ 40  W 124° 49′ 22 Somme River estuary  Picardy, France  N 50° 11′ 27  E 001° 37′ 40 Squamish River estuary  British Columbia, Canada  N 49° 40′ 58  W 123° 10′ 09 St. Lawrence estuary  Québec, Canada  N 49° 40′ 00  W 064° 29′ 55 Strait of Georgia  British Columbia, Canada  N 49° 17′ 58"  W 123° 52′ 22" Stikine River estuary  Alaska, United States  N 56° 33′ 50  W 132° 24′ 16 Storvatn Lake  Finnmark, Norway  N 70° 41′ 35  E 023° 47′ 09 36  River/estuary  Location Latitude  Longitude Surna River estuary  Møre og Romsdal, Norway  N 62° 58′ 15  E 008° 39′ 23 Susquehanna River estuary  Maryland, United States  N 39° 33′ 10  W 075° 06′ 02 Swinomish River estuary  Washington, United States  N 48° 27′ 34  W 122° 30′ 55 Sylvia Grinnell River, estuary  Nunavut, Canada  N 63° 44′ 17  W 068° 33′ 50 Syokanbetsu River estuary  Hokkaido, Japan  N 43° 51′ 19  E 141° 30′ 38 Syr‐Darya River estuary  Kyzylorda Province, Kazakhstan N 46° 06′ 02  E 060° 52′ 17 Tagus River estuary  Lisboa Region, Portugal  N 38° 41′ 31  W 009° 10′ 04 Taku River estuary  Alaska, United States  N 58° 18′ 55  W 134° 02′ 44 Tana River estuary  Finnmark County, Norway  N 70° 30′ 00  E 028° 23′ 00 Tay River estuary  Dundee County, Scotland  N 56° 27′ 44"  W 002° 48′ 57" Tees River estuary  North Yorkshire County, England N 54° 38′ 26"  W 001° 09′ 10" Teno River  Lappland, Finland  N 69° 36′ 44"  E 025° 58′ 32" Thames River estuary  East England Region, England  N 51° 30′ 00  E 000° 45′ 54 Thompson River  British Columbia, Canada  N 50° 14′ 10  W 121° 34′ 56 Tomales Bay  California, United States  N 38° 08′ 55  W 122° 53′ 52 Toyohira‐gawa River plain  Hokkaido Prefecture, Japan  N 43° 07′ 56  E 141° 30′ 58 Trondheimsfjord  Nord‐Trøndelag County, Norway N 63° 39′ 00  E 010° 49′ 00 Tuloma River estuary  Murmansk Oblast, Russia  N 68° 53′ 22  E 033° 00′ 43 Tvarminne (estuary of Svartå River) Southern Finland  N 59° 50′ 4  E 023° 14′ 5 Tyne River estuary  Tyne and Wear County, England N 55° 01′ 04  W 001° 25′ 12 Uka River  Kamchatka Krai, Russia  N 57° 49′ 14  E 162° 07′ 27 Utka River estuary  Kamchatka Krai, Russia  N 53° 08′ 28  E 156° 21′ 41 Utkholok River estuary  Kamchatka Krai, Russia  N 57° 42′ 33  E 156° 51′ 28 Varzina River estuary  Murmansk Oblast, Russia  N 68° 20′ 58"  E 038° 17′ 55" Varzuga River estuary  Murmansk Oblast, Russia  N 66° 16′ 12  E 036° 56′ 41 Volga River estuary  Astrakhan Oblast, Russia  N 45° 43′ 18  E 047° 59′ 30 37  River/estuary  Location Latitude  Longitude Waimakariri River estuary  Canterbury Region, New Zealand S 43° 23′ 26  E 172° 42′ 43 Western Arm Brook estuary  Newfoundland Labrador, Canada N 49° 49′ 17  W 056° 30′ 41 Whiskey Creek estuary  Oregon, United States  N 45° 23′ 40  W 123° 56′ 10 Willamette River  Oregon, United States  N 45° 37′ 24  W 122° 47′ 22 Willapa River estuary  Washington, United States  N 46° 42′ 27  W 123° 51′ 01 White Sea  Arkhangelsk and Murmansk Oblasts, Russia N 65° 41′ 20  E 037° 15′ 27 Winchester Creek estuary  Oregon, United States  N 43° 40′ 25"  W 124° 10′ 42" Wood River  Alaska, United States  N 59° 10′ 07"  W 158° 33′ 04" Yaquina River estuary  Oregon, United States  N 44° 36′ 44  W 124° 01′ 04 Yamato River estuary  Osaka Prefecture, Japan  N 34° 36′ 28  E 135° 26′ 55 York River estuary  Québec, Canada  N 48° 49′ 13  W 064° 33′ 40   The locations listed above refer to the following political or administrative divisions of the associated countries.  Country  Political or administrative division  Argentina  Province Australia  State; Territory Belgium  Region Canada  Province; Territory Chile  Region Denmark  Region England  Region Finland  Maakunta (Region) France  Region Iceland  Region Ireland  Province  Japan  Prefecture Kazakhstan  Province; District Netherlands  Province New Zealand  Region Norway  County, except for Svalbard and Jan Mayen Portugal  Region   Russia  Krai, Oblast 38     Scotland  County Sweden  County or Ian Ukraine  Oblast and Autonomous Region United States of America State 39   Appendix 3 Estuary Primer: An Overview of Estuarine Ecosystems and Salmonids for Citizen Scientists I wrote this book with a broad audience in mind, ranging from Citizen Scientists to students, to professional estuarine scientists and practitioners. Today, both professional scientists and the interested public are involved with the complexities of managing salmon habitat in estuaries. “Citizen Science,” where volunteers aid in aspects of scientific research such as monitoring and observation (e.g., Jamieson et al. 1999), is growing in popularity around the world.  My intent in this Appendix is to provide some important general ecological and salmonid‐specific information for Citizen Scientists working with salmonids in estuaries, including Atlantic and Pacific salmon, sea‐going trout, and char. I give a brief history of general estuarine ecology and describe how in recent decades this science intersects with our knowledge of estuarine salmonids. As appropriate, I refer the reader to the chapters of the main book containing detailed aspects of the science briefly outlined here.  It is my hope that this section may assist groups in launching their own investigations and also aid, together with the glossary found in the book, in understanding the details in the main chapters. For further, more detailed information on the ecological concepts explored in the book (e.g., competition), readers can consult a number of introductory aquatic ecology books (e.g., Gotelli and Ellison 2004; Begon et al. 2005;* Smith and Smith 2008). Note: * indicates a reference in the reference section of the main book; all other references are in Appendix 4 under the categories of particular species, Multiple Species of Salmonids, Salmonid Estuarine Habitat, or Methods. Estuary Science Estuaries, the areas where rivers flow into the ocean, were among the earliest areas studied by natural historians, the predecessors of contemporary ecologists. The term “estuary” can be traced back to a document from Spain dating to about 621 that emphasized tidal action. In 1833, the geologist Charles Lyell defined an estuary as “inlets of the lands which are entered both by rivers and tides of the sea” (Lyell 1833, cited in Tagliapietra et al. 2009), which is remarkably similar to the modern definition (Tagliapietra et al. 2009). Charles Darwin learned how to make observations in nature by walking along 40  the Firth of Forth, an estuary in Scotland, and recognized estuaries in South America during his voyage on the Beagle. In addition to their intrinsic value as a natural study site, estuaries were considered as places to dispose wastes and sewage. The “Great Stink” of 1858 in the Thames River in London was resolved, at least by the standards of the time, by the construction of a collecting network of sewage drains; the sewage was discharged in the upper layers of the estuary on ebbing tides (Tinsley 1998). Historical studies of estuary ecosystems in Europe therefore tended to focus on water quality rather than estuary function. In North America, some of the earliest studies in estuaries were also water quality–oriented, such as the study of the Raritan River estuary in New Jersey dealing with sewage (Ketchum 1954), and Tully’s work (1949) at the Somass River estuary in British Columbia relating to pulp mill effluent. A good overview of the history of estuarine research in Europe is given by McLusky (1999). The mixing of fresh water with ocean water in estuaries was first recognized in the mid‐1900s as a key process for aquatic productivity and biodiversity in fundamental oceanography works such as those by Sverdrup and colleagues (1942) and Ekman (1953). From an ecological viewpoint, these early studies identified the most influential process in estuaries as the rapid change caused by tides and river flow on the salinity and chemical composition of the water. Ocean salt water is heavier than fresh water, which results in ocean water in estuaries forming a salt wedge on the bottom under the freshwater from the river. This wedge results in a two‐layer circulation system. Another critical physical factor of estuary function is the degree of change in salinity at a given point. This will depend on the volume and rate of discharge from the river, as well as the tidal levels (Beadle 1972). Aquatic organisms living in salt water use energy to pump salt water out of their cells in a process known as osmosis. The regulation of salt is known as osmoregulation, and if an excess of salt moves into an aquatic organism’s cells, the results are lethal. Estuarine organisms are specialized to cope with the osmoregulatory stress due to the rapid changes in salt concentration; these adaptations have been the historical focus of estuarine scientific studies. Estuaries are not necessarily known for a high diversity of species, possibly because few species are adapted to rapid changes in salinity (Beadle 1972). Estuaries were, however, recognized in early studies as being very productive, i.e., showing a high rate of accumulation of biological material (biomass) (Warren 1971). An example on land might be weight of grass clippings from the spring and summer mowing of a lawn – the production would be the biomass of grass produced that year. An example from fisheries would be the biomass of fish produced in a year. The early classic text on ecology by Odum (1971) pointed out how mixing of the lighter fresh water with heavier ocean water in constricted bodies of water like estuaries (see Figure 4) tends to result in a 41  “nutrient trap” – one of the factors leading to their high potential for production. Temperature is the other key factor that can affect productivity in estuaries; exposure to nonoptimal temperatures can directly affect the growth rate and survival of organisms. Climate change is of particular concern, because even a slight warming of freshwater streams and their estuaries can have an effect on salmonids. Productivity in ecosystems can be organized into a number of trophic levels or groupings of organisms depending on what kind of organic material they consume or produce. The levels form part of a food web. Plants and algae use energy from the sun, nutrients, and carbon dioxide in photosynthesis to produce carbohydrates; this is known as primary production and forms the base or lowest level of most food webs (with the exception of bacteria, which use various chemicals as an energy source). Primary producers are fed upon by grazing animals at the next trophic level in the food web – secondary production. An example could be Brant geese grazing on eelgrass. At the apex, or tertiary level of this web, are the predators that feed on the grazers. Eagles feeding on Brant geese would be an example of an apex predator. Biological oceanography texts such as that of Lalli and Parsons (1997*) are good starting points to learn about marine food webs. An example of an estuary food web is given in Figure 17. Estuarine food webs are complex because, in addition to the direct primary‐secondary‐tertiary levels, there is another level that is very important in the functioning of an estuary. This level is known as the detrital food level, and it consists of bacteria mixed with decomposing plants (especially eelgrass and sedges) and algae. Many estuarine species of grazing animals at the secondary production level (e.g., amphipods) are important for juvenile salmonids and can use both the direct and indirect food chains, but the detrital food web is often acknowledged as the most important. The detrital food web links estuarine plants to salmonids and is therefore the basis for conservation and restoration of estuary vegetation and links estuarine plants, as described below.  An estuarine organism’s habitat is complex. The complexity stems from the variety of sediments, vegetation, water depths, and water types found at river mouths. In addition to these geographic differences, there is also large variation in time, as the salinity, temperature, water depth, and nutrients change with the ebb and flow of the tides. For example, habitats for salmonids disappear at low tide when waters retreat, but reappear at flood tides as waters advance. In addition to this short‐term tidal variation, there is seasonal and geographic variation. One factor causing differences between habitats in estuaries is how much sediment is brought down to the river mouth from inflowing streams. The 42  quantity of sediment delivered to estuaries can depend on many factors, including the geology and land uses in the basin. Sediment load will determine whether mud or sand dominates the estuary. Geographic differences are also related to temperature. The latitudes where salmonids are found range from about 32° to 80° north or south, an area range that brackets major temperature and habitat changes, including seasonal ice cover. Because of this habitat complexity, it is a challenge to assign importance to particular estuarine habitats for salmonids as they use these habitat mosaics. Salmonids in Estuaries Salmonids are any of various fishes of the family Salmonidae, which includes the salmon, trout, grayling, and whitefish. For the purposes of this primer, I discuss only the salmon and trout species that migrate between rivers and the ocean via the estuary. Salmonids, like all fish, are affected by their habitat – the physical and chemical characteristics of the water they live in, their food supply, and the other organisms (including competitors and predators) coexisting with them. A number of textbooks dealing with these aspects are available, including the classic fish ecology textbook by the Russian biologist Nikolsky (1963). This is a good general text for learning about salmonid ecology, as the book covers both Atlantic and Pacific species of salmonids in some detail. More recent texts by Diana (2004), Helfman and colleagues (1997), Crisp (2000), Hart and Reynolds (2002), and Moyle and Cech (2004) are also very useful. The life history of salmonids has been clearly established only since the early 1900s, and these studies focused on the life of Atlantic salmon in rivers and oceans, at least in Europe. Only the general aspects of salmonid biology were known to science prior to this period; some naturalists in the eighteenth century thought that Atlantic salmon spawned in the ocean (Netboy 1980*). Studies of the growth ring patterns on Atlantic salmon scales by Dahl (1911) and Gilbert (1913*) for Pacific salmon helped with our understanding of their ecology. We now know that many salmonids are anadromous and reproduce in fresh water, and migrate to and from the ocean via the estuary in a variety of patterns. Figure 1 shows a generalized picture of the life history of Pacific salmon. A detailed description of the various life stages (fry, smolt, kelt, and others) is provided in Chapter 2. Because large salmonids returning to spawn in the rivers were caught in the estuaries for food, knowledge of estuarine ecology of the adult fish preceded that for the younger and small life history stages (fry and smolts) migrating to the ocean. First Nations people often resided adjacent to estuaries, and salmonids were a key food source for their villages. Commercial fishers became very familiar with 43  the migration timing of adult salmon because they targeted their nets in estuaries at specific times and locations when the fish were abundant. By the nineteenth century, fishing became so efficient that the governments of the day became concerned about conservation of the salmon stocks. Atlantic salmon in England’s estuaries were among the first fish species to be subject to systematic annual monitoring of catches, with subsequent suggestions for conservation and management of the specific river stocks (Salmon Fisheries Act of 1861 in England; see Buckland 1880*). At about the same time, Atlantic salmon catch management in estuaries began in the United States and Canada (Collette and Klein‐MacPhee 2002). Management of Pacific salmonid catches in estuaries has an equally long history (see Parsons 1993 for Canadian fisheries), and because of the iconic status of these species, hundreds of studies and research documents have been published on the topic (see Groot and Margolis 1991*).  Detailed studies of the estuarine ecology of juvenile salmonids were slower to develop, because the juvenile life stages in the estuary, the smaller fry and smolts, were not harvested and required special techniques such as small mesh nets to capture them. The fry and smolts were also thought to have short residency in the estuary and to move quickly to the ocean. Studies on the estuarine ecology of juvenile salmonids started to become more frequent by the mid‐twentieth century as techniques for tracking the migrations and behaviour of the small fish became available. The important study by Reimers (1973*) on Chinook salmon fry and smolts in an Oregon estuary was one of the first to show that these life history stages took up residency in the estuary. Counting the growth rings on scales of adult Chinook salmon showed that young fish that lived in the estuary for longer periods survived better to adulthood. Also initiated at that time were studies of the physiology of fry and smolts that looked at the response of body chemistry and enzyme systems to changes in salinity and temperature (e.g., Brett 1952*). These results were directly applicable to understanding how young salmonids could tolerate the changes in water chemistry they encountered in the estuary, which in turn related directly to the effects of pollution on salmonids in estuaries, a concern long identified (see Buckland 1880*). Knowledge of the behaviour and physiology of Atlantic salmon smolts in estuaries was significantly advanced by J.E. Thorpe and collaborators (e.g., Thorpe 1994b*). It was not until the 1970s that the feeding ecology of juvenile salmonids in estuaries was documented in detail (see Figure 18). A study of Chum salmon fry feeding in the Nanaimo River estuary in British Columbia was an important first contribution (Sibert et al. 1977*). These studies linked food supply to habitat as well as to predation, because marsh vegetation and algae growing in the shallow water habitats provided detritus and possibly shelter from predators. Interestingly, biologists in Russia working at the estuary of the Lena River in the Arctic had found similar 44  links to detritus with food webs of a lower‐river‐dwelling trout (taimen) twenty years earlier (Pirozhnikov 1955), but this detailed food web information was not widely known. How Citizen Scientists Can Help Conservation of Salmonids and Restoration of Their Habitat in Estuaries In many countries, conservation of salmonids in estuaries is closely regulated by government officials using standard fisheries management practices such as fishing closures, measures to protect weak stocks migrating with large “runs” (populations of salmonids from specific rivers that are travelling together), and monitoring of catches. In some regions, however, illegal poaching is an issue. Observations by citizens and use of systems such as the “Observe, Record, Report” telephone hotline used by Fisheries and Oceans Canada and other agencies in different countries can help prevent this problem. Pollution‐related events, such as fish kills from chemical spills, can also be reported in this way. Another important factor to consider is the susceptibility of estuaries to non‐native plants and animals. As noted above, estuaries are not necessarily rich in species number, but the complex ecosystem can become vulnerable to invasion by non‐native plants and animals, which in turn can dramatically impact the salmonid life cycle, affecting their source of food and habitat. For example, brown trout were not found in Southern Hemisphere estuaries until they were introduced to New Zealand from England in the nineteenth century (Buckland 1880*) and, while sea trout (the estuary‐using form of brown trout) are now the focus of a very important recreational fishery, implications for the native fauna is only now being explored in detail. Citizens can help avoid accidental colonization of estuaries by non‐native species by aiding in monitoring and reducing the spread of such species through volunteer removal efforts with a local conservation organization. The importance of estuarine habitat, especially vegetation, is one of the key paradigms of salmonid estuarine ecology and has led to major involvement of citizens in restoration projects. In the past few decades, there has been a significant increase in the number of local and regional naturalists’ associations, partnerships, councils, and nongovernmental organizations with an interest in the topic.  A detailed description of how to do estuarine habitat restoration is beyond the scope of this primer, but the basic concept usually involves a few options, depending on local circumstances, by breaching dikes or installing culverts to reintroduce water into areas previously flooded, or planting of vegetation.  Preservation of habitat is the best way to ensure its existence in perpetuity. Purchasing of land can be aided by donations of funds to appropriate agencies such as the Nature Trust, the Land Conservancy, 45  and the Nature Conservancy. A number of guidebooks and websites are available and are listed at the end of this primer.  Another very important way in which citizens can help estuarine habitat is through regular observations of watersheds that have reduced flow because of water diversions and dams. Freshwater discharge is vital to estuary functions such as the maintenance of the two‐layer flow system, which maintains estuarine productivity. Mapping of estuaries, vegetation, and tidal systems is another way in which Citizen Science can be of benefit. Inexpensive techniques such as global positioning systems (GPS) can be employed by citizens and data shared through community mapping websites. Oceanographic data in the estuary can also be obtained by fishers and citizen scientists with boats, and underwater observations can be made by scuba divers. Awareness and a good understanding of estuarine science can go a long way towards ensuring healthy salmonids and estuaries. Interested citizens can make a difference by spreading awareness and participating in Citizen Science so that this integral part of our ecosystem can remain healthy and resilient in the face of human pressures and provide habitat for salmonids for generations to come. Representative Websites of Interest to Estuary Citizen Scientists Note: Some important websites are also listed in the “References” section of the main book. Canada Community Mapping Network. Includes a video introduction to the Community Mapping Network and the shoreline videos available for many shores in BC. http://www.cmnbc.ca/.  Department of Fisheries and Oceans. Musquash estuary, New Brunswick. “The Musquash estuary was officially designated as Canada's sixth marine protected area (MPA) on December 14, 2006.” http://www.inter.dfo‐mpo.gc.ca/Maritimes/Oceans/OCMD/Musquash/Musquash‐MPA. Hudson Bay Programme. “The Estuaries of Hudson Bay: A Case Study of the Study of the Physical and Biological Characteristics of Selected Sites.” F. Schneider‐Vieira, R. Baker, and M. Lawrence 1994. http://pubs.aina.ucalgary.ca/misc/46955.pdf. Nature Conservancy of Canada. Grand Codroy estuary, Newfoundland and Labrador. http://www.natureconservancy.ca/en/where‐we‐work/newfoundland‐and‐labrador/featured‐projects/the_grand_codroy_estuary.html. 46  Nature Trust of British Columbia. Pacific Estuary Conservation Program. Deals with estuaries on the coast of British Columbia. http://www.naturetrust.bc.ca/about‐us/partners/programs/. Pacific North Coast Integrated Management Area (PNCIMA). “The Pacific North Coast Integrated Management Area initiative’s aim is to ensure a healthy, safe, and prosperous ocean area by engaging all interested parties in the collaborative development and implementation of an integrated management plan for PNCIMA.” http://www.pncima.org/media/documents/atlas/pncima_atlas_map‐12_estuaries.pdf. Province of British Columbia. “Estuaries in British Columbia.” http://www.env.gov.bc.ca/wld/documents/Estuaries06_20.pdf. Walter and Duncan Gordon Foundation. Mackenzie River estuary, Yukon Territory. “The Mackenzie Basin: Why it matters to Canada and the world.” http://gordonfoundation.ca/sites/default/files/images/Lesack_rosenberg‐with‐refs‐2p.pdf. UNESCO: Ecological Sciences for Sustainable Development. Bras d’Or Lakes, Nova Scotia. “The Bras d’Or estuary and its associated watershed is one of Canada‘s charismatic ecosystems and is part of the UNESCO Biosphere Reserve Network.” http://www.unesco.org/new/en/natural‐sciences/environment/ecological‐sciences/biosphere‐reserves/europe‐north‐america/canada/bras‐dor‐lake/. United States Estuary Education, a component of the National Estuarine Research Reserve System. “Access factsheets that contain information and images on a select group of estuarine plants and animals that are endangered or are species of concern.” http://estuaries.noaa.gov/About/Home.aspx. Kennebec Estuary Land Trust. “Protecting the land, water, and wildlife of the Kennebec estuary.” http://kennebecestuary.org/about‐us/the‐kennebec‐estuary. Lower Columbia Estuary Partnership. “Part of the National Estuary Program since 1995, the Lower Columbia Estuary Partnership works to protect and restore the nationally significant Lower Columbia River estuary with on‐the‐ground improvements and education and information programs. LCREP works within a 146‐mile segment of the Columbia River and nearby acreage from the Bonneville Dam to the mouth of the Pacific Ocean.” http://www.estuarypartnership.org/. 47  National Estuarine Research Reserve System. “The National Estuarine Research Reserve System is a network of 28 areas representing different biogeographic regions of the United States that are protected for long‐term research, water‐quality monitoring, education and coastal stewardship.” http://estuaries.noaa.gov/About/Default.aspx?ID=116. Nature Conservancy. “Natural Intersection: Understanding and Conserving Alaska’s Estuaries.” http://blog.nature.org/science/2013/10/03/alaska‐estuary/. Puget Sound Partnership, Washington State. “The Puget Sound Partnership is a state agency serving as the backbone organization for Puget Sound Recovery.” http://www.psp.wa.gov/aboutthepartnership.php. US Environmental Protection Agency, National Estuary Program. “The National Estuary Program (NEP) is a network of voluntary community‐based programs that safeguards the health of important coastal ecosystems.” http://water.epa.gov/type/oceb/nep/index.cfm#tabs‐2. International – North America Conservation Law Foundation. “Restoring New England’s Estuaries.” http://www.clf.org/our‐work/ocean‐conservation/restoring‐new‐englands‐estuaries/. Gulf of Maine Council. “The Gulf of Maine Council on the Marine Environment, created in 1989 by the governments of Maine, Massachusetts, New Brunswick, New Hampshire and Nova Scotia, works to foster environmental health and community well‐being throughout the Gulf watershed. The mission of the Gulf of Maine Council is to maintain and enhance environmental quality in the Gulf of Maine to allow for sustainable resource use by existing and future generations.” http://www.gulfofmaine.org/2/. United Kingdom Dee Estuary Conservation Group. “Representing 25 local and national bodies with interests in the wildlife of the Dee Estuary.” http://www.deeestuary.co.uk/decg.htm. Forth Estuary Forum, Firth of Forth, Scotland. “The Forum is a voluntary partnership of organisations around the Forth with an interest in the wellbeing of the Forth and its coastal communities.” http://www.forthestuaryforum.co.uk/. 48  Joint Nature Conservation Committee. “Plymouth Sound and Estuaries.” http://jncc.defra.gov.uk/protectedsites/sacselection/sac.asp?EUCode=UK0013111. Northern Ireland Department of the Environment. “Roe Estuary Nature Reserve.” http://www.doeni.gov.uk/niea/protected_areas_home/nature_resintro/nature_reserves_roe.htm. Ireland  Causeway Coast and Glens Heritage Trust. “Coastal saltmarsh.” http://ccght.org/our‐heritage/natural‐heritage/biodiversity/priority‐habitats/coastal‐marine/coastal‐saltmarsh/. Inland Fisheries Ireland. “Sea trout from the Irish coast.” http://www.fishinginireland.info/salmon/seatrout.htm.  Europe European Commission guidance document. “The implementation of the Birds and Habitats Directives in estuaries and coastal zones with particular attention to port development and dredging.” http://ec.europa.eu/transport/modes/maritime/doc/guidance_doc.pdf. European Environment Agency. “Coasts and seas.” Has links to several very informative websites on estuaries. http://www.eea.europa.eu/themes/coast_sea. Hamburg Port Authority. “Elbe Estuary and the Port of Hamburg – present situation and future perspectives.” http://deltanet‐project.eu/files/presentation/elbe‐hamburg.pdf. International Baltic Sea Foundation for Nature Conservation. http://www.baltcf.org. KnowSeas. The Knowledge‐based Sustainable Management for Europe’s Seas (KnowSeas) project is supported by the European Commission under the Environment (including climate change) Theme of the 7th Framework Programme for Research and Technological Development. The four‐year project started in April 2009, has 32 partners from 15 countries, and is coordinated by the Scottish Association for Marine Science. http://www.knowseas.com/.  Marine Biodiversity and Ecosystem Functioning (MarBEF). “MarBEF, a network of excellence funded by the European Union and consisting of 94 European marine institutes, was a platform to integrate and disseminate knowledge and expertise on marine biodiversity, with links to researchers, industry, 49  stakeholders and the general public.” Ecological restoration of estuaries in North Western Europe. http://www.marbef.org/wiki/Ecological_restoration_of_estuaries_in_North_Western_Europe. North Atlantic Salmon Conservation Organisation. “Protection, Restoration and Enhancement of Salmon Habitat Focus Area Report.” “In 2003 the Norwegian Parliament established a system of national salmon rivers and national salmon fjords where the wild Atlantic salmon is granted special protection. Today the scheme comprises 52 national salmon rivers and 29 national salmon fjords.” http://www.nasco.int/pdf/far_habitat/HabitatFAR_Norway.pdf. Tidal River Development (TIDE). “A project co‐financed by the Interreg IVB North Sea Region Programme and implemented between 2010 and 2013. The TIDE partnership carried out numerous interdisciplinary, inter‐estuarine comparative studies on natural processes, management systems and measure implementation and developed a web‐based toolbox containing valuable knowledge, management tools and good practice examples.” http://www.tide‐project.eu/. Vision and Strategies Around the Baltic Sea (VASAB). “BALANCE – Baltic Sea Management – Nature Conservation and Sustainable Development of the Ecosystem through Spatial Planning.” http://www.vasab.org/index.php/projects/balance. International State of the Salmon. “State of the Salmon builds knowledge across borders, linking a greater understanding of Pacific salmon (genus Oncorhynchus) to their improved management and conservation around the Pacific Rim.” http://www.stateofthesalmon.org/.   50   Appendix 4 Additional Literature Consulted Categorization of Additional Literature Consulted The references are arranged according to species or major topic that the paper or report deals with. In instances where two species of salmonids are listed in the title, the paper is categorized by the species that is listed first. Examples of species names that often occurred together in one paper were Atlantic salmon and sea trout, pink salmon and chum salmon, and Dolly Varden and bull trout. If more than two species of salmonids were discussed in the paper, the paper was categorized under “Multiple Species of Salmonids.” Some papers did not list a species in the title, and I categorized them according to my knowledge of their subject matter. Table of Contents (page numbers appear in this Appendix) Amago, 51  Arctic char, 52 Atlantic salmon, 55 Brook trout, 62 Bull trout, 64 Chinook salmon, 65 Chum salmon, 68 Coho salmon, 72 Cutthroat trout, 74 Dolly Varden, 76 Lake trout, 78 51  Masu, 79 Pink salmon, 80 Sakhalin taimen, 81 Sea trout, 82 Sockeye salmon, 87 Steelhead, 88 White spotted char, 90 Multiple species of salmonids, 91 Salmonid estuarine habitat, 103 Invasive Species in Salmonid Estuaries, 121 Methods, 125  Amago  Hamai, M., T. Tamura, H. Takayama, T. Katou, K. Yanagawa, and H. Hirose. 1996. A Releasing and Follow‐up of the Sea Run of the Amago Salmon Oncoryhnchus macrostomus in the Ohta River. Bulletin of the Hiroshima Fisheries Experimental Station No. 19, 41–49 [in Japanese]. Kure‐shi, Hiroshima: Fisheries Marine Engineering Center. Kato, F. 1991. “Life Histories of Masu and Amago Salmon.” In Pacific Salmon Life Histories, ed. C. Groot and L. Margolis, 449–520. Vancouver: UBC Press. Kato, F., Y. Hida, E. Noda, and Y. Tsuno. 1982. Specimens of Sea‐Run Type Oncorhynchus rhodurus Collected in the Coastal Waters of the Hokuriku and Tohoku Regions in the Japan Sea. Bulletin of the Japan Sea National Fisheries Research Institute No. 33, 55–66. Nigata, Japan: Fisheries Research Agency. 52  Nagahama, Y., S. Adachi, F. Tashiro, and E.G. Grau. 1982. “Some Endocrine Factors Affecting the Development of Seawater Tolerance during the Parr‐Smolt Transformation of the Amago Salmon, Oncorhynchus rhodurus.” Aquaculture 28 (1–2): 81–90. doi:10.1016/0044‐8486(82)90011‐4. Oohara, I., and T. Okazaki. 1996. “Genetic Relationship among Three Subspecies of Oncorhynchus masou Determined by Mitochondrial DNA Sequence Analysis.” Zoological Science 13: 189–98. Ueda, H., Y. Nagahama, F. Tashiro, and L.W. Crim. 1983. “Some Endocrine Aspects of Precocious Sexual Maturation in the Amago Salmon Oncorhynchus rhodurus.” Bulletin of the Japanese Society of Scientific Fisheries 49 (4): 587–96. Umino, T., S. Seike, T. Otake, F. Nishiyama, Y. Sibata, and H. Nakagawa. 2001. “Application of Otolith Microchemistry to Reconstruct for Migration History of Amago Salmon Oncorhynchus masou ishikawai, Captured at the Ohta River.” Bulletin of the Japanese Society of Scientific Fisheries 67 (4): 647–57. Arctic Char Amundsen, P. A., R. Knudsen, and A. Klemetsen. 2007. “Intraspecific Competition and Density Dependence of Food Consumption and Growth in Arctic charr.” Journal of Animal Ecology 76 (1): 149–58. Arnesen, A.M., E.H. Jorgensen, and M. Jobling. 1994. “Feed‐Growth Relationships of Arctic Charr Transferred from Freshwater to Saltwater at Different Seasons.” Aquaculture International 2 (2): 114–22. Behnke, R.J. 1984. “Organizing the Diversity of the Arctic Char Complex.” In Biology of the Arctic Char, ed. L. Johnson and B. Burns, 3–21. Winnipeg: University of Manitoba Press. 53  Brunner, P.C., M.R. Douglas, A. Osinov, C.C. Wilson, and L. Bernatchez. 2001. “Holarctic Phylogeography of Arctic Charr (Salvelinus alpinus) Inferred from Mitochondrial DNA Sequences.” Evolution 55 (3): 573–86. Craig, P.C. 1977. “Ecological Studies of Anadromous and Resident Populations of Arctic Char in the Canning River Drainage and Adjacent Coastal Waters of the Beaufort Sea, Alaska.” Arctic Gas Biological Report Series 41: 1–116. Dempson, J.B., and J.M. Green. 1985. “Life History of Anadromous Arctic Charr, Salvelinus alpinus, in the Fraser River, Northern Labrador.” Canadian Journal of Zoology 63 (2): 315–24. Dempson, J.B., M. Shears, and M. Bloom. 2002. “Spatial and Temporal Variability in the Diet of Anadromous Arctic Charr, Salvelinus alpinus, in Northern Labrador.” Environmental Biology of Fishes 64 (1–3): 49–62. Dempson, J.B., M. Shears, G. Furey, and M. Bloom. 2004. Review and Status of North Labrador Arctic Charr, Salvelinus alpinus. Canadian Science Advisory Secretariat Research Document 2004/070. St. John’s, NL: Fisheries and Oceans Canada. Directorate of Fisheries. 2009. Key Figures from Norwegian Aquaculture Industry – Year 2008. Bergen: Government Printing Office. Finstad, B., and T.G. Heggberget. 1993. “Migration, Growth and Survival of Wild and Hatchery‐Reared Anadromous Arctic Charr (Salvelinus alpinus) in Finnmark, Northern Norway.” Journal of Fish Biology 43 (2): 303–12. doi:10.1111/j.1095‐8649.1993.tb00430.x10.1111/j.1095‐8649.1993.tb00430.x. Gulseth, O A., and K.J. Nilssen. 2001. “Life History Traits of Char, Salvelinus alpinus, from a High Arctic Watercourse on Svalbard.” Arctic 54 (1): 1–11. 54  Heasman, M.S., and K.D. Black. 1998. “The Potential of Arctic Char, Salvelinus alpinus (L.), for Mariculture.” Aquaculture Research 29 (1): 67–76.  Johnson, L. 1980. “The Arctic Charr, Salvelinus alpinus.” In Charrs: Salmonid Fishes of the Genus Salvelinus, ed. E.K. Balon, 15–98. The Hague: Dr. W. Junk Publishers.  Johnson, L., and B. Burns, eds. 1984. Biology of the Arctic Charr. Winnipeg: University of Manitoba Press.  Kristoffersen, R. 1991. “Occurrence of the Digenean Cryptocotyle lingua in Farmed Arctic Charr Salvelinus alpinus and Periwinkles Littorina littorea Sampled Close to Charr Farms in Northern Norway.” Diseases of Aquatic Organisms 12: 59–65.  Maitland, P.S. 1995. “World Status and Conservation of the Arctic Charr Salvelinus alpinus (L.).” Nordic Journal of Freshwater Research 71: 113–27.  Mathison, O.A., and M. Berg. 1968. Growth Rates of Char, Salvelinus alpinus (L.), in the Varnes River, Troms, Northern Norway (Drottningholm Report 48), ed. 177–86. Drottningholm, Sweden: Institute of Freshwater Research. Moksness, E. 2008. “Stock Enhancement and Sea Ranching as an Integrated Part of Coastal Zone Management in Norway.” In Stock Enhancement and Sea Ranching: Developments, Pitfalls and Opportunities, 2nd ed., ed. K.M. Leber, S. Kitada, H.L. Blankenship, and T. Svåsand, 1– 3. Oxford: Blackwell Publishing. doi:10.1002/9780470751329.ch1 Nilssen, K.J., and O.A. Gulseth. 1998. “Summer Seawater Tolerance of Small‐Sized Arctic Charr, Salvelinus alpinus, on Svalbard.” Polar Biology 20 (2): 95–98. Rikardsen, A.H., and P.A. Amundsen. 2005. “Pelagic Marine Feeding of Arctic Charr and Sea Trout.” Journal of Fish Biology 66 (4): 1163–66.  55  Roux, M.J., R.F. Tallman, and C.W. Lewis. 2011. “Small‐Scale Arctic Charr Salvelinus alpinus Fisheries in Canada's Nunavut: Management, Challenges and Options.” Journal of Fish Biology 79 (6): 1625–47. Sæther, B.S., S.I. Siikavuopio, H. Thorarensen, and E. Brännäs. 2013. “Status of Arctic Charr (Salvelinus alpinus) Farming in Norway, Sweden and Iceland.” Journal of Ichthyology 53 (10): 833–39. Shershnev, A.P., V.A. Belobrzheskiy, and V.A. Rudnev. 1986. “Population Structure and Spawning Migration of Anadromous Arctic Char, Salvelinus alpinus, of the Melkaya River, Northeastern Sakhalin. Journal of Ichthyology 26: 79–85. Translated from Russian; originally published in Voprosy Ikhtiologii 26 (2): 279–84. Atlantic Salmon Antonsson, T., and S. Gudjonsson. 2002. “Variability in Timing and Characteristics of Atlantic Salmon Smolt in Icelandic Rivers.” Transactions of the American Fisheries Society 131 (4): 643–55. Archer, D., P. Rippon, R. Inverarity, and R. Merrix. 2008. “The Role of Regulating Releases and Natural Spates on Salmonid Migration in the River Tyne, Northeast England.” In Sustainable Hydrology for the 21st Century: Proceedings of the British Hydrology Society 10th National Hydrology Symposium, 15–17 September 2008, Exeter, 452–57. London: British Hydrological Society. Beebe, C.A., and I.R. Savidge. 1988. “Historical Perspective on Fish Species Composition and Distribution in the Hudson River Estuary.” In Science, Law and Hudson River Power Plants, ed. L.W. Barnthouse, R.J. Klauda, D.S. Vaughan, and R.L. Kendall. American Fisheries Society Monograph 4: 25–36. Bégout‐Anras, M. L., J.P. Lagardere, C. Gosset, J. Rives, and P. Prouzer. 2001. “Radiotagging of Atlantic Salmon in the Adour Estuary.” In Proceedings of the 7th International Symposium on the 56  Oceanography of the Bay of Biscay, Biarritz, 4–6 April 2000. Actes de Colloques Ifremer 31: 340–45. Birt, T.P., J.M. Green, and W.S. Davidson. 1990. “Smolting Status of Downstream Migrating Atlantic Salmon (Salmo salar) Parr. Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 47 (6): 1136–39. Carter, T.J., G.J. Pierce, J.R.G. Hislop, J.A. Houseman, and P.R. Boyle. 2001. “Predation by Seals on Salmonids in Two Scottish Estuaries.” Fisheries Management and Ecology 8 (3): 207–35. Colavecchia, M., C. Katopodis, R. Goosney, D.A. Scruton, and R.S. McKinley. 1998. “Measurement of Burst Swimming Performance in Wild Atlantic Salmon (Salmo salar L.) Using Digital Telemetry.” Special Issue. Ecohydraulics, Regulated Rivers: Research and Management 14 (1): 41–51. Crisp, D.T. 2000. Trout and Salmon: Ecology, Conservation and Rehabilitation. Oxford: Blackwell Science. Dahl, K. 1911. The Age and Growth of Salmon and Trout in Norway, as Shown by Their Scales, trans. from Norwegian by Ian Baillee. London: Salmon and Trout Association.  Daniels, R.A., K.E. Limburg, R.E. Schmidt, R.D.L. Strayer, and R.C. Chambers. 2005. “Changes in Fish Assemblages in the Tidal Hudson River, New York.” In Historical Changes in Large River Fish Assemblages of America, ed. J.N. Rinne, R.M. Hughes, and B. Calamusso. American Fisheries Society Symposium 45: 471–503. Davidsen, J.G., N. Plantalech Manel‐la, F. Økland, O.H. Diserud, E.B. Thorstad, B. Finstad, and A.H. Rikardsen. 2008. “Changes in Swimming Depths of Atlantic Salmon Salmo salar Post‐Smolts Relative to Light Intensity.” Journal of Fish Biology 73 (4): 1065–74. 57  Dieperink, C., B.D. Bak, L.F. Pedersen, M.I. Pedersen, and S. Pedersen. 2002. “Predation on Atlantic Salmon and Sea Trout during Their First Days as Postsmolts.” Journal of Fish Biology 61 (3): 848–52. Finstad, B., F. Økland, E.B. Thorstad, P.A. Bjørn, and R.S. McKinley. 2005. “Migration of Hatchery‐Reared Atlantic Salmon and Wild Anadromous Brown Trout Post‐Smolts in a Norwegian Fjord System.” Journal of Fish Biology 66 (1): 86–96. Gudjonsson, S., I.R. Jonsson, and T. Antonsson. 2005. “Migration of Atlantic Salmon, Salmo salar, Smolt through the Estuary Area of River Ellidaar in Iceland.” Journal of Environmental Biology of Fishes 74(3–4): 291–96. Gunnerød, T.B., N.A. Hvidsten, and T.G. Heggberget. 1988. “Open Sea Releases of Atlantic Salmon Smolts, Salmo salar, in Central Norway, 1973–1983.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 45 (8): 1340–45. Handeland, S.O., A.K. Imsland, and S.O. Stefansson. 2008. “The Effect of Temperature and Fish Size on Growth, Feed Intake, Food Conversion Efficiency and Stomach Evacuation Rate of Atlantic Salmon Post‐Smolts.” Aquaculture 283 (1): 36–42. Henriksen, G., and K. Moen. 1997. “Interactions between Seals and Salmon Fisheries in Tana River and Tanafjord, Finnmark, North Norway, and Possible Consequences for the Harbour Seal Phoca vitulina.” Fauna Norvegica 18 (1): 21–31. Hesthagen, T. 1989. “Episodic Fish Kills in an Acidified Salmon River in Southwestern Norway.” Fisheries (Bethesda, MD) 14 (3): 10–19. 58  Hvidsten, N.A., P. Fiske, and B.O. Johnsen. 2004. Innsig og beskatning av Trondheimsfjordlaks, Rapport No. 858 [Stock Size and Exploitation of Trondheimsfjord Salmon, Report No. 858, in Norwegian with English summary]. Trondheim: Norwegian Institute for Nature Research. Hvidsten, N.A., T.G. Heggberget, and A.J. Jensen. 1998. “Sea Water Temperatures at Atlantic Salmon Smolt Entrance.” Nordic Journal Freshwater Research 74: 79–86. Hvidsten, N.A., B.O. Johnsen, and C.D. Levings. 1992. Atferd og emæring hos utvandrende laksesmolt i Trondheimsfjorden [Behaviour and Feeding of Emigrating Salmon Smolts in the Trondheimsfjord, Report No. 164, in Norwegian with English summary]. Trondheim: Norwegian Institute for Nature Research (Oppdragsmelding). Knudsen, R., A.H. Rikardsen, J.B. Dempson, P.A. BjØrn, B. Finstad, M. Holm, and P.A. Amundsen. 2005. “Trophically Transmitted Parasites in Wild Atlantic Salmon Post Smolts from Norwegian Fjords.” Journal of Fish Biology 66 (3): 757–72. Kroglund, F., and M. Staumes. 1999. “Water Quality Requirements of Smolting Atlantic Salmon (Salmo salar) in Limed Acid Rivers.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 56 (11): 2078–86. Lacroix, G.L., D. Knox, and J.J.W. Stokebury. 2005. “Survival and Behaviour of Post‐Smolt Atlantic Salmon in Coastal Habitat with Extreme Tides.” Journal of Fish Biology 66 (2): 485–98. Langdon, J.S., and J.E. Thorpe. 1985. “The Ontogeny of Smoltification: Developmental Patterns of Gill Na+, K+, ‐ATPase, SDH and Chloride Cells in Juvenile Atlantic Salmon, Salmo salar L.” Aquaculture 45 (1–4): 83–96. Lear, W.H. 1972. “Food and Feeding of Atlantic Salmon in Coastal Areas and Oceanic Depths.” International Commission for the Northwest Atlantic Fisheries Research Bulletin 9: 1–39. 59  Lee, R.L.G., and G. Power. 1976. “Atlantic Salmon (Salmo salar) of the Leaf River, Ungava Bay.” Journal of the Fisheries Research Board of Canada 33 (11): 2616–21.  McKinnell, S., A.J. Thomson, E.A. Black, B.L. Wing, C.M. Guthrie IIl, J.F. Koerner, and J.H. Helle. 1997. “Atlantic Salmon in the North Pacific.” Aquaculture 28 (2): 145–57. Mills, D.H., ed. 2003. Salmon at the Edge. Oxford: Wiley‐Blackwell Publishing. Moore, A., S. Ives, T.A. Mead, and L. Talks. 1998. “The Migratory Behaviour of Wild Atlantic Salmon (Salmo salar) Smolts in the River Test and Southampton Water, Southern England.” Hydrobiologia 372: 295–304. Morin, R. 1991. “Atlantic Salmon (Salmo salar) in the Lower Nastapoka River, Québec: Distribution and Origins of Salmon in Eastern Hudson Bay.” Canadian Journal of Zoology 69 (6): 1674–81. doi:10.1139/z91‐232. Naylor, R., K. Hindar, I.A. Fleming, R. Goldburg, S. Williams, J. Volpe, et al. 2005. “Fugitive Salmon: Assessing the Risks of Escaped Fish from Net‐Pen Aquaculture.” BioScience 55 (5): 427–37. Netboy, A. 1968. The Atlantic Salmon: A Vanishing Species? London: Faber and Faber.  Nielsen, C., G. Holdensgaard, H.C. Petersen, B.T. Bjørnssson, and S.S. Madsen. 2001. “Genetic Differences in Physiology, Growth Hormone Levels and Migratory Behaviour of Atlantic Salmon Smolts.” Journal Fish Biology 59 (1): 28–44. Orciari, R.D., and G.H. Leonard. 1996. “Length Characteristics of Smolts and Timing of Downstream Migration among Three Strains of Atlantic Salmon in a Southern New England Stream.” North American Journal of Fisheries Management 16 (4): 851–86. 60  Pinder, A.C., W.D. Riley, A.T. Ibbotson, and W.R.C. Beaumont. 2007. “Evidence for an Autumn Downstream Migration and the Subsequent Estuarine Residence of 0+ Juvenile Atlantic Salmon Salmo salar L., in England.” Journal of Fish Biology 71 (1): 260–64.  Potter, E.C.E. 1988. “Movements of Atlantic Salmon, Salmo salar L., in an Estuary in South‐West England.” Journal of Fish Biology 33 (sA): 153–59. Prusov, S.V., F.G. Whoriskey, and S.J. Crabbe. 2001. Mark‐Recapture Estimate of the Stock Abundance of Atlantic Salmon Done during Catch‐and‐Release Fishing on the Ponoi River, Kola Peninsula, Russia. ICES CM 2001/O:23. Copenhagen: International Council for the Exploration of the Sea. Reddin, D.G., K.D. Friedland, P. Downton, J.G. Dempson, and C. Mullins. 2004. “Thermal Habitat Experienced by Atlantic Salmon (Salmo salar L.) in Coastal Newfoundland Waters.” Fisheries Oceanography 13 (1): 24–35. Rikardsen, A.H., and J.B. Dempson. 2011. “Dietary Life Support: The Food and Feeding of Atlantic Salmon at Sea.” In Atlantic Salmon Ecology, ed. Ø. Aas, S. Einum, A. Klemetsen, and J. Skurdal, 115–44. Oxford: Blackwell Publishing. Shearer, W.M. 1992. The Atlantic Salmon: Natural History, Exploitation and Future Management. Oxford: Fishing News Books. Solomon, D.J., and H.T. Sambrook. 2004. “Effects of Hot Dry Summers on the Loss of Atlantic Salmon, Salmo salar, from Estuaries in South West England.” Fisheries Management and Ecology 11 (5): 353–63. Spares, A.D., J.M. Reader, M.J.W. Stokesbury, T. McDermott, L. Zikovsky, T.S. Avery, and M.J. Dadswell. 2007. “Inferring Marine Distribution of Canadian and Irish Atlantic salmon (Salmo salar L.) in the 61  North Atlantic from Tissue Concentrations of Bio‐Accumulated Caesium 137.” ICES Journal of Marine Science 64 (2): 394–404. Sprague, J.B., and D.W. McLeese. 1968. “Toxicity of Kraft Pulp Mill Effluent for Larval and Adult Lobsters and Juvenile Salmon.” Water Research 2 (11): 753–60. Svenning, M.A., S.E. Fagermo, R.T. Barett, R. Borgstrom, W. Vader, T. Pedersen, and S. Sandring. 2005. “Goosander Predation and Its Potential Impact on Atlantic Salmon Smolts in the River Tana Estuary, Northern Norway.” Journal of Fish Biology 66 (4): 924–37. Talbot, C., R.M. Stagg, and F.B. Eddy. 1992. “Renal, Respiratory and Ionic Regulation in Atlantic Salmon (Salmo salar L.) Kelts Following Transfer from Fresh Water to Seawater.” Journal of Comparative Physiology B: Biochemical, Systemic, and Environmental Physiology 162 (4): 358–64. Tay District Salmon Fisheries Board. 2014. “History of Salmon Fishing on the River Tay.” http://www.tdsfb.org/Historyofsalmonfishing.htm. Thorpe, J.E., and R.I.G. Morgan. 1978. “Periodicity in Atlantic Salmon Salmo salar L. Smolt Migration.” Journal of Fish Biology 12 (6): 541–48. Thorstad, E.B., F. Økland, B. Finstad, R. Sivertsgr, P.L. Bjorn, and R. McKinley. 2004. “Migration Speeds and Orientation of Atlantic Salmon and Sea Trout Post‐Smolts in a Norwegian Fjord System. Environmental Biology of Fishes 71 (3): 305–11. Verspoor, E., L. Stradmeyer, and J.L. Nielsen, eds. 2007. The Atlantic Salmon: Genetics, Conservation and Management. Oxford: Blackwell Publishing. Webster, D.A. 1982. “Early History of Atlantic Salmon in New York.” New York Fish and Game Journal 29: 26–44. 62  Brook Trout Berkes, F., and M.R.R. Freeman. 2011. “Human Ecology and Resource Use.” In Canadian Inland Seas, ed. I.P. Martini, 425–56. Amsterdam: Elsevier. Bonney, F.R. 2009. Brook Trout Management Plan. Augusta, ME: Department of Inland Fisheries and Wildlife, Divisions of Fisheries and Planning. Castonguay, M., G.J. FitzGerald, and Y. Côté. 1982. “Life History and Movements of Anadromous Brook Charr, Salvelinus fontinalis, in the St‐Jean River, Gaspé, Québec.” Canadian Journal of Zoology 60 (12): 3084–91. doi:10.1139/z82‐392. Chu, C., N.E. Mandrak, and C.K. Minns. 2005. “Potential Impacts of Climate Change on the Distributions of Several Common and Rare Freshwater Fishes in Canada.” Diversity and Distributions 11 (4): 299–310. Curry, R.A., D. Sparks, and J. van de Sande. 2002. “Spatial and Temporal Movements of a Riverine Brook Trout Population.” Transactions of the American Fisheries Society 131 (3): 551–60. Dutil, J.D. 1976. “L’Omble de fontaine (Salvelinus fontinalis) du golfe Guillaume Delisle, Nouveau‐Québec.” MSc thesis, Laval University. Dutil, J.D., and G. Power. 1980. “Coastal Populations of Brook Trout, Salvelinus fontinalis, in Lac Guillaume‐Delisle (Richmond Gulf) Québec.” Canadian Journal of Zoology 58 (10): 1828–35. Gibson, R.J., and F.C. Whoriskey. 1980. “An Experiment to Induce Anadromy in Wild Brook Trout in a Québec River on the North Shore of the Gulf of St. Lawrence.” Naturaliste Canadien 107 (2): 101–110. 63  Jardine, T.D., D.F. Cartwright, J.P. Dietrich, and R.A. Cunjak. 2005. “Resource Use by Salmonids in Riverine, Lacustrine and Marine Environments: Evidence from Stable Isotope Analysis.” Environmental Biology of Fishes 73 (3): 309–19. Montgomery, W.L., S.D. McCormick, R.J. Naiman, F.G. Whoriskey, and G. Black. 1990. “Anadromous Behaviour of Brook Charr Salvelinus fontinalis in the Moisie River, Québec, Canada. Polish Archives of Hydrobiology 37 (1–2): 43–62. Morinville, G.R., and J.B. Rasmussen. 2003. “Early Juvenile Bioenergetic Differences between Anadromous and Resident Brook Trout (Salvelinus fontinalis).” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 60 (4): 401–410. doi: 10.1139/f03‐036. –. 2006. “Marine Feeding Patterns of Anadromous Brook Trout (Salvelinus fontinalis) Inhabiting an Estuarine River Fjord. Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 63 (9): 2011–27. –. 2008. “Distinguishing between Juvenile Anadromous and Resident Brook Trout (Salvelinus fontinalis) Using Morphology. Environmental Biology of Fishes 81 (2): 171–84. Mullan, J.W. 1958. The Sea‐Run or Salter Brook Trout (Salvelinus fontinalis) Fishery of the Coastal Streams of Cape Cod, Massachusetts. Massachusetts Division of Fisheries and Game Bulletin No. 17. Boston: Division of Fisheries and Game. Naiman, R.J., S.D. McCormick, W.L. Montgomery, and R. Morin. 1987. “Anadromous Brook Charr, Salvelinus fontinalis: Opportunities and Constraints for Population Enhancement. Marine Fisheries Review 49 (4): 1–13.  Power, G. 1980. “The Brook Charr, Salvelinus fontinalis.” In Charrs: Salmonid Fishes of the Genus Salvelinus, ed. E.K. Balon, 141–203. The Hague: Dr. W. Junk Publishers.  64  Prince Edward Island, Fish and Wildlife Division, and Wildlife Habitat Canada. 1991. Observations on Growth Rates: Angling Yields and Movements of Sea‐Sun Brook Trout (Salvelinus fontinalis) in the Montague River 1987—1990. Charlottetown, PEI: Fish and Wildlife Division.  Redenbach, Z., and E.B. Taylor. 2002. “Evidence for Historical Introgression along a Contact Zone between Two Species of Char (Pisces: Salmonidae) in Northwestern North America.” Evolution 56 (5): 1021–35. Saunders, J.W., and M.W. Smith. 1964. “Planting Brook Trout (Salvelinus fontinalis [Mitchill]) in Estuarial Waters.” Canadian Fisheries Culture 32: 25–30.  Smith, M.W., and J.W. Saunders. 1958. “Movements of Brook Trout, Salvelinus fontinalis (Mitchill) between and within Fresh and Salt Water.” Journal of the Fisheries Research Board of Canada 15 (6): 1403–49. Thériault, V., and J.J. Dodson. 2003. “Body Size and the Adoption of a Migratory Tactic in Brook Charr.” Journal of Fish Biology 63 (5): 1144–59. doi:10.1046/j.1095‐8649.2003.00233.x. Bull Trout Brenkman, S.J., and S.C. Corbett. 2005. “Extent of Anadromy in Bull Trout and Implications for Conservation of a Threatened Species. North American Journal of Fisheries Management 25 (3): 1073–81. –. 2007. “Use of Otolith Chemistry and Radiotelemetry to Determine Age‐Specific Migratory Patterns of Anadromous Bull Trout in the Hoh River, Washington.” Transactions of the American Fisheries Society 136 (1): 1–11. 65  Cavender, T.M. 1978. “Taxonomy and Distribution of the Bull Trout, Salvelinus confluentus (Suckley), from the American Northwest.” California Fish and Game 64: 139–74. Goetz, F.A., E. Connor, E. Jeanes, G. Hart, and C. Ebel. 2005. Puget Sound Bull Trout: The Unrecognized Anadromous Salmonid of the Pacific Northwest: Proceedings of the 2005 Puget Sound Georgia Basin Research Conference. Seattle: Puget Sound Action Team. Goetz, F.A., E. Jeanes, and E. Beamer. 2004. Bull Trout in the Nearshore: Preliminary Draft. Seattle: US Army Corp of Engineers. Haas, G.R., and J.D. McPhail. 1991. “Systematics and Distribution of Dolly Varden (Salvelinus malma) and Bull Trout (Salvelinus confluentus) in North America.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 48 (11): 2191–2211. Taylor, E.B., and A.B. Costello. 2006. “Microsatellite DNA Analysis of Coastal Populations of Bull Trout (Salvelinus confluentus) in British Columbia: Zoogeographic Implications and Applications to Recreational Fishery Management.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 63 (5): 1157–71.  Chinook Salmon Argue, A.W., B. Hillaby, and C.D. Shepard. 1986. Distribution, Timing, Change in Size, and Stomach Contents of Juvenile Chinook and Coho Salmon Caught in Cowichan Estuary and Bay, 1973, 1975, 1976. Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences No. 1431. Nanaimo, BC: Fisheries and Oceans Canada. Beamer, E.M., R.E. McClure, and B.A. Hyman. 2000. Fiscal Year 1999 Skagit River Chinook Restoration Research: Project Performance Report. LaConner, WA: Skagit System Cooperative. 66  Campbell, L.A. 2010. “Life Histories of Juvenile Chinook Salmon (Oncorhynchus tshawytscha) in the Columbia River Estuary as Inferred from Scale and Otolith Microchemistry.” MS thesis, Oregon State University. Candy, B.R., and T.D. Beacham. 2000. “Patterns of Homing and Straying in Southern British Columbia Coded‐Wire‐Tagged Chinook Salmon Populations.” Fisheries Research 47 (1): 41–56. Connor, W.P., J.G. Sneva, K.F. Tiffan, R.K. Steinhorst, and D. Ross. 2005. “Two Alternative Juvenile Life History Types for Fall Chinook Salmon in the Snake River Basin.” Transactions of the American Fisheries Society 134 (2): 291–304. doi:10.1577/T03‐131.1. Dauble, D.D., and R.P. Mueller. 2000. “Upstream Passage Monitoring: Difficulties in Estimating Survival for Adult Chinook Salmon in the Columbia and Snake Rivers.” Fisheries (Bethesda, MD) 25 (8): 24–34. Evanson, M. 2009. “Chinook Salmon Population Dynamics and Life History Strategies in the Squamish River Watershed, BC, Canada.” PhD dissertation, University of California at Los Angeles. Fisher, F.W. 1994. “Past and Present Status of Central Valley Chinook Salmon.” Conservation Biology 8 (3): 870–73. Fisher, J.P., and W.G. Pearcy. 1990. “Distribution and Residence Times of Juvenile Fall and Spring Chinook Salmon in Coos Bay, Oregon.” Fishery Bulletin 88 (1): 51–58. Healey, M.C. 1983. “Coastwide Distribution and Ocean Migration Patterns of Stream and Ocean Type Chinook Salmon, Oncorhynchus tshawytscha.” Canadian Field Naturalist 97: 427–33. 67  Hvidsten, N.A., C.D. Levings, and J. Grout. 1996. A Preliminary Study of Hatchery Chinook Salmon Smolts Migrating in the Lower Fraser River, Determined by Radiotagging. Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences No. 2085. West Vancouver: Fisheries and Oceans Canada. Johnson, S.W., J.F. Thedinga, and K.V. Koski. 1992. “Life History of Juvenile Ocean‐Type Chinook Salmon (Oncorhynchus tshawytscha) in the Situk River, Alaska.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 49 (12): 2621–29.  Lister, D.B., and H.S. Genoe. 1970. “Stream Habitat Utilization by Cohabiting Underyearlings of Chinook (Oncorhynchus tshawytscha) and Coho (O. kisutch) in the Big Qualicum River, British Columbia.” Journal of the Fisheries Research Board of Canada 27 (7): 1215–24. Lister, D.B., and C.E. Walker. 1966. “The Effect of Flow Control on Freshwater Survival of Chum, Coho, and Chinook Salmon on the Big Qualicum River.” Canadian Fish Culturist 37: 3–25. Mahnken, C., G. Ruggerone, W. Waknitz, and T. Flagg. 1998. A Historical Perspective on Salmonid Production from Pacific Rim Hatcheries. North Pacific Anadromous Fish Commission Bulletin No. 1, 38–53. Vancouver: North Pacific Anadromous Fish Commission. McCabe, G.T., R.L. Emmet, W.D. Muir, and T.H. Blahm. 1986. “Utilization of the Columbia River Estuary by Subyearling Chinook Salmon.” Northwest Science 60 (2): 113–24. McLain, J., and C. Gonzalo. 2009. “Nearshore Areas Used by Fry Chinook Salmon, Oncorhynchus tshawytscha, in the Northwestern Sacramento–San Joaquin Delta, California.” San Francisco Estuary and Watershed Science 7 (2): 1–12. Raquel, P.F. 1996. “Comparison of Juvenile Chinook Salmon Catches in a Pushnet and Midwater Trawl.” California Fish and Game 82: 54–56.  68  Rosberg, G.E., and J. Millar. 1987. Juvenile Chinook and Coho Migration Monitoring in the Lower Reach of the Fraser River Mainstem, 1985–1986. Vancouver: Fisheries and Oceans Canada/G.E. Rosberg and Associates. Wallace, M., and B. Collins. 1997. “Variation in Use of the Klamath River Estuary by Juvenile Chinook Salmon.” California Fish and Game 83 (4): 132–43. Yates, D., H. Galbraith, D. Purkey, A. Huber‐Lee, J. West, S. Herrod‐Julius, and B. Joyce. 2007. “Climate Warming, Water Storage, and Chinook Salmon in California’s Sacramento Valley.” Climatic Change 91 (3–4): 335–50. Yates, S. 2001. “Effects of Swinomish Channel and Jetty and Causeway on Outmigrating Salmon (Oncorhynchus tshawytscha) from the Skagit River, Washington.” MS thesis, Western Washington University. Yoshiyama, R.M., F.F. Fisher, and P.B. Moyle. 1998. “Historical Abundance and Decline of Chinook Salmon in the Central Valley Region of California.” North American Journal of Fisheries Management 18 (3): 487–521. Zabel, R.W., and S. Achord. 2004. “Relating Size of Juveniles to Survival within and among Populations of Chinook Salmon. Ecology 85 (3): 795–806.  Chum Salmon Beacham, T.D., and C.B. Murray. 1986. “Comparative Developmental Biology of Chum Salmon (Oncorhynchus keta) from the Fraser River, British Columbia.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 43 (2): 252–62. 69  –. 1987. “Adaptive Variation in Body Size, Age, Morphology, Egg Size, and Developmental Biology of Chum Salmon (Oncorhynchus keta) in British Columbia.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 44 (2): 244–61. doi:10.1139/f87‐034. Burger, L.F., and D.J.H. Nishimura. 1996. “Chum Fry Residency and Stomach Content Analysis at Transplanted Marsh Habitat Sites in the Fraser River Estuary.” In Created and Restored Sedge Marshes in the Lower Fraser River and Estuary: An Evaluation of Their Functioning as Fish Habitat (Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences No. 2126), ed. C.D. Levings and D.J.H. Nishimura, 103–26. Nanaimo, BC: Fisheries and Oceans Canada. Bussanich, R., D. Robichaud, and G. Glova. 2009. Stave River Project Water Use Plan: Diel Pattern of Fry Out‐Migration. Reference no. SFLMON#7. Burnaby: British Columbia Hydro Water Licence Requirements. Department of Fisheries and Oceans. 1995. Fraser River Chum: Fraser River Action Plan, Fishery Management Group. Vancouver: Fisheries and Oceans Canada. Fraser, F.J., D.T. Lightly, and D.D. Bailey. 1974. An Inventory of East Coast Vancouver Island Streams Important to Chum Salmon. Canada Fisheries and Marine Service Technical Report Series PAC/T, 74–21. Vancouver: Fisheries and Marine Service. Fresh, K.L., and S.L. Schroder 1987. “Influence of the Abundance, Size and Yolk Reserves of Juvenile Chum Salmon (Oncorhynchus keta) on Predation by Freshwater Fishes in a Small Coastal Stream.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 44 (2): 236–43. Fukuwaka, M., and T. Suzuki. 1998. “Role of a Riverine Plume as a Nursery Area for Chum Salmon Oncorhynchus keta.” Marine Ecology Progress Series 173: 289–97. 70  Geist, D.R., E.V. Arntzen, C.J. Murray, K.E. McGrath, Y.J. Bott, and T.P. Hanrahan. 2008. “Influence of River Level on Temperature and Hydraulic Gradients in Chum and Fall Chinook Salmon Spawning Areas Downstream of Bonneville Dam, Columbia River.” North American Journal of Fisheries Management 28 (1): 30–41. Johnson, O.W., W.S. Grant, R.G. Kope, K. Neely, F. William Waknitz, and R.S. Waples. 1997. Status Review of Chum Salmon from Washington, Oregon, and California. NOAA Technical Memorandum NMFS‐NWFSC‐32. Washington, DC: US Department of Commerce.  Kawamura, H., S. Kudo, M. Miyamoto, M. Nagata, and K. Hirano. 2000. “Movements, Food and Predators of Juvenile Chum Salmon (Oncorhynchus keta) Entering the Coastal Sea of Japan Off Northern Hokkaido in Warm and Cool Years.” North Pacific Anadromous Fisheries Commission Bulletin 2: 23–41. Kayev, A.M. 1984. “Factors Influencing Survival of Chum Salmon Oncorhynchus keta (Salmonidae), during the Early Marine Period.” Journal of Ichthyology 23: 7–17. Levy, D.A. 1978. “Chum Salmon in a Tidal Creek of the Squamish River Estuary, British Columbia.” In Fish Food Habits Studies: Proceedings of the Second Pacific Northwest Technical Workshop, Maple Valley, WA, ed. S.J. Lipovskyand C.A. Simenstad, 18–24. Seattle: University of Washington. Mason, J.C. 1974. “Behavioral Ecology of Chum Salmon Fry (Oncorhynchus keta) in a Small Estuary.” Journal of the Fisheries Research Board of Canada 31: 83–92.  Mayama, H. 1985. “Technical Innovations in Chum Salmon Enhancement with Special Reference to Fry Condition and Timing of Release.” In Proceedings of the Eleventh US‐Japan Meeting on Aquaculture, Salmon Enhancement, Tokyo, Japan, October 19–20, 1982 (NOAA Technical 71  Memorandum NMFS 27), ed. C.J. Sindermann, 83–86). Washington, DC: US Department of Commerce. Merritt, M.F., and J.A. Raymond. 1983. Early Life History of Chum Salmon in the Noatak River and Kotzebue Sound. Fisheries Rehabilitation Enhancement and Development Program (FRED) Report 1. Juneau: Alaska Department of Fish and Game. Nagasawa, K., and H. Kawamura. 2002. “Predation on Juvenile Chum Salmon Oncorhynchus keta by Fishes and Birds in Rivers and Coastal Oceanic Waters of Japan.” In Ecology of Aquaculture Species and Enhancement of Stocks: Proceedings of the Thirtieth US‐Japan Meeting on Aquaculture, Sarasota, Florida, December 2–3, 2001 (UJNR Technical Report No. 30), ed. Y. Nakamura, J.P. McVey, K. Leber, C. Neidig, S. Fox, and K. Churchill, 127–38. Sarasota, FL: Mote Marine Laboratory. Reimchen, T.E. 2000. “Some Ecological and Evolutionary Aspects of Bear‐Salmon Interactions in Coastal British Columbia.” Canadian Journal of Zoology 78 (3): 448–57. Salmenkova, E.A., V.T. Omel’chenko, and I. Roslyy. 1994. “Genetic Differentiation of Chum Salmon of the Amur Basin.” Genetika 30: 518–28. Salo, E.O. 1991. “Life History of Chum Salmon, Oncorhynchus keta.” In Pacific Salmon Life Histories, ed. C. Groot and L. Margolis, 231–309. Vancouver: UBC Press.  Sano, S. 1966. “Chum Salmon in the Far East.” International North Pacific Fisheries Commission Bulletin 18: 41–57. Takami, T., and T. Aoyama. 1997. “White‐Spotted Charr Predation on Juvenile Chum Salmon in Coastal Waters in Northern Japan.” Science Reports of the Hokkaido Salmon Hatchery 51: 57–61. 72  Uchida, K., and T. Kaneko. 1996. “Enhanced Chloride Cell Turnover in the Gills of Chum Salmon Fry in Seawater.” Zoological Sciences 13 (5): 655–60. doi:10.2108/zsj.13.655.  Coho Salmon Alvarado, F., R.O. Briggs, and H.T. McCrary. 2004. A Petition to the California Fish and Game Commission to Redefine the Southern Boundary of the Central California Coast Coho Salmon (Oncorhynchus kisutch) Evolutionary Significant Unit. Davenport, CA: Big Creek Lumber, Central Coast Forest Association. Atagi, D.Y. 1994. “Estuarine Use by Juvenile Coho Salmon (Oncorhynchus kisutch): Is It a Viable Life History Strategy?” MSc thesis, University of British Columbia. Bigg, M. A., G.M. Ellis, P. Cottrell, and L. Milette. 1990. Predation by Harbour Seals and Sea Lions on Adult Salmon in Comox Harbour and Cowichan Bay, British Columbia, Canada. Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences No. 1769. Nanaimo, BC: Fisheries and Oceans Canada. Bilton, H.T., D.F. Alderdice, and J.T. Schnute. 1982. “Influence of Time and Size at Release of Juvenile Coho Salmon (Oncorhynchus kisutch) on Returns at Maturity.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 39 (3): 426–47. Crone, R.A. and C.E. Bond. 1976. “Life History of Coho Salmon, Oncorhynchus kisutch, in Sashin Creek, Southeastern Alaska.” Fishery Bulletin 74 (4): 897–923. Durkin, J.T. 1982. “Migration Characteristics of Coho Salmon (Oncorhynchus kisutch) Smolts in the Columbia River and Its Estuary.” In Estuarine Comparisons, ed. V.S. Kennedy, 365–76. New York: Academic Press. 73  Hoem Neher, T.D., A.E. Rosenberger, C.E. Zimmerman, C.M. Walker, and S.J. Baird. 2013. “Estuarine Environments as Rearing Habitats for Juvenile Coho Salmon in Contrasting South‐Central Alaska Watersheds.” Transactions of the American Fisheries Society 142 (6): 1481–94.  Johnson, S.W., and J. Heifetz. 1988. “Osmoregulatory Ability of Wild Coho Salmon (Oncorhynchus kisutch) and Dolly Varden Charr (Salvelinus malma) Smolts.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 45 (8): 1487–90. doi:10.1139/f88‐174 Mason, J.C. 1975. “Seaward Movement of Juvenile Fishes, Including Lunar Periodicity in the Movement of Coho Salmon (Oncorhynchus kisutch) Fry.” Journal of the Fisheries Research Board of Canada 32: 2542–47. Murray, C.B., T.D. Beacham, and L.W. Barner. 1993. “Growth and Survival of Newly Emerged and Juvenile Coho Salmon (Oncorhynchus kisutch) Reared at Different Salinities.” Canadian Journal of Zoology 71 (6): 1230–37. Noakes, D.J., R.J. Beamish, R. Sweeting, and J.R. King. 2000. “Changing the Balance: Interactions between Hatchery and Wild Pacific Coho Salmon in the Presence of Regime Shifts.” In Proceedings of the 1999 Symposium on Recent Changes in Ocean Production of Pacific Salmon, November 1–2, 1999, Juneau, Alaska, U.S.A. (North Pacific Anadromous Fish Commission Bulletin 2), ed. J. Helle, 155–63. Juneau: North Pacific Anadromous Fish Commission.  Roni, P., T. Bennett, R. Holland, G. Pess, K. Hanson, R. Moses, et al. 2012. “Factors Affecting Migration Timing, Growth, and Survival of Juvenile Coho Salmon in Two Coastal Washington Watersheds.” Transactions of the American Fisheries Society 141 (4): 890–906. doi:10.1080/00028487.2012.675895.  74  Sandercock, F.K. 1991. “Life History of Coho Salmon.” In Pacific Salmon Life Histories, ed. C. Groot and L. Margolis, 397–445. Vancouver: UBC Press.  Sasaki, R., A. Oshin, and R. Kikuchi. 2002. “Aggregative Distribution of Benthic Animals in Conjunction with Environmental Conditions below Coho Salmon Culture‐Pen.” Miyagi Prefectural Report of Fisheries Science 2: 17–26.  Tschaplinski, P.J. 1987. “Comparative Ecology of Stream‐Dwelling and Estuarine Juvenile Coho Salmon (Oncorhynchus kisutch) in Carnation Creek, Vancouver Island, British Columbia.” PhD dissertation, University of Victoria. Varnavsky, V.S., T. Sakamoto, and T. Hirano. 1992. “Stunting of Wild Coho Salmon (Oncorhynchus kisutch) in Seawater: Patterns of Plasma Thyroid Hormones, Cortisol, and Growth Hormone.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 49 (3): 458–61.  Cutthroat Trout Armstrong, R.H. 1971. “Age, Food, and Migration of Sea‐Run Cutthroat Trout, Salmo clarkii, at Eva Lake, Southeastern Alaska.” Transactions of the American Fisheries Society 100 (2): 302–6. Giger, R.D. 1972. Ecology and Management of Coastal Cutthroat Trout in Oregon. Fisheries Research Report 6. Corvallis: Oregon State Game Commission. Gresswell, R.E., and R.D. Harding. 1997. “Role of Special Angling Regulations in Maintaining and Rebuilding Sea‐Run Coastal Cutthroat Trout Populations.” In Sea‐Run Cutthroat Trout: Biology, Management, and Future Conservation, ed. J.D. Hall, P.A. Bisson, and R.E. Gresswell, 151–56. Portland: Oregon Chapter, American Fisheries Society. 75  Hudson, J.M., J.R. Johnson, J. Hogle, J. Brunzell, and J. Zydlewski. 2008. Movement of Adult Coastal Cutthroat Trout (Oncorhynchus clarkii clarkii) in the Lower Columbia River Mainstem and Estuary. Project No. 12308. Vancouver, WA: US Fish and Wildlife Service. Johnson, J.M. 1982. “Life History of Anadromous Cutthroat with Emphasis on Migratory Behavior.” In Proceedings of Salmon and Trout Migratory Behavior Symposium, ed. E.L. Brannon, and E.O. Salo, 123–27. Seattle: University of Washington. Johnson, O.W., M.H. Ruckelshaus, W.S. Grant, F. William Waknitz, A.M. Garret, G. Bryant, et al. 1999. Status Review of Coastal Cutthroat Trout from Washington, Oregon, and California. NOAA Technical Memorandum NMFS‐NWFSC‐37. Washington, DC: US Department of Commerce. Jones, D.S., I.A. Fleming, L. McLaughlin, and K.K. Jones. 2008. “Feeding Ecology of Cutthroat Trout in the Salmon River Estuary, Oregon.” In The 2005 Coastal Cutthroat Trout Symposium: Status, Management, Biology, and Conservation (Proceedings), ed. P.J. Connelly, T.H. Williams, and R.E. Gresswell, 114–51. Portland, OR: American Fisheries Society. Lawson, P.W., E.A. Logerwell, N.J. Mantua, R.C. Francis, and V.N. Agostini. 2004. “Environmental Factors Influencing Freshwater Survival and Smolt Production in Pacific Northwest Coho Salmon (Oncorhynchus kisutch).” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 61 (3): 360–73. Loch, J.J. 1982. Juvenile and Adult Steelhead and Sea‐Run Cutthroat Trout within the Columbia River Estuary, 1980. Annual Report 82‐2. Olympia: Washington Department of Fish and Wildlife. Loch, J.J., and D.R. Miller. 1988. “Distribution and Diet of Sea‐Run Cutthroat Trout Captured in and Adjacent to the Columbia River Plume, May‐July 1980.” Northwest Science 62 (1): 41–48. 76  Pearcy, W.G. 1997. “The Sea‐Run and the Sea.” In Sea‐Run Cutthroat Trout: Biology, Management, and Future Conservation, ed. J.D. Hall, P.A. Bisson, and R.E. Gresswell, 29–36. Corvallis, OR: American Fisheries Society. Saiget, D.A., M.R. Sloar, and G.H. Reeves. 2007. “Spawning and Movement Behavior of Migratory Coastal Cutthroat Trout on the Western Copper River Delta, Alaska.” North American Journal of Fisheries Management 27: 1029–40.  Tomasson, T. 1978. “Age and Growth of Cutthroat Trout, Salmo clarkii clarkii Richardson, in the Rogue River, Oregon.” MS thesis, Oregon State University. Trotter, P.C. 1989. “Coastal Cutthroat Trout: A Life History Compendium.” Transactions of the American Fisheries Society 118 (5): 463–73. doi:10.1577/1548‐8659(1989)118<0463:CCTALH>2.3.CO;2. Zydlewski, G.B., J. Zydlewski, and J. Johnson. 2009. “Patterns of Migration and Residency in Coastal Cutthroat Trout Oncorhynchus clarkii clarkii from Two Tributaries of the Lower Columbia River.” Journal of Fish Biology 75 (1): 203–22. doi:10.1111/j.1095‐8649.2009.02280.x.  Dolly Varden Armstrong, R.H., and J.E. Morrow. 1980. “The Dolly Varden Charr, Salvelinus malma.” In Charrs: Salmonid Fishes of the Genus Salvelinus, ed. E.K. Balon, 99–140. The Hague: Dr. W. Junk Publishers. Chereshnev, I.A., P.K. Gudkov, and M.Y. Neyman. 1989. “Characterization of a Population of Dolly Varden Char of the Chegitun’ River Basin (Arctic Coast of Eastern Chukchi).” Journal of Ichthyology 29 (3): 64–79. Originally published in Voprosy Ikhtiologii 29 (2): 273–80 (1982). 77  DeCicco, A.L. 1992. “Long‐Distance Movements of Anadromous Dolly Varden between Alaska and the USSR.” Arctic 45 (2): 120–23. Department of Fisheries and Oceans Canada. 2001. Rat River Dolly Varden. Science Stock Status Report D5 61. Ottawa: Fisheries and Oceans Canada.  Gallaway, B.J., and R.G. Fechhelm. 2000. “Anadromous and Amphidromous Fishes.” In The Natural History of an Arctic Oil Field: Development and the Biota, ed. J.C. Truettand and S.R. Johnson, 349–66. New York: Academic Press. Gudkov, P.K. 1990. “Data on the Biology of the Diadromous Dolly Varden Charr, Salvelinus malma, of the Chaun River Basin (Arctic Coast of Chukotka).” Journal of Ichthyology / Voprosy Ikhtiologii 30 (3): 125–41. –. 1995. “Preliminary Results of the Study on the Sympatric Chars on the Chukotsk Peninsula.” Nordic Journal of Freshwater Research 71: 258–64. Haas, G.R., and J.D. McPhail. 1991. “Systematics and Distribution of Dolly Varden (Salvelinus malma) and Bull Trout (Salvelinus confluentus) in North America.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 48 (11): 2191–2211. Heiser, D.W. 1966. Age and Growth of Anadromous Dolly Varden Charr Salvelinus malma (Walbaum) in Eva Creek, Baranof Island, Southeastern Alaska. Southeastern Alaska Research Report No. 5, 1–29. Juneau: Alaska Department of Fish and Game. Lagler, K.F., and A.T. Wright. 1962. “Predation of the Dolly Varden, Salvelinus malma, on Young Salmons, Oncorhynchus spp., in an Estuary of Southern Alaska.” Transactions of the American Fisheries Society 91 (1): 90–93. 78  Narver, D., and M. Dahlberg. 1965. “Estuarine Food of Dolly Varden at Chignik, Alaska.” Transactions of the American Fisheries Society 94 (4): 405–8. Redenbach, Z., and E.B. Taylor. 2002. “Evidence for Historical Introgression along a Contact Zone between Two Species of Charr (Pisces: Salmonidae) in Northwestern North America.” Evolution 56 (5): 1021–35. Stephenson, S.A. 2003. Local and Scientific Observations of Dolly Varden (Salvelinus malma W.) in the Big Fish River, Northwest Territories, Canada: 1995–2002. Canadian Manuscript Report of Fisheries and Aquatic Sciences No. 2644. Ottawa: Fisheries and Oceans Canada. Tiller, I.V. 2013. “Biology and Fishery of the Dolly Varden Charr (Salvelinus malma) on the East Coast of Kamchatka.” Journal of Ichthyology / Voprosy Ikhtiologii 53 (10): 875–83. Umatani, Y., T. Arai, and K. Maekawa. 2008. “Variation in Migratory History of Dolly Varden in a Stream with an Artificial Dam in the Shiretoko Peninsula, Hokkaido, Japan.” Environmental Biology of Fishes 83 (1): 37–44.  Underwood, T.J., M.J. Millard, and L.A. Thorpe. 1996. “Relative Abundance, Length Frequency, Age, and Maturity of Dolly Varden in Nearshore Waters of the Arctic National Wildlife Refuge, Alaska.” Transactions of the American Fisheries Society 125 (5): 719–28.  Lake Trout Vogel, J.L., and D.A. Beauchamp. 1999. “Effects of Light, Prey Size, and Turbidity on Reaction Distances of Lake Trout (Salvelinus namaycush) to Salmonid Prey.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 56 (7): 1293–97.   79  Masu Ando, D., and Y. Miyakoshi. 2003. “Estimates of Catch Numbers by Recreational Fishing for Masu Salmon Smolts Stocked in the Lower Area of a River.” Scientific Reports of the Hokkaido Fish Hatchery 57: 49–53. Arai, T., and K. Tsukamoto. 1998. “Application of Otolith Sr:Ca Ratios to Estimate the Migratory History of Masu Salmon, Oncorhynchus masou.” Ichthyological Research 45 (3): 309–13. Kato, F. 1973. “Ecological Study of the Sea‐Run Form of Oncorhynchus rhodurus, Found in Ise Bay, Japan.” Japanese Journal of Ichthyology 20 (4): 225–34. Kimura, S., and H. Tsukahara. 1969. “On the Smolts of the Salmon, Oncorhynchus masou (Brevoort) Obtained in Ariake Sound in Kyushu.” Japanese Journal of Ichthyology 16: 131–34. Machidori, S., and F. Kato. 1984. Spawning Populations and Marine Life of Masu Salmon (Oncorhynchus masou). International North Pacific Fisheries Commission Bulletin No. 43. Vancouver: International North Pacific Fisheries Commission. Miyakoshi, Y., M. Nagata, and S. Kitada. 2001. “Effect of Smolt Size on Postrelease Survival of Hatchery‐Reared Masu Salmon Oncorhynchus masou.” Fisheries Science 67 (1): 134–37. doi:10.1046/j.1444‐2906.2001.00209. Morita, K., T. Saito, Y. Miyakoshi, M. Fukuwaka, T. Nagasawa, and M. Kaeriyama. 2006. “A Review of Pacific Salmon Hatchery Programmes on Hokkaido Island, Japan.” ICES Journal of Marine Science 63 (7): 1353–63. Nagata, M., and J.R. Irvine. 1997. “Differential Dispersal Patterns of Male and Female Masu Salmon Fry.” Journal of Fish Biology 51 (3): 601–6. 80  Nagata, M. 2002. “Ecological Studies on the Dispersal of Newly Emerged Masu Salmon Fry, Oncorhynchus masou.” Scientific Reports of the Hokkaido Fish Hatchery 56: 1–87.  Ohta, H., A. Nishimura, Y. Sasaki, Y. Tamiya, T. Kitamura, and K. Imada. 1988. “Growth of the Masu Salmon, Oncorhynchus masou, Smolts Reared in a Sea Pen.” Scientific Reports of the Hokkaido Fish Hatchery 43: 77–80.  Tsiger, V.V., V.I. Skirin, N.I. Krupyanko, K.A. Kashkin, and A.Y. Semenchenko. 1994. “Life History Forms of Male Masu Salmon in South Primor’e, Russia.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 51: 197–208. Pink Salmon Brannon, E.L., L.L. Moulton, L.G. Gilbertson, A.W. Maki, and J.R. Skalski. 1995. “An Assessment of Oil Spill Effects on Pink Salmon Populations Following the Exxon Valdez Oil Spill. Part 1: Early Life History.” In Exxon Valdez Oil Spill: Fate and Effects in Alaska Waters (ASTM Special Technical Publication 1219), ed. P.G. Wells, J.N. Butler, and J.S. Hughes, 548–84. Philadelphia: American Society for Testing and Materials. Grant, A., M. Gardner, L. Nendick, M. Sackville, A.P. Farrell, and C.J. Brauner. 2009. “Growth and Ionoregulatory Ontogeny of Wild and Hatchery‐Raised Juvenile Pink Salmon (Oncorhynchus gorbuscha).” Canadian Journal of Zoology 87 (3): 221–28. doi:10.1139/Z08‐149. Hunter, J.G. 1959. “Survival and Production of Pink and Chum Salmon in a Coastal Stream.” Journal of the Fisheries Research Board of Canada 16 (6): 835–86. Mortensen, D.G., A.C. Wertheimer, J.M. Maselko, and A. Taylor. 1999. “Survival and Straying of Pink Salmon Measured Using Recoveries of Coded‐Wire Tags and Thermally Induced Otolith Marks.” In 81  Proceedings of the Northeast Pacific Pink and Chum Workshop, Juneau, Alaska, March 3–5, 1999, ed. S. Hawkins, 24–34. Juneau: National Marine Fisheries Service. Pacific Salmon Commission. 1999. Report of the Fraser River Panel to the Pacific Salmon Commission on the 1997 Fraser River Sockeye and Pink Salmon Fishing Season. Vancouver: Pacific Salmon Commission. Ruggerone, G.T., and J.L. Nielsen. 2004. “Evidence for Competitive Dominance of Pink Salmon (Oncorhynchus gorbuscha) over Other Salmonids in the North Pacific Ocean.” Reviews in Fish Biology and Fisheries 14 (3): 371–90.  Shershnev, A.P., V.V. Chupakhi, and V.A. Rudnev. 1982. “Ecology of Juvenile Pink Salmon, Oncorhynchus gorbuscha (Salmonidae), from Sakhalin and Iturup Islands during the Marine Period of Life.” Journal of Ichthyology 22 (3): 90–97. Originally published in Voprosy Ikhtiologii 22(3): 441–48 (1982). Sakhalin Taimen Arai, T., A. Kotake, and K. Morita. 2004. “Evidence of Downstream Migration of Sakhalin Taimen, Hucho perryi, as Revealed by Sr:Ca Ratios of Otolith.” Ichthyological Research 51 (4): 377–80. Busheuv, V.P. 1980. “Sakhalin Taimen (Hucho perryi) of the Kievka River (Abstract).” In Salmonid Ecosystems of the North Pacific, ed. W.J. McNeil and D.C. Himsworth, 326. Corvallis: Oregon State University Press. Edo, K., Y. Kawaguchi, M. Nunokawa, H. Kawaluma, and S. Higashi. 2005. “Morphology, Stomach Contents and Growth of the Endangered Salmonid, Sakhalin Taimen Hucho perryi, Captured in the Sea of Okhotsk, Northern Japan: Evidence of an Anadromous Form.” Environmental Biology of Fishes 74 (1): 1–7. 82  Honda, K., T. Arai, N. Takahashi, and K. Miyashita. 2010. “Life History and Migration of Sakhalin Taimen, Hucho perryi, Caught from Lake Akkeshi in Eastern Hokkaido, Japan, as Revealed by Sr: Ca Ratios of Otoliths.” Ichthyological Research 57 (4): 416–21. Kawamula, H., M. Mabuchi, and T. Yonekawa. 1983. “The Japanese Huchen Hucho perryi (Brevoort) Collected in Brackish Water Lake Akkeshi, Eastern Hokkaido, Japan.” Scientific Reports of the Hokkaido Fish Hatchery 38: 47–55.  Kusuda, S., N. Koide, H. Kawamula, T. Teranishi, J.I. Nakajima, E. Yamaha, et al. 2005. “Cryopreservation Diluents for Spermatozoa of Sakhalin Taimen, Hucho perryi.” Fisheries Science 71 (2): 293–98.  Sea Trout Aass, P. 1982. Fjord Stocking of Non‐Anadromous Brown Trout (Salmo trutta). ICES CM 1982/M 33. Copenhagen: International Council for the Exploration of the Sea.  Aoyama, T., K. Naito, and T. Takami. 1999. “Occurrence of Sea‐Run Migrant Brown Trout (Salmo trutta) in Hokkaido, Japan.” Science Reports of the Hokkaido Salmon Hatchery 53: 81–83. Arai, T., A. Kotake, T. Aoyama, H. Hayano, and N. Miyazaki. 2002. “Identifying Sea‐Run Brown Trout, Salmo trutta, Using Sr: Ca Ratios of Otolith.” Ichthyological Research 49 (4): 380–83. Balcalbasa‐Dobrovici, N. 1989. “The Danube River and Its Fisheries.” In Proceedings of the International Large River Symposium (LARS), Honey Harbour, Ontario, September 14–21, 1986 (Canadian Special Publication of Fisheries and Aquatic Sciences No. 106), ed. D.P. Dodge, 455–68. Ottawa: Fisheries and Oceans Canada. 83  Boströma, M.K., S.G. Lunneryd, L. Karlsson, and B. Ragnarsson. 2009. “Cormorant Impact on Trout (Salmo trutta) and Salmon (Salmo salar) Migrating from the River Dalälven Emerging in the Baltic Sea.” Fisheries Research 98 (1–3): 16–21. Brodersen, J., H.J. Malmquist, F. Landkildehus, T.L. Lauridsen, S.L. Amsinck, R. Bjerring, et al. 2012. “Short‐ and Long‐Term Niche Segregation and Individual Specialization of Brown Trout (Salmo trutta) in Species Poor Faroese Lakes.” Environmental Biology of Fishes 93 (3): 305–18. Carter, T.J., G.J. Pierce, J.R.G. Hislop, J.A. Houseman, and P.R. Boyle. 2001. “Predation by Seals on Salmonids in Two Scottish Estuaries.” Fisheries Management and Ecology 8 (3): 207–35. Charles, K., J.M. Roussel, and R.A. Cunjak. 2004. “Estimating the Contribution of Sympatric Anadromous and Freshwater Resident Brown Trout to Juvenile Production.” Marine and Freshwater Research 55 (2): 185–91. Cucherousset, J., D. Ombredane, K. Charles, F. Marchand, and J.L. Baglinière. 2005. “A Continuum of Life History Tactics in a Brown Trout (Salmo trutta) Population.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 62 (7): 1600–10. Dorafshan, S., M.R. Kalbassi, M. Pourkazemi, B.M. Amiri, and S.S. Karimi. 2008. “Effects of Triploidy on the Caspian Salmon Salmo trutta caspius Haematology.” Fish Physiology and Biochemistry 34 (3): 195–200.  Elliott, J.M. 1994. Quantitative Ecology and the Brown Trout. Oxford: Oxford University Press. Elliott, J.M., and S. Chamber. 1996. A Guide to the Interpretation of Sea Trout Scales. R and D Report, vol. 22. Bristol, UK: National Rivers Authority. http://aquaticcommons.org/8378/1/112_Elliott.pdf. 84  Ermakhanov, Z.K., I.S. Plotnikov, N.V. Aladin, and P. Micklin. 2012. “Changes in the Aral Sea Ichthyofauna and Fishery during the Period of Ecological Crisis.” Lakes and Reservoirs: Research and Management 17 (1): 3–9. Euzenat, G., F. Fournel, and A. Richard. 1991. “La truite de mer (Salmo trutta L.) en Normandie/Picardie” [Sea trout in Normandy/Picardy]. In La truite: biologie et écologie [Trout Biology and Ecology], ed. J.L. Bagliniére and G. Maisse, 183–213. Paris: L’Institut national de la recherche agronomique (INRA). Fahy, E. 1985. Feeding, Growth and Parasites of Trout Salmo trutta L. from Mulroy Bay, an Irish Sea Lough. Irish Fisheries Investigations, Series A (Freshwater) No.25: 1e12. Dublin: Stationery Office. Faschevsky, B. 2004. “Human Impact on Rivers in the Ponto‐Caspian Basin and Their Fish.” In Proceedings of the Second International Symposium on the Management of Large Rivers for Fisheries (RAP Publication 2004/17), ed. R. Welcomme and T. Petr, 1: 183–98. Bangkok: Food and Agriculture Organization Regional Office for Asia and the Pacific.  Fisher, K., and S. Vallance. 2010. Food Gathering Practices at the Avon‐Heathcote Estuary Ihutai Canterbury Aotearoa/New Zealand. A Report Prepared for Lincoln University (Faculty of Environment, Society and Design Summer Scholarship, 2009/2010). http://researcharchive.lincoln.ac.nz/bitstream/10182/2190/3/food_gathering_practices.pdf. Gargan, P., O. Tully, and R. Poole. 2003. “The Relationship between Sea Lice Infestation, Sea Lice Production and Sea Trout Survival in Ireland, 1992–2001.” In Salmon at the Edge: Proceedings of the 6th International Atlantic Salmon Symposium, Edinburgh, UK, July 16–18, 2002, ed. D. Mills, 119–35. Oxford: Blackwell Publishing. 85  Guyomard, R. 1999. “Genetic Diversity and the Management of Natural Populations of Brown Trout.” In Biology and Ecology of the Brown and Sea Trout, ed. J.L. Bagliniére and G. Maisse, 205–23. London: Springer‐Verlag. Haluch, M., and K. Skora. 1997. “Food of Sea Trout (Salmo trutta m. trutta L.) Caught in the Gulf of Gdansk in 1994–1995 (Baltic Sea).” Bulletin of the Sea Fisheries Institute 3 (142): 55–71. Heuch, P.A., J.A. Knutsen, H. Knutsen, and T.A. Schram. 2002. “Salinity and Temperature Effects on Sea Lice Overwintering on Sea Trout (Salmo trutta) in Coastal Areas of the Skagerrak.” Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom 82 (5): 887–92.  Jonsson, B., and N. Jonsson. 2009. “Migratory Timing, Marine Survival and Growth of Anadromous Brown Trout Salmo trutta in the River Imsa, Norway.” Journal of Fish Biology 74 (3): 621–38. L’Abée‐Lund, J.H., B. Jonsson, A.J. Jensen, L.M. Sættem, T.G. Heggberget, B.O. Johnsen, and T.F. Næsje. 1989. “Latitudinal Variation in Life‐History Characteristics of Sea‐Run Migrant Brown Trout, Salmo trutta.” Journal of Animal Ecology 58: 525–42. Landergren, P., and L. Vallin. 1998. “Spawning of Sea Trout, Salmo trutta L., in Brackish Waters – Lost Effort or Successful Strategy?” Fisheries Research 35 (3): 229–36.  Limburg, K.E., P. Landergren, L. Westin, M. Elfman, and P. Kristiansson. 2001. “Flexible Modes of Anadromy in Baltic Sea Trout: Making the Most of Marginal Spawning Streams.” Journal of Fish Biology 59 (3): 682–95.  Lukin, A.A., and S.S. Krylova. 2010. “Biological Characteristic of Trout Salmo trutta from Some Water Bodies of Kola Peninsula.” Journal of Ichthyology 50 (8): 618–26. Originally published in Voprosy Ikhtiologii 50 (5): 643–51. 86  MacCrimmon, H.R., and T.L. Marshall. 1968. “World Distribution of Brown Trout, Salmo trutta.” Journal of the Fisheries Board of Canada 25 (12): 2527–48. Moore, A., and E.C.E. Potter. 1994. “The Movement of Wild Sea Trout, Salmo trutta L., Smolts through a River Estuary.” Fisheries Management and Ecology 1 (1): 1–14. Östergren, J., and P. Rivinoja. 2008. “Overwintering and Downstream Migration of Sea Trout (Salmo trutta L.) Kelts under Regulated Flows – Northern Sweden.” River Research and Applications 24 (5): 551–63. Pemberton, R. 1976a. “Sea Trout in North Argyll Sea Lochs: I. Population, Distribution, and Movements.” Journal of Fish Biology 9 (2): 157–79. –. 1976b. “Sea Trout in North Argyll Sea Lochs: II. Diet.” Journal of Fish Biology 9 (2): 195–208. Poole, W.R., M.G. Dillane, and K.F. Whelan. 1994. “Artificial Reconditioning of Wild Sea Trout, Salmo trutta L., as an Enhancement Option: Initial Results on Growth and Spawning Success. Fisheries Management and Ecology 1 (3): 179–92.  Quillet, E., A. Faure, B. Chevassus, F. Krieg, Y. Harache, J. Arzel, et al. 1992. “The Potential of Brown Trout (Salmo trutta L.) for Mariculture in Temperate Waters.” Icelandic Agricultural Sciences, 6, 63‐76.  Ruzzante, D.E., M.M. Hansen, D. Meldrup, and K.M. Ebert. 2004. “Stocking Impact and Migration Pattern in an Anadromous Brown Trout (Salmo trutta) Complex: Where Have All the Stocked Spawning Sea Trout Gone?” Molecular Ecology 13 (6): 1433–45.  Serrano, I., S. Larsson, and L.O. Eriksson. 2009. “Migration Performance of Wild and Hatchery Sea Trout (Salmo trutta L.) Smolts – Implications for Compensatory Hatchery Programs.” Fisheries Research 99 (3): 210–15.  87  Seyhan, K., E. Mazlum, D. Turan, S. Engin, G. Dalgiç, and H. Imamoğlu. 2009. “The Effects of Habitat Restoration and Hydroelectric Dams on the Salmon (Salmo trutta labrax) Population of the Small Streams in the Eastern Black Sea Region of Turkey.” Energyonline 1: 1–5. Vehanen, T., P.L. Bjerke, J. Heggenes, A. Huusko, and A. Mäki‐Petäys. 2000. “Effect of Fluctuating Flow and Temperature on Cover Type Selection and Behaviour by Juvenile Brown Trout in Artificial Flumes.” Journal of Fish Biology 56 (4): 923–37. Svardson, G., and A. Fagerstrom. 1982. “Adaptive Differences in the Long‐Distance Migration of Some Trout (Salmo trutta L.) Stocks.” Reports of the Institute of Freshwater Research Drottningholm 60: 51–80.  Veinott, G., P.A. Westley, L. Warner, and C.F. Purchase. 2012. “Assigning Origins in a Potentially Mixed‐Stock Recreational Sea Trout (Salmo trutta) Fishery.” Ecology of Freshwater Fish 21 (4): 541–51.  Sockeye Salmon Berman, M., S. Haley, and H. Kim. 1997. “Estimating Net Benefits of Reallocation: Discrete Choice Models of Sport and Commercial Fishing.” Marine Resource Economics 12: 307–28. Burgner, R.L. 1991. “Life History of Sockeye Salmon (Oncorhynchus nerka).” In Pacific Salmon Life Histories, ed. C. Groot and L. Margolis, 1–117. Vancouver: UBC Press.  Goodman, J. 1961. “Stomach Contents of Sockeye Smolts from Fraser River at Mission.” Unpublished data. Vancouver: Pacific Salmon Commission. Gottesfeld, A.S., C. Carr‐Harris, B. Proctor, and D. Rolston. 2008. Sockeye Salmon Juveniles in Chatham Sound 2007. Report to the Pacific Salmon Forum, July 2008. Hazelton, BC: Skeena Fisheries Commission. 88  Groot, C., K. Simpson, I. Todd, P.D. Murray, and G. Buxton. 1975. “Movements of Sockeye Salmon (Oncorhynchus nerka) in the Skeena River Estuary as Revealed by Ultrasonic Tracking. Journal of the Fisheries Research Board of Canada 32 (2): 233–42.  Gustafson, R.G., and G.A. Winans. 1999. “Distribution and Population Genetic Structure of River‐ and Sea‐Type Sockeye Salmon in Western North America.” Ecology of Freshwater Fishes 8 (3): 181–93.  Heifetz, J., S.W. Johnson, K.V. Koski, and M.L. Murphy. 1989. “Migration Timing, Size, and Salinity Tolerance of Sea‐Type Sockeye Salmon (Oncorhynchus nerka) in an Alaskan Estuary. Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 46 (4): 633–37. Hilborn, R., T.P. Quinn, D.E. Schindler, and D.E. Rogers. 2003. “Biocomplexity and Fisheries Sustainability.” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 100 (11): 6564–68.  Servizi, J.A., and D.W. Martens. 1987. “Some Effects of Suspended Fraser River Sediments on Sockeye Salmon, Oncorhynchus nerka.” In Sockeye Salmon (Oncorhynchus nerka) Population Biology and Future Management (Canadian Special Publication of Fisheries and Aquatic Sciences No. 96), ed. H.D.L. Smith and C.C. Wood, 254–64. Ottawa: Fisheries and Oceans Canada.  Steelhead  Busby, P.J., T.C. Wainwright, and R.S. Waples. 1994. Status Review for Klamath Mountains Province Steelhead. NOAA Technical Memorandum NMFS‐NWFSC‐19. Washington, DC: US Department of Commerce. Cox‐Rogers, S. 1994. Description of a Daily Simulation Model for the Area 4 (Skeena) Commercial Gillnet Fishery. Canadian Manuscript Report of Fisheries and Aquatic Sciences No. 2256, DSS Cat. No. Fs 97‐4/2219. Prince Rupert, BC: Fisheries and Oceans Canada. 89  Kesner, W.D., and R.A. Barnhart. 1972. “Characteristics of the Fall‐Run Steelhead Trout (Salmo gairdneri gairdneri) of the Klamath River System with Emphasis on the Half‐Pounder.” California Fish and Game 58 (3): 204–20. Kuzishchin, K.V., O.P. Pustovit, D.S. Pavlov, and K.A. Savvaitova 2002. “Morphobiological Traits of Downstream Migrating Juvenile Parasalmo mykiss from Some Rivers of the Western Kamchatka in Relation to Smolting.” Journal of Ichthyology 42 (9): 720–32. Originally published in Voprosy Ikhtiologii 42 (6): 751–62 (2002). Loch, J.J. 1982. Juvenile and Adult Steelhead and Sea‐Run Cutthroat Trout within the Columbia River Estuary, 1980. Annual Report 82‐2. Olympia: Washington Department of Fish and Wildlife. Maksimov, V.A. 1972. “Some Data on the Ecology of the Kamchatka Trout (Salmo mykiss Walbaum) from the Utkholok River.” Journal of Ichthyology 12 (5): 759–66. Originally published in Voprosy Ikhtiologii 12 (5): 827–34. McEwan, D.R. 2001. “Central Valley Steelhead.” In Contributions to the Biology of Central Valley Salmonids (California Fish and Game Fish Bulletin 179), ed. R.L. Brown, 1: 1–43. Monterey, CA: Department of Fish and Wildlife. Morgan, J.D., and G.K. Iwama. 1991. “Effects of Salinity on Growth, Metabolism, and Ion Regulation in Juvenile Rainbow and Steelhead Trout (Oncorhynchus mykiss) and Fall Chinook Salmon (Oncorhynchus tshawytscha).” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 48 (11): 2083–94.  Oorschot, R.W.A., and J.H. Boon. 1993. “Mortality of Marine Cultured Rainbow Trout, Oncorhynchus mykiss (Walbaum), during the Summer in the Netherlands.” Aquaculture Research 24 (3): 291–98. 90  Porter, T.R. 2000. Observations of Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss) in Newfoundland 1976 to 1999. Canadian Stock Assessment Secretariat Research Document 2000/043. Ottawa: Fisheries and Oceans Science. Robards, M.D., and T.P. Quinn. 2002. “The Migratory Timing of Adult Summer‐Run Steelhead in the Columbia River Over Six Decades of Environmental Change.” Transactions of the American Fisheries Society 131 (3): 523–36.  Robards, M.D., and A.C. Taft. 1954. The Life Histories of the Steelhead Rainbow Trout (Salmo gairdneri gairdneri) and Silver Salmon (Oncorhynchus kisutch). State of California Department of Fish and Game Fish Bulletin No. 98. Washington, DC: US Government Printing Office. Savvaitova, K.A., M.A. Gruzdeva, K.V. Kuzishchin, D.S. Pavlov, D.A. Stanford, S.F. Sokolov, and B. Ellis. 2005. “‘Half‐pounders’ of Parasalmo mykiss – A Special Element of the Species Structure: On the Formation of Various Life Stages.” Journal of Ichthyology 45 (9): 768–77. Originally published in Voprosy Ikhtiologii 45 (6): 806–15 (2005). Skilbrei, O.T. 2002. Distribution of Escaped Farmed Salmon and Rainbow Trout in the Sea and Possible Effects of Salmon Lice on Wild Stocks. ICES CM 2002/T:08. Copenhagen: International Council for the Exploration of the Sea. Zedonis, P.A. 1992. “The Biology of the Juvenile Steelhead (Oncorhynchus mykiss) in the Mattole River Estuary/Lagoon, California.” MS thesis, Humboldt State University. White spotted char Arai, T., and K. Morita. 2005. “Evidence of Multiple Migrations between Freshwater and Marine Habitats of Salvelinus leucomaenis.” Journal of Fish Biology 66 (3): 888–95. 91  Gudkov, P.K. 1992. “Data on the Biology of the Far Eastern Char, Salvelinus leucomaenis, in the Sea of Okhotsk Basin. Journal of Ichthyology 32 (3): 9–23. Orginally published in Voprosy Ikhtiologii 31 (6): 898 –909 (1991). Savvaitova, K.A., K.V. Kuzishchin, M.Y. Pichugin, M.A. Gruzdeva, and D.S. Pavlov. 2007. “Systematics and Biology of the East Siberian Char Salvelinus leucomaenis.” Journal of Ichthyology 47 (1): 53–66. Orginally published in Voprosy Ikhtiologii 47 (1): 58–71 (2007). Takami, T. 1995. “Migration of Anadromous White‐Spotted Charr, Salvelinus leucomaenis, in Southwestern Hokkaido, Japan.” Nordic Journal of Freshwater Research 71: 432–37. Takami, T., and T. Aoyama. 1997. “White‐Spotted Char Predation on Juvenile Chum Salmon in Coastal Waters in Northern Japan.” Science Reports of the Hokkaido Salmon Hatchery 51: 57–61. Takami, T., Y. Murakami, and M. Mori. 1996. “Growth and Feeding Habits of Anadromous White‐Spotted Charr (Salvelinus leucomaenis) in Southwestern Hokkaido, Japan.” Science Reports of the Hokkaido Salmon Hatchery 50: 37–44.  Multiple Species of Salmonids (More Than Two Species) Argue, A.W., L.M. Patterson, and R.W. Armstrong. 1979. “Trapping and Coded‐Wire Tagging of Wild Coho, Chinook, and Steelhead from the Cowichan‐Koksilah System, 1976.” Technical Report No. 850. Vancouver: Canada Fisheries and Marine Service. Anderson, E.A. 1987. “Skeena Juvenile Salmon Ecology Data Report: Beach Seine Samples from the Skeena River Estuary, 2 May to 20 August 1986.” Unpublished report to Government of Canada, Job Development Strategy (Project 4038RX21987). Ottawa: Government of Canada. 92  Andreev, A.V., and M. Skopets. 2003. Inya River Watershed Rapid Assessment Report: The Wild Salmon Center Russia Far East Program. Wild Salmon Center, Portland, OR. http://www.wildsalmoncenter.org/programs/russian_far_east/RapidAssessments/InyaRapidAssessment.pdf. Arthington, A.H., K. Lorenzen, B.J. Pusey, R. Abell, A.S. Hall, K.O. Winemiller, et al. 2004. “River Fisheries: Ecological Basis for Management and Conservation.” In Proceedings of the Second International Symposium on the Management of Large Rivers for Fisheries (RAP Publication 2004/16), ed. R. Welcomme and T. Petr, 21–60. Bangkok: Food and Agriculture Organization Regional Office for Asia and the Pacific.  Bakke, T.A., P.D. Harris, and J. Cable. 2002. “Host Specificity Dynamics: Observations on Gyrodactylid Monogeneans.” International Journal for Parasitology 32 (3): 281–308. Barton, L. 1977. “Alaska Marine Environmental Assessment Project: Finfish Resource Surveys in Norton Sound and Kotzebue Sound.” Environmental Assessment of the Alaska Continental Shelf 7: 113–94. Outer Continental Shelf Assessment Program, Anchorage. Bigg, M.A., G.M. Ellis, P. Cottrell, and L. Milette. 1990. Predation by Harbour Seals and Sea Lions on Adult Salmon in Comox Harbour and Cowichan Bay, British Columbia, Canada. Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences No. 1769. Nanaimo, BC: Fisheries and Oceans Canada. Bogatov, V., S. Sirotsky, and D. Yuriev. 2006. “The Ecosystem of the Amur River.” In River and Stream Ecosystems of the World, ed. C.E. Cushing, K.W. Cummins, and G.W. Minshall, 601–14. Berkeley: University of California Press.  Bottom, D.L., and K.K. Jones. 1990. “Species Composition, Distribution, and Invertebrate Prey of Fish Assemblages in the Columbia River Estuary.” Progress in Oceanography 25 (1–4): 243–70. 93  Brodeur, R.D., W.T. Peterson, G.W. Boehlert, E. Casillas, M.H. Schiewe, M.B. Eldridge, S. Lindley, et al. 2000. “A Coordinated Research Plan for Estuarine and Ocean Research on Pacific Salmon.” Fisheries (Bethesda, MD) 25 (6): 7–16. doi:10.1577/1548‐8446(2000)025<0007:ACRPFE>2.0.CO;2. Carl, G.C., W.A. Clemens, and C.C. Lindsey. 1977. The Freshwater Fishes of British Columbia. 3rd rev. British Columbia Provincial Museum Handbook No. 5. Victoria: British Columbia Provincial Museum. Clarke, W.C., and T. Hirano. 1995. “Osmoregulation.” In Physiological Ecology of Pacific Salmon, ed. C. Groot, L. Margolis, and W.C. Clarke, 317–77. Vancouver: UBC Press.  Craig, P.C. 1989. “An Introduction to Amphidromous Fishes in the Alaskan Arctic.” Biological Papers of the University of Alaska 24: 27–54. Craig, P.C., W.B. Griffiths, L. Haldorson, and H. McElderry. 1985. “Distributional Patterns of Fishes in an Alaskan Arctic Lagoon.” Polar Biology 4 (1): 9–18. Diana, J.S. 2004. Biology and Ecology of Fishes. 2nd ed. Traverse City, MI: Biological Sciences Press. Dodge, D.P., ed. Proceedings of the International Large River Symposium (LARS), Honey Harbour, Ontario, Canada, September 14–21, 1986. Canadian Special Publication of Fisheries and Aquatic Sciences 106, 504–14. Ottawa: Fisheries and Oceans Canada. Draulans, D. 1987. “The Effectiveness of Attempts to Reduce Predation by Fish‐Eating Birds: A Review.” Biological Conservation 41 (3): 219–32. Duffy, E.J., D.A. Beauchamp, and R.M. Buckley. 2005. “Early Marine Life History of Juvenile Pacific Salmon in Two Regions of Puget Sound.” Estuarine, Coastal and Shelf Science 64 (1): 94–107. 94  Dunham, J., C. Baxter, K. Fausch, W. Fredenberg, S. Kitano, I. Koizumi, et al. 2008. “Evolution, Ecology, and Conservation of Dolly Varden, White Spotted Charr, and Bull Trout.” Fisheries (Bethesda, MD) 33 (11): 537–50.  Evans, D.H., P.M. Piermarini, and K.P. Choe. 2005. “The Multifunctional Fish Gill: Dominant Site of Gas Exchange, Osmoregulation, Acid‐Base Regulation, and Excretion of Nitrogenous Waste.” Physiological Reviews 85 (1): 97–177. doi:10.1152/physrev.00050.2003. Folmar, L.C., and W.W. Dickhoff. 1980. “The Parr‐Smolt Transformation (Smoltification) and Seawater Adaptation in Salmonids: A Review of Selected Literature.” Aquaculture 21 (1): 1–37. Gallaway, B.J., and R.G. Fechhelm. 2000. “Anadromous and Amphidromous Fishes.” In The Natural History of an Arctic Oil Field: Development and the Biota, ed. J.C. Truett and S.R. Johnson, 349–66. New York: Academic Press. Gerasimov, Y.V., O.M. Lapshin, and M.N. Kovalenko. 2004. The Research of Salmon Migration Intensity in Estuary Part of Bolshaya River (West Part of Kamchatka Peninsula) Using Survey Set‐Net and Hydroacoustical Method. International Council for the Exploration of the Sea Conference and Meeting Documents, ICES CM 2004/S:13. Copenhagen: International Council for the Exploration of the Sea. Greendale, R., and J.G. Hunter. 1978. Feeding of Freshwater Fishes in Estuarine and Coastal Waters. Canada Fisheries and Marine Service Technical Report No. 777. Ste. Anne de Bellevue, QC: Fisheries and Marine Service. Gritsenko, O.F., and A.A. Churikov. 1976. “Biology of the Trout Salvelinus and Their Place in the Ichthyocoenosis of Bays in Northeastern Sakhalin: 1. Migration, Age, Growth, and Maturation.” Journal of Ichthyology 6: 921–31. Originally published in Voprosy Ikhtiologii 6: 921–31 (1976). 95  Harper, D.M., and A.J.D. Ferguson. 1995. The Ecological Basis for River Management. Oxford: John Wiley and Sons. Hart, P.J., and J.D. Reynolds. 2002. Handbook of Fish Biology and Fisheries. Vol. 1. Oxford: Blackwell Science. Helfman, G.S., B.B. Colette, and D.E. Facey. 1997. The Diversity of Fishes. Oxford: Blackwell Science. Heuch, P.A., P.A. Bjørn, B. Finstad, J.C. Holst, L. Asplin, and F. Nilsen. 2005. “A Review of the Norwegian ‘National Action Plan against Salmon Lice on Salmonids’: The Effect on Wild Salmonids.” Aquaculture 246 (1–4): 79–92.  Hillgruber, N., and C.E. Zimmerman. 2009. “Estuarine Ecology of Juvenile Salmon in Western Alaska: A Review.” In Pacific Salmon: Ecology and Management of Western Alaska’s Populations, Symposium 70, ed. C.C. Krueger and C.E. Zimmerman, 183–99. Bethesda, MD: American Fisheries Society. Hiroi, J., and S.D. McCormick. 2007. “Variation in Salinity Tolerance, Gill Na+/K+–ATPase, Na+/K+/2Cl– Cotransporter and Mitochondria‐Rich Cell Distribution in Three Salmonids Salvelinus namaycush, Salvelinus fontinalis and Salmo salar.” Journal of Experimental Biology 210 (6): 1015–24. doi:10.1242/jeb.002030. Hoar, W.S. 1958. “The Evolution of Migratory Behaviour among Juvenile Salmon of the Genus Oncorhynchus.” Journal of the Fisheries Research Board of Canada 15 (3): 391–428. Holcik, J. 2002. “Taxonomy and Conservation Problems of the Native Salmonids (Pisces: Salmonidae) in the Danube River System: A Review.” Acta Societas Zoologicae Bohemicae 66: 177–88.  96   Huntington, H.P., and the communities of Buckland, Elim, Koyuk, Point Lay, and Shaktoolik. 1999. “Traditional Knowledge of the Ecology of Beluga Whales (Delphinapterus lencas) in the Eastern Chukchi and Northern Bering Seas,” Alaska. Arctic 52 (1): 49-61.  Irvine, J.R., E. Linn, K. Gillespie, C. McLeod, and J.D. Reist. 2009. Pacific Salmon in Canada’s Arctic Draining Rivers, with Emphasis on Those in British Columbia and the Yukon. Vancouver: Pacific Fisheries Resource Conservation Council.  Johnsen, R.C., and C.W. Sims. 1973. “Purse Seining for Juvenile Salmon and Trout in the Columbia River Estuary.” Transactions of the American Fisheries Society 102 (2): 341–45.  Johnson, S.W., M.L. Murphy, D.J. Csepp, P.M. Harris, and J.F. Thedinga. 2003. A Survey of Fish Assemblages in Eelgrass and Kelp Habitats of Southeastern Alaska. NOAA Technical Memorandum NMFS‐AFSC‐139. Washington, DC: US Department of Commerce. Karpenko, V.I., and L.V. Piskunova. 1984. “Importance of Macroplankton in the Diet of Young Salmons of Genus Oncorhynchus (Salmonidae) and Their Trophic Relationships in the Southwestern Bering Sea.” Journal of Ichthyology 24: 98–106. Originally published in Voprosy Ikhtiologii 24: 98–106 (1984). Kawanabe, H., G. Yamazaki, and D.L.G. Noakes. 1989. “Biology of Charrs and Masu Salmon.” In Proceedings of the International Symposium on Charrs and Masu Salmon, Sapporo, Japan, October 3–9, 1988. Physiology and Ecology Japan, special volume 1. Sapporo: Physiology and Ecology Japan.  Kendel, R.E., R.A.C. Johnston, U. Lobsiger, and M.D. Kozak 1975. Fishes of the Yukon Coast. Beaufort Sea Project Technical Report APOA 72‐6. Victoria: Arctic Petroleum Operators’ Association. 97  Leim, A.H., and W.B. Scott 1966. Fishes of the Atlantic Coast of Canada. Fisheries Research Board of Canada Bulletin No. 155. Ottawa: Fisheries Research Board. Levings, C.D. 1990. “Strategies for Fish Habitat Management in Estuaries: Comparison of Estuarine Function and Fish Survival.” In Management of Freshwater Fisheries: Proceedings of a Symposium Organized by the European Inland Fisheries Advisory Commission, Göteborg, Sweden, May 31–June 3, 1988, ed. W.L.T. Van Denson, B. Steinmetz, and R.H. Hughes, 590–98. Wageningen, Netherlands: Pudoc Wageningen. Lucas, M.C., E. Baras, T.J. Thom, A. Duncan, and O. Slavík, eds. 2001. Migration of Freshwater Fishes. Oxford: Blackwell Science. Mace, P.M. 1983. Bird Predation on Juvenile Salmonids in the Big Qualicum River, Vancouver Island, Canada. Canadian Technical Report Fisheries and Aquatic Sciences No. 1176. Vancouver: Fisheries and Oceans Canada. Magie, R.J., R.D. Ledgerwood, A.S. Cameron, M.S. Morris, B.P. Sandford, and G.M. Matthews. 2010. Detection of PIT‐Tagged Juvenile Salmonids in the Columbia River Estuary Using Pair‐Trawls, 2007. Northwest Fisheries Science Center of National Oceanic and Atmospheric Administration Fisheries, http://www.nwfsc.noaa.gov/assets/26/1086_01272010_172306_COE‐Trawl‐2007.pdf.  Magnhagen, C., T.G. Northcote, and R.S. Gregory. 2007. Diet Differentiation in Three Species of Juvenile Pacific Salmon (Oncorhynchus spp.) in Estuarine Tidal Channels and Laboratory Experiments. Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences No. 2758. St. John’s, NL: Fisheries and Oceans Canada. Martin, D.J., D.R. Glass, C.J. Whitmus, C.A. Simenstad, C.A. Milward, D.A. Volk, et al. 1986. Distribution, Seasonal Abundance, and Feeding Dependencies of Juvenile Salmon and Non‐Salmonid Fishes in 98  the Yukon River Delta. NOAA Outer Continental Shelf Environmental Assessment Program, Research Unit 660 (Final Report), 381–70. Seattle: Dames and Moore. Martin, D.J., C.J. Whitmus, L.E. Hachmeister, E.C. Volk, and S.L. Schroder. 1987. Distribution and Seasonal Abundance of Juvenile Salmon and Other Fishes in the Yukon Delta. NOAA Outer Continental Shelf Environmental Assessment Program, Research Unit 660 (Final Report No. 63), 123–277. Washington, DC: US Department of Commerce. Maximenkov, V.V., V.I. Karpenko, and P.M. Vasilets. 1999. “Classification of Fish Species Composition in River Estuaries of the Bering Sea’s Karaginsky Bay” [in Russian]. In Problems of Protection and Rationale Use of Kamchatka Bioresources: Reports of Regional Scientific‐Practical Conference, June 10–12, 1999, ed. A.M. Tokranov, N.A. Chebanov, and M.R. Korolev. Petropavlovsk‐Kamchatsky, Russia: Kamchatka Region Protection and Reproduction of Fisheries Resources and Fisheries Management Agency. McDowall, R.M. 2008. “Why Are So Many Boreal Freshwater Fishes Anadromous? Confronting ‘Conventional Wisdom.’” Fish and Fisheries 9 (2): 208–13. McMichael, G.A., A.C. Hanson, R.A. Harnish, and D.M. Trott. 2013. “Juvenile Salmonid Migratory Behavior at the Mouth of the Columbia River within the Plume.” Animal Biotelemetry 1: 1–14. doi:10.1186/2050‐3385‐1‐14. Meacham, C.P., and J.H. Clark. 1979. “Management to Increase Anadromous Salmon Production.” In Predator‐Prey Systems in Fisheries Management, ed. H. Clepper, 377–86. Washington, DC: Sport Fishing Institute. Meyer, J.H., T.A. Pearce, and S.B. Patlan. 1981. Distribution and Food Habits of Juvenile Salmonids in the Duwamish Estuary Washington 1980. Olympia, WA: Fish and Wildlife Service. 99  Monaco, M.E., T.A. Lowery, and R.L. Emmett. 1992. “Assemblages of US West Coast Estuaries Based on the Distribution of Fishes.” Journal of Biogeography 19 (3): 251–67. Morin, R., J. Dodson, and G. Power. 1980. “Estuarine Fish Communities of the Eastern James‐Hudson Bay Coast.” Environmental Biology of Fishes 5 (2): 135–41. Morrow, J.E. 1980. The Freshwater Fishes of Alaska. Anchorage: Alaska Northwest Publishing Company. Mossop, B., and M. Bradford. 2006. “Using Thalweg Profiling to Assess and Monitor Juvenile Salmon (Oncorhynchus spp.) Habitat in Small Streams.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 63 (7): 1515–25.  Moulton, L.L. 1997. “Early Marine Residence, Growth, and Feeding by Juvenile Salmon in Northern Cook Inlet, Alaska.” Alaska Fisheries Research Bulletin 4 (2): 154–77. Moyle, P.B., and J.J. Cech. 2004. Fishes: An Introduction to Ichthyology. Upper Saddle River, NJ: Pearson Prentice Hall. Murphy, M.L., K. Koski, J. Lorenz, and J.F. Thedinga. 1997. “Downstream Migrations of Juvenile Pacific Salmon (Oncorhynchus spp.) in a Glacial Transboundary River.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 54 (12): 2837–46. Mymrin, N.I., and the communities of Novoe Chaplino, Sireniki, Uelen, and Yanrakinnot; and Huntington, H.P. 1999. “Traditional knowledge of the ecology of beluga whales (Delphinapterus leucas) in the Northern Bering Sea, Chukotka, Russia.” Arctic 52 (1): 62-70.  Nielsen, J. 1961. “Contributions to the Biology of the Salmonidae in Greenland I–IV.” Meddeleser om Grønland 158 (8): 1–75. Nikolsky, G.V. 1963. The Ecology of Fishes. London: Academic Press. 100  Northcote, T.G., N.T. Johnston, and K. Tsumura. 1978. A Regional Comparison of Species Distribution, Abundance, Size and Other Characteristics of Lower Fraser River Fishes. Research Centre Technical Report 14. Vancouver: Westwater Research Centre. Novikov, G.G., D.V. Politov, A.A. Makhrov, T.V. Malinina, K.I. Afanasiev, and B. Fernholm. 2000. “Freshwater and Estuarine Fishes of the Russian Arctic Coast (the Swedish‐Russian Expedition Tundra Ecology ‐94).” Journal of Fish Biology 57 (sA): 158–62. Pacific State Marine Fisheries Commission. 2001. Guide to Fish Handling, Identification, and Condition. Smolt Monitoring Program. Portland, OR: Fish Passage Center.  Parsons, L.S. 1993. Management of Marine Fisheries in Canada. Canadian Bulletin Fisheries and Aquatic Sciences No. 225. Ottawa: National Research Council Research Press. Pedersen, P.B. 2000. “Monitoring and Regulation of Marine Aquaculture in Denmark.” Journal of Applied Ichthyology 16 (4–5): 144–47. Pitcher, T.J., ed. 1993. Behaviour of Teleost Fishes. Fish and Fisheries Series 7. London: Chapman and Hall. Quinn, T.P., and K.W. Myers. 2004a. “Anadromy and the Marine Migrations of Pacific Salmon and Trout: Rounsefell Revisited.” Reviews in Fish Biology and Fisheries 14 (4): 421–42. –. 2004b. “Patterns of Anadromy and Migrations of Pacific Salmon and Trout at Sea.” In Sea Trout: Biology, Conservation and Management: Proceedings of the First International Sea Trout Symposium, Cardiff, UK, July 2004, ed. G. Harris and N. Milner, 11–24. Oxford: Blackwell Publishing.  Ross, M.R. 1997. Fisheries Conservation and Management. San Francisco: Benjamin Cummings. 101  Safronov, S.G. 1998. “Avacha Inlet as an Area for Growth of the Young of the Pacific Salmon.” In Monographs on Avacha Bay’s Ecology and Environment, ed. E.V. Ivekova and N.N. Baryshevo 183–88). Petropavlovsk‐Kamchatsky / Tokyo: Kamchatka State Environment Protection Committee / Japan Overseas Ports Cooperation Association.  Safronov, S.N., V.D. Nikitin, S.N. Nikiforov, A.S. Safronov, T.V. Zvezdov, and S.P. Afanas’ev. 2005. “Species Composition and Distribution of Fish in Lagoons of Northeastern Sakhalin.” Journal of Ichthyology 45 (3): 211–22. Originally published in Voprosy Ikhtiologii 45 (2): 168–74 (2005). Salamunovich, T.J., and R.L Ridenhour. 1990. “Food Habits of Fishes in the Redwood Creek Estuary.” US National Park Transactions and Proceedings Series 8: 111–23. Salmenkova, E.A., V.T. Omelchenko, A.A. Kolesnikov, and T.V. Malinina. 2000. “Genetic Differentiation of Charrs in the Russian North and Far East.” Journal of Fish Biology 57 (SA): 136–57. Sekerak, A.D., D. Thompson, H. Bain, and J. Acreman. 1976. Summer Surveys of the Marine Ecology of Creswell Bay, Somerset Island and Assistance Bay, Cornwallis Island, NWT 1975. Toronto: LGL Limited Environmental Research Associates. Skora, K.E., and M. Haluch. 1997. “The Food Composition of Atlantic Salmon (Salmo salar L.), Sea Trout (Salmo trutta L.) and Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum) Caught in the Puck Bay (Baltic Sea).” Committee Meeting of the International Council for the Exploration of the Sea, C.M.1997/P:23 “Diadromous Fish Extinction:Threats on Local and Global Scales,” 1–23. http://www.ices.dk/sites/pub/CM Doccuments/1997/P/1997_P23.pdf. Smith, J.J. 1990. The Effects of Sandbar Formation and Inflows on Aquatic Habitat and Fish Utilization in Pescadero, San Gregorio, Waddell and Pomponio Creek Estuary/Lagoon Systems, 1985–1989. 102  Report prepared under Interagency Agreement 84‐040324. San Jose: Department of Biological Sciences, San Jose State University / California Department of Parks and Recreation. Stockner, J.G., and C.D. Levings, eds. 1982. Biological Reconnaissance of Yakoun River Estuary, Queen Charlotte Islands, British Columbia, and Results of a Trial Fertilization with Urea. Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences No. 1132. Ottawa: Fisheries and Oceans Canada. Synkova, A.I. 1951. “On Feeding of the Pacific Salmon in Kamchatka Waters.” Izvestiya tikhookeanskogo nauchno‐issledovatel skogo Instituta Rybnogo khozyaistva I Okeanogrfii 34: 105–21 (Fisheries Research Board of Canada Translation Series 415: 218–35). Original in Russian; translated from Proceedings of the Pacific Scientific Research Institute of Fisheries and Oceanography 34: 105–21. Wallace, M. 1995. “The Emigration Timing of Juvenile Salmonids through the Klamath River Estuary.” In Proceedings of the Klamath Basin Fisheries Symposium, Eureka, California, March 23–24, 1994, ed. T.J. Hassler, 54–72. Arcata, CA: Humboldt State University. Yuma, M., K. Hosoya, and Y. Nagata. 1998. “Distribution of the Freshwater Fishes of Japan: An Historical Overview.” Environmental Biology of Fishes 52 (1–3): 97–124. Zaporozhets, O.M., and G.V. Zaporozhets. 2004. “Interaction between Hatchery and Wild Pacific Salmon in the Far East of Russia: A Review.” Reviews in Fish Biology and Fisheries 14 (3): 305–19.  Zolotukhin, S. 2003a. Botchi River Watershed Rapid Assessment Short Report. Wild Salmon Center Russia Far East Program, Portland, OR. http://www.wildsalmoncenter.org/programs/russian_far_east/RapidAssessments/Botchi Rapid Assessment.pdf. 103  –. 2003b. Koppi River Watershed Rapid Assessment Short Report. Wild Salmon Center, Portland, OR. http://www.wildsalmoncenter.org/programs/russian_far_east/RapidAssessments/KoppiRapidAssessment.pdf. Salmonid Estuarine Habitat Agius, C., and R.J. Roberts. 2003. “Melano‐Macrophage Centres and Their Role in Fish Pathology.” Journal of Fish Diseases 26 (9): 499–509. doi:10.1046/j.1365‐2761.2003.00485.x. Alabaster, J.S., and P.J. Gough. 1986. “The Dissolved Oxygen and Temperature Requirements of Atlantic Salmon, Salmo salar L., in the Thames Estuary.” Journal of Fish Biology 29 (5): 613–21. Ashley, M.V., M.F. Willson, O.R.W. Pergams, D.J. O’Dowd, S.M. Gende, and J.S. Brown. 2003. “Evolutionarily Enlightened Management.” Biological Conservation 111 (2): 115–23. Ballinger, R.C., H.D. Smith, and L.M. Warren. 1994. “The Management of the Coastal Zone of Europe.” Ocean and Coastal Management 22 (1): 45–85. doi:10.1016/0964‐5691(94)90082‐5. Barnes, R.S.K., and J. Green, eds. 1972. The Estuarine Environment. London: Applied Science Publishers. Beadle, L.C. 1972. “Physiological Problems for Animal Life in Estuaries.” In The Estuarine Environment, ed. R.S.K. Barnes and J. Green, 51–60. London: Applied Science Publishers. Bernhardt, E.S., M.A. Palmer, J.D. Allan, G. Alexander, K. Barnas, S. Brooks, et al. 2005. “Synthesizing US River Restoration Efforts.” Science 308 (5722): 636–37. doi:10.1126/science.1109769. Bjӧrnsson, B.T., and T.M. Bradley. 2007. “Epilogue: Past Successes, Present Misconceptions and Future Milestones in Salmon Smoltification Research.” Aquaculture 273 (2–3): 384–91. Blackwell, B.F., and W.B. Krohn. 1997. “Spring Foraging Distribution and Habitat Selection by Double‐Crested Cormorants on the Penobscot River, Maine, USA.” Colonial Waterbirds 20 (1): 66–76. 104  Boon, J.P., J.J. van Zanden, W.E. Lewis, B.N. Zegers, A. Goksøyr, and A. Arukwe. 2002. “The Expression of CYP1A, Vitellogenin and Zona Radiata Proteins in Atlantic Salmon (Salmon salar) after Oral Dosing with Two Commercial PBDE Flame Retardant Mixtures: Absence of Short‐Term Responses.” Marine Environmental Research 54 (3–5): 719–24. doi:10.1016/S0141‐1136(02)00127‐7. Celewycz, A.G., and A.C. Wertheimer. 1997. Suitability of Dry Bay, Southeastern Alaska, as Rearing Habitat for Juvenile Salmon. NOAA Technical Memorandum NMFS‐AFSC‐73. Washington, DC: US Department of Commerce. Charles, A., and L. Wilson. 2009. “Human Dimensions of Marine Protected Areas.” ICES Journal of Marine Science 66 (1): 6–15. doi:10.1093/icesjms/fsn182. Chojnacki, J.C. 1999. “Description of the Ecosystem of the Lower Odra and the Odra Estuary.” Acta Hydrochimica et Hydrobiologica 27 (5): 257–67. Chow, J.K. 2007. “Nutrient Linkages between Freshwater and Marine Ecosystems: Uptake of Salmon‐Derived Nutrients in Estuaries.” MSc thesis, University of Victoria. Clark, J.R., ed. 1996. Coastal Zone Management: Handbook. Boca Raton, FL: CRC Press. Collette, B.B., and G. Klein‐MacPhee. 2002. Bigelow and Schroeder’s Fishes of the Gulf of Maine. 3rd ed. Washington, DC: Smithsonian Books. Collis, K., D.D. Roby, D.P. Craig, B.A. Ryan, and R.D. Ledgerwood. 2001. “Colonial Waterbird Predation on Juvenile Salmonids Tagged with Passive Integrated Transponders in the Columbia River Estuary: Vulnerability of Different Salmonid Species, Stocks, and Rearing Types.” Transactions of the American Fisheries Society 130 (3): 385–96. 105  Collis, K., D.D. Roby, D.P. Craig, S. Adamany, J.Y. Adkins, and D.E. Lyons. 2002. “Colony Size and Diet Composition of Piscivorous Waterbirds on the Lower Columbia River: Implications for Losses of Juvenile Salmonids to Avian Predation.” Transactions of the American Fisheries Society 131 (3): 537–50. Cooney, R.T., and R.D. Brodeur. 1998. “Carrying Capacity and North Pacific Salmon Production: Stock‐Enhancement Implications.” Bulletin of Marine Science 62 (2): 443–64. Cordell, J.R., M. Stamey, C.D. Tanner, and J.K. Aitkin. 2001. Fish Assemblages and Juvenile Salmon Diets at a Breached‐Dike Wetland Site, Spencer Island, Washington 1999. School of Aquatic and Fishery Sciences Technical Reports AFS‐UW‐0104. Seattle: University of Washington. Cordell, J.R., J.D. Toft, A. Gray, G.T. Ruggerone, and M. Cooksey. 2011. “Functions of Restored Wetlands for Juvenile Salmon in an Industrialized Estuary.” Ecological Engineering 37 (2): 343–53. Cowx, I., O. Almeida, C. Bene, R. Brummett, S. Brush, W. Darwall, J. Pittock, and M. van Brakel. 2004. “Value of River Fisheries.” In Proceedings of the Second International Symposium on the Management of Large Rivers for Fisheries (RAP Publication 2004/16), ed. R. Welcomme and T. Petr, 1: 1‐20. Bangkok: Food and Agriculture Organization Regional Office for Asia and the Pacific.  Crean, P.B., J.A. Stronach, and T.S. Murty. 1988. “Salt and Freshwater Exchange on Roberts Bank, British Columbia.” Water Pollution Research Journal of Canada 23 (1): 160–78. Curtis, E.J.C. 1991. “Radioactivity in Environmental Samples Taken in the Sellafield, Ravenglass and Morecambe Bay Areas of West Cumbria.” Science of the Total Environment 105: 211–31. doi:10.1016/0048‐9697(91)90342‐C. Dale, V.H., S. Brown, R.A. Haeuber, N.T. Hobbs, N. Huntly, R.J. Naiman, et al. 2000. “Ecological Principles and Guidelines for Managing the Use of Land.” Ecological Applications 10: 639–70. 106  Dang, Z.C., M.H.G. Berntssen, A.K. Lundebye, G. Flik, S.E. Wendelaar Bonga, and R.A. Lock. 2001. “Metallothionein and Cortisol Receptor Expression in Gills of Atlantic Salmon, Salmo salar, Exposed to Dietary Cadmium.” Aquatic Toxicology 53 (2): 91–101. doi:10.1016/S0166‐445X(00)00168‐5. Day, J.H. 1982. “The Nature, Origin and Classification of Estuaries.” In Estuarine Ecology, with Particular Reference to South Africa, ed. J.H. Day, 1–6. Rotterdam: A.A. Balkema Publishers. Deegan, L.A., J.T. Finn, S.G. Ayvazian, C.A. Ryder‐Kieffer, and J. Buonaccorsi. 1997. “Development and Validation of an Estuarine Biotic Integrity Index.” Estuaries and Coasts 20 (3): 601–17.  Department of Fisheries and Oceans. 1986. Policy for the Management of Fish Habitat. Ottawa: Fisheries and Oceans Canada. http://www.dfo‐mpo.gc.ca/habitat/role/141/1415/14155/fhm‐policy/index‐eng.asp. –. 2004. A Policy Framework for Conservation of Wild Pacific Salmon. Vancouver: Fisheries and Oceans Canada. http://www.dfo‐mpo.gc.ca/Library/285006.pdf. Dhawan, A., M. Bajpayee, and D. Parmar. 2009. “Comet Assay: A Reliable Tool for the Assessment of DNA Damage in Different Models.” Cell Biology and Toxicology 25 (1): 5–32. doi:10.1007/s10565‐008‐9072‐z. Dudgeon, D., A.H. Arthington, M.O. Gessner, Z. Kawabata, D. Knowler, C. Lévêque, et al. 2006. “Freshwater Biodiversity: Importance, Threats, Status and Conservation Challenges.” Biological Reviews 81 (2): 163–82.  Ekman, S. 1953. Zoogeography of the Sea. London: Sidgwick and Jackson. 107  Elliott, M., D. Burdon, K.L. Hemingway, and S.E. Apitz. 2007. “Estuarine, Coastal and Marine Ecosystem Restoration: Confusing Management and Science – A Revision of Concepts.” Estuarine, Coastal and Shelf Science 74 (3): 349–66. doi:10.1016/j.ecss.2007.05.034. Evans, D. 2006. “The Habitats of the European Union Habitats Directive.” Biology and Environment: Proceedings of the Royal Irish Academy 106 (3): 167–73. Fairweather, P.G. 1999. “Determining the ‘Health’ of Estuaries: Priorities for Ecological Research.” Australian Journal of Ecology 24 (4): 441–51. Feely, R.A., S.R. Alin, J. Newton, C.L. Sabine, and M. Warner. 2010. “The Combined Effects of Ocean Acidification, Mixing, and Respiration on pH and Carbonate Saturation in an Urbanized Estuary.” Estuary and Coast Shelf Science 88 (4): 442–49. doi:10.1016/j.ecss.2010.05.004. Ferguson, H.W. 2006. Systemic Pathology of Fish: A Text and Atlas of Normal Tissues Responses in Teleosts, and Their Responses in Disease. London: Scotian Press. Fulton, E. 2010. “Approaches to End‐to‐End Ecosystem Models.” Journal of Marine Systems 81 (1–2): 171–83.  Gibbs, D., A. While, and A.E. Jonas. 2007. “Governing Nature Conservation: The European Union Habitats Directive and Conflict around Estuary Management.” Environment and Planning A 39 (2): 339. Grossman, G.D., and M.C. Freeman. 1987. “Microhabitat Use in a Stream Fish Assemblage.” Journal of Zoology 212 (1): 151–76. Grossman, G. D., and R.E. Ratajczak. 1998. “Long‐Term Patterns of Microhabitat Use by Fish in a South Appalachian Stream from 1983 to 1992: Effects of Hydro Season and Fish Length.” Ecology of Freshwater Fish 7 (3): 108–31. 108  Grout, J., C.D. Levings, and J.S. Richardson. 1997. “Decomposition Rates of Purple Loosestrife (Lythrum salicaria) and Lyngbyei’s Sedge (Carex lyngbyei) in the Fraser River Estuary.” Estuaries and Coasts 20 (1): 96–102. Gudjonsson, S., and D.L. Scarnecchia. 2009. “‘Even the Evil Need a Place to Live’: Wild Salmon, Salmon Farming, and Zoning of the Icelandic Coastline.” Fisheries (Bethesda, MD) 34 (10): 477–86. doi:10.1577/1548‐8446‐34.10.477. Hadderingh, R.H., G.H.F. van Aerssen, L. Groeneveld, H.A. Jenner, and J.W. van der Stoep. 1983. “Fish Impingement at Power Stations Situated along the Rivers Rhine and Meuse in the Netherlands.” Hydrobiological Bulletin 17 (2): 129–41. Haggarty, D.R. 2001. “An Evaluation of Fish Habitat in Burrard Inlet, British Columbia.” MSc thesis, University of British Columbia. Hall, S.J., and D. Raffalli. 1991. “Food‐Web Patterns: Lessons from a Species‐Rich Web.” Journal of Animal Ecology 60: 823–42. Harrison, T.D., and A.K. Whitfield. 2004. “A Multimetric Fish Index to Assess the Environmental Condition of Estuaries.” Journal of Fish Biology 65 (3): 683–710.  Haymes, G.T., P.H. Patrick, and L.J. Onisto. 1984. “Attraction of Fish to Mercury Vapor Light and Its Application in a Generating Station Forebay.” Internationale Revue der gesamten Hydrobiologie und Hydrographie 69 (6): 867–76. Healey, M.C. 1984. “Fish Predation on Aquatic Insects.” In The Ecology of Aquatic Insects, ed. V.H. Resh and D.M. Rosenberg, 255–88. New York: Praeger. 109  Hedgpeth, J.W., and H.S. Ladd, eds. 1957. Treatise on Marine Ecology and Paleoecology. Vol. 67. Washington, DC: Geological Society of America. Heier, L.S., I.B. Lien, A.E. Strømseng, M. Ljønes, B.O. Rosseland, K.E. Tollefsen, and B. Salbu. 2009. “Speciation of Lead, Copper, Zinc and Antimony in Water Draining a Shooting Range – Time Dependant Metal Accumulation and Biomarker Responses in Brown Trout (Salmo trutta L.).” Science of the Total Environment 407 (13): 4047–55. doi:10.1016/j.scitotenv.2009.03.002. Hill, A.C., T.S. Bansak, B.K. Ellis, and J.A. Stanford. 2010. “Merits and Limits of Ecosystem Protection for Conserving Wild Salmon in a Northern Coastal British Columbia River.” Ecology and Society 15 (2): 20. Hoar, W.S. 1958. “The Evolution of Migratory Behaviour among Juvenile Salmon of the Genus Oncorhynchus.” Journal of the Fisheries Research Board of Canada 15 (3): 391–428. –. 1988. “The Physiology of Smolting Salmonids.” In Fish Physiology, ed. W.S. Hoar and D.J. Randall, 275–343. New York: Academic Press.  Holmlund, C.M., and M. Hammer. 1999. “Ecosystem Services Generated by Fish Populations.” Ecological Economics 29 (2): 253–68. Hood, W.G. 2002. “Landscape Allometry: From Tidal Channel Hydraulic Geometry to Benthic Ecology.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 59 (8): 1418–27. Hume, T.M., and C.E. Herdendorf. 1988. “A Geomorphic Classification of Estuaries and Its Application to Coastal Resource Management: A New Zealand Example.” Ocean and Shoreline Management 11 (3): 249–74.  110  Hyatt, K.D. 1979. “Feeding Strategy.” In Fish Physiology, ed. W.S. Hoar, D.J. Randall, and J.R. Brett, 8: 71–119. New York: Academic Press. Ivlev, V.S. 1961. Experimental Ecology of the Feeding of Fishes. New Haven, CT: Yale University Press.  Jackson, J.A., ed. 1997. Glossary of Geology: American Geological Institute. 4th ed. Alexandria, VA: American Geosciences Institute. Jamieson, G.S., C.D. Levings, B.C. Mason, and B.D. Smiley. 1999. The Shorekeepers’ Guide for Monitoring Intertidal Habitats of Canada’s Pacific Waters. Modules 1, 2, 3. Vol. 1 (looseleaf). Vancouver: Fisheries and Oceans Canada, Pacific Region. Jennings, S., K.J. Warr, and S. Mackinson. 2002. “Use of Size‐Based Production and Stable Isotope Analyses to Predict Trophic Transfer Efficiencies and Predator‐Prey Body Mass Ratios in Food Webs.” Marine Ecology Progress Series 240: 11–20. doi:10.3354/meps240011. Johnson, L.E. 2007. “Ice Scour.” In Encyclopedia of Tidepools and Rocky Shores, ed. M.W. Denny and S.D. Gaines, 289–91. Berkeley: University of California Press. Johnson, S.W., J.F. Thedinga, A.D. Neff, P.M. Harris, M.R. Lindeberg, J.M. Maselko, and S.D. Rice. 2010. “Fish Assemblages in Nearshore Habitats of Prince William Sound, Alaska.” Northwest Science 84 (3): 266–80.  Joint Nature Conservation Committee. 2014. “Joint Nature Conservation Committee, 2014.” http://jncc.defra.gov.uk/Default.aspx. Jordan, S.J. 2012. Estuaries: Classification, Ecology, and Human Impacts. Hauppauge, NY: Nova Science Publishers.  111  Kemp, P.S., and J.G. Williams. 2009. “Illumination Influences the Ability of Migrating Juvenile Salmonids to Pass a Submerged Experimental Weir.” Ecology of Freshwater Fish 18 (2): 297–304. doi:10.1111/j.1600‐0633.2008.00347.x. Kennedy, V.S. 1990. “Anticipated Effects of Climate Change on Estuarine and Coastal Fisheries.” Fisheries (Bethesda, MD) 15 (6): 16–24.  Ketchum, B.H. 1954. “Relation between Circulation and Planktonic Populations in Estuaries.” Ecology 35 (2): 191–200. Kjerfve, B. 1994. “Coastal Lagoon Processes.” In Coastal Lagoon Processes (Elsevier Oceanography Series), ed. B. Kjerfve, 60: 1–8. Amsterdam: Elsevier Science.  Krchnak, K., B. Richter, and G. Thomas. 2009. Integrating Environmental Flows into Hydropower Dam Planning, Design, and Operations. World Bank Water Working Notes No. 22. Washington, DC: World Bank Group. Kroonenberg, S.B., E.N. Badyukova, J.E.A. Storms, E.I. Ignatov, N.S. Kasimov. 2000. “A Full Sea‐Level Cycle in 65 Years: Barrier Dynamics along Caspian Shores.” Sedimentary Geology 134 (3): 257–74. Laetz, C.A., D.H. Baldwin, T.K. Collier, V. Hebert, J.D. Stark, and N.L. Scholz. 2009. “The Synergistic Toxicity of Pesticide Mixtures: Implications for Risk Assessment and the Conservation of Endangered Pacific Salmon. Environmental Health Perspectives 117 (3): 348–53. doi:10.1289/ehp.0800096. Largier, J. 2010. “Tomales Bay Oceanography and How Climate Change May Alter Bay Environments.” Presentation at the Tomales Bay Watershed Council Annual Meeting, Point Reyes Station, CA. http://vimeo.com/17062496. 112  Levings, C.D., and B.D. Chang. 1977. A Preliminary Study of the Influence of Current Velocities on Estuarine Benthos, Especially Anisogammarus confervicolus, in the Fraser Estuary (South Arm). Canadian Manuscript Report of Fisheries and Aquatic Sciences No. 1424. West Vancouver: Fisheries and Oceans Canada. Levings, C. D., and D.J. H. Nishimura. 1996. Created and Restored Sedge Marshes in the Lower Fraser River and Estuary: An Evaluation of Their Functioning as Fish Habitat. Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences No. 2126. West Vancouver: Fisheries and Oceans Canada.  Linkov, I., F.K. Satterstrom, G. Kiker, C. Batchelor, T. Bridges, and E. Ferguson. 2006. “From Comparative Risk Assessment to Multi‐Criteria Decision Analysis and Adaptive Management: Recent Developments and Applications.” Environment International 32 (8): 1072–93. Lobry, J., and E. Rochard. 2003. “The Gironde Estuary: A European Reference for Fish Population?” In River Basin Management – From Experience to Implementation, 61–77. Hennef, Germany: European Water Association. Loring, D.H., T.G. Milligan, D.E. Willis, and K.S. Saunders. 1998. Metallic and Organic Contaminants in Sediments of the St. Crois Estuary and Passamaquoddy Bay. Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences No. 2245. Dartmouth, NS: Fisheries and Oceans Canada. Lower, N., and A. Moore. 2007. “The Impact of a Brominated Flame Retardant on Smoltification and Olfactory Function in Atlantic Salmon (Salmo salar L.) Smolts.” Marine and Freshwater Behaviour and Physiology 40 (4): 267–84. Lundqvist, H., B. Borg, and I. Berglund. 1989. “Androgens Impair Seawater Adaptability in Smolting Baltic Salmon (Salmo salar).” Canadian Journal of Zoology 67 (7): 1733–36. doi:10.1139/z89‐248. 113  Lyons, D.E., D.C. Roby, and K. Collis. 2005. “Foraging Ecology of Caspian Terns in the Columbia River Estuary, USA.” Waterbirds 28 (3): 280–91.  Macdonald, J.S., R.U. Kistritz, and M. Farrell. 1990. An Examination of the Effects of Slough Habitat Reclamation in the Lower Fraser River, British Columbia: Detrital and Invertebrate Flux, Rearing and Diets of Juvenile Salmon. Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences No. 1731. West Vancouver: Fisheries and Oceans Canada. Mace, G.M., P.H. Harvey, and T.H. Clutton‐Brock. 1982. “Vertebrate Home‐Range Size and Energetic Requirements.” In The Ecology of Animal Movement, ed. I.R. Swingland and P.J. Greenwood, 32–53. Oxford: Oxford University Press. Mangel, M., P. Levin, and A. Patil. 2006. “Using Life History and Persistence Criteria to Prioritize Habitats for Management and Conservation.” Ecological Applications 16 (2): 797–806. doi: 10.1890/1051‐0761(2006)016[0797:ULHAPC]2.0.CO;2. Matthews, J.B.L., and B.R. Heimdal. 1980. “Pelagic Productivity and Food Chains in Fjord Systems.” In Fjord Oceanography: Proceedings from NATO Workshop on Fjord Oceanography, Sidney, Canada, June 4–9, 1979, ed. H.J. Freeland, D.M. Farmer, and C.D. Levings, 377–98. New York: Plenum Press.  McColl, N.P. 1988. “A Model to Predict the Level of Artificial Radionuclides in Environmental Materials in the Severn Estuary and the Bristol Channel.” Journal of Fish Biology 33 (sA): 79–84. McHugh, J.L. 1967. “Estuarine Nekton.” In Estuaries, ed. G.H. Lauff, 581–620. Washington, DC: American Association for the Advancement of Science. McIntosh, A.R., B.L. Peckarsky, and B.W. Taylor. 2002. “The Influence of Predatory Fish on Mayfly Drift: Extrapolating from Experiments to Nature.” Freshwater Biology 47 (8): 1497–1513. 114  McLusky, D.S. 1999. “Estuarine Benthic Ecology: A European Perspective.” Australian Journal of Ecology 24 (4): 302–11. doi:10.1046/j.1442‐9993.1999.00983.x. McTigue, T.A. 2004. “Manual on Coastal Habitat Restoration Monitoring Available.” Bulletin of the Ecological Society of America 85 (2): 42–43. doi:10.1890/0012‐9623(2004)85[42:MOCHRM]2.0.CO;2. Mikhailova, M. 2008. “Hydrological and Morphological Features of River Mouths of Different Types (the Columbia Estuary and the Fraser Delta as Examples).” Environmental Research, Engineering and Management 4 (46): 4–12. Mokyevsky, O.B. 1960. “Geographical Zonation of Marine Littoral Types.” Limnology and Oceanography 5 (4): 389–96. Montgomery, D.R., B.B. Palcsak, and F.A. Fitzpatrick, eds. 2001. Geomorphic Processes and Riverine Habitat. Washington, DC: American Geophysical Union. doi:10.1029/WS004p0037. Newson, M.D., and C.L. Newson. 2000. “Geomorphology, Ecology and River Channel Habitat: Mesoscale Approaches to Basin‐Scale Challenges.” Progress in Physical Geography 24 (2): 195–217. Odum, E.P. 1971. Fundamentals of Ecology. 3rd ed. Philadelphia: W.B. Saunders. Paavilainen, K., A. Langi, and J. Tana. 1985. “Effect of Pulp and Paper Mill Effluents on a Fishery in the Gulf of Finland.” Finnish Fisheries Research 6: 81–91. Pavlov, D.S., and B. Ya. Vilenkin. 1989. “Present State of the Environment, Biota, and Fisheries of the Volga River.” In Proceedings of the International Large River Symposium (LARS), Honey Harbour, Ontario, Canada, September 14–21, 1986 (Canadian Special Publication of Fisheries and Aquatic Sciences 106), ed. D.P. Dodge, 504–14. Ottawa: Fisheries and Oceans Canada. 115  Peirson, W.L., K. Bishop, D. van Senden, P.R. Horton, and C.A. Adamantidis. 2002. Environmental Water Requirements to Maintain Estuarine Processes. Environment Australia Technical Report 3. Canberra: Commonwealth of Australia. Perry, R.I., P. Cury, K. Brander, S. Jennings, C. Möllmann, and B. Planque. 2010. “Sensitivity of Marine Systems to Climate and Fishing: Concepts, Issues and Management Responses.” Journal of Marine Systems 79 (3–4): 427–35. doi:10.1016/j.jmarsys.2008.12.017. Peterson, C.H., K.W. Able, C.F. DeJong, M.F. Piehler, C.A. Simenstad, and J.B. Zedler. 2008. “Practical Proxies for Tidal Marsh Ecosystem Services: Application to Injury and Restoration.” Advanced Marine Biology 54: 221–66. Pirozhnikov, P.L. 1955. “Nutrition and Food Relationships of Fishes in the Estuarian Region of the Laptev Sea” [in Russian]. Voprosy Ikhtiologii 3: 140–85. Pomeroy, W.M., D.K. Gordon, and C.D. Levings. 1981. Experimental Transplants of Brackish and Salt Marsh Species in the Fraser River Estuary. Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences No. 1067. West Vancouver: Fisheries and Oceans Canada. Pritchard, D.W. 1967. “What Is an Estuary: Physical Viewpoint.” In Estuaries, ed. G.H. Lauff, 3–5. Washington, DC: American Association for the Advancement of Science. Randall, R.G., J.B. Dempson, C.K. Minns, H. Powles, and J.D. Reist, eds. 2003. Proceedings of the National DFO Workshop on Quantifying Critical Habitat for Aquatic Species at Risk, 2–6 December 2002, Montréal, Québec. CSAS Proceedings Series 2003/12. Ottawa: Fisheries and Oceans Canada.  Rice, J., M.J. Bradford, K.D. Clarke, M.A. Koops, R.G. Randall, and R. Wysocki. 2015. “The Science Framework for Implementing the Fisheries Protection Provisions of Canada's Fisheries Act.” Fisheries (Bethesda, MD) 40 (6): 268–75. 116  Ringwood, A.H., and C.J. Keppler. 2002. “Water Quality Variation and Clam Growth: Is pH Really a Non‐Issue in Estuaries?” Estuaries 25 (5): 901–7. Robinson, M., S. Courtenay, T. Benfey, and E. Tremblay. 2001. The Fish Community and Use of the Kouchibouguac and Richibucto Estuaries by Striped Bass during the Spring and Summer of 1997 and 1998. Parks Canada Technical Reports in Ecosystem Science, Report 32. Ottawa: Parks Canada.  Roessig, J.M., C.M. Woodley, J.J. Cech Jr., and L.J. Hansen. 2004. “Effects of Global Climate Change on Marine and Estuarine Fishes and Fisheries.” Reviews in Fish Biology and Fisheries 14 (2): 251–75. Rogers, I.H. 1973. “Isolation and Chemical Identification of Toxic Components of Kraft Mill Waters.” Pulp and Paper Magazine Canada 74: 111–16. Rogers, I.H., C.D. Levings, W.L. Lockhart, and R.J. Norstrom. 1989. “Observations on Overwintering Juvenile Chinook Salmon (Oncorhynchus tshawytscha) Exposed to Bleached Kraft Mill Effluent in the Upper Fraser River, British Columbia.” Chemosphere 19 (12): 1853–68. doi:10.1016/0045‐6535(89)90009‐X. Rogers, L.A., D.E. Schindler, P.J. Lisi, G.W. Holtgrieve, P.R. Leavitt, L. Bunting, et al. 2013. “Centennial‐Scale Fluctuations and Regional Complexity Characterize Pacific Salmon Population Dynamics over the Past Five Centuries.” Proceedings of the National Academy of Sciences 110 (5): 1750–55. Romanuk, T.N., and C.D. Levings. 2006. “Relationships between Fish and Supralittoral Vegetation in Nearshore Marine Habitats.” Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems 16 (2): 115–32. 117  Sakamaki, T., and J.S. Richardson. 2008. “Retention, Breakdown, and Biological Utilisation of Deciduous Tree Leaves in an Estuarine Tidal Flat of Southwestern British Columbia.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 65 (1): 38–46.  Salm, R.V., J.R. Clark, and E. Siirila. 2000. Marine and Coastal Protected Areas: A Guide for Planners and Managers. 3rd ed. Washington, DC: International Union for Conservation of Nature. Schiemer, F., M. Zalewski, and J.E. Thorpe. 1995. “Land/Inland Water Ecotones: Intermediate Habitats Critical for Conservation and Management.” Hydrobiologia 303 (1–3): 259–64.  Schindler, D.W., and J.P. Smol. 2006. “Cumulative Effects of Climate Warming and Other Human Activities on Freshwaters of Arctic and Subarctic North America.” AMBIO: A Journal of the Human Environment 35 (4): 160–68. Shorey, W.K. 1973. “Macrobenthic Ecology of a Sawdust‐Bearing Substrate in the Penobscot River Estuary (Maine).” Journal of the Fisheries Research Board of Canada 30 (4): 493–97.  Short, F.T., and H.A. Neckles. 1998. “The Effects of Global Climate Change on Seagrasses.” Aquatic Botany 63 (3–4): 169–96.  Shreffler, D.K., C. Simenstad, and R.M. Thom. 1990. “Temporary Residence by Juvenile Salmon in a Restored Estuarine Wetland.” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 47 (11): 2079–91.  Simenstad, C.A., L.F. Small, and C.D. McIntire. 1990. “Consumption Processes and Food Web Structure in the Columbia River Estuary.” Progress in Oceanography 25 (1–4): 271–97.  Skinner, L.A., S.E. LaPatra, A. Adams, K.D. Thompson, S.K. Balfry, R.S. McKinley, and P.M. Schulte. 2010. “Supra‐Physiological Levels of Cortisol Suppress Lysozyme but Not the Antibody Response in 118  Atlantic Salmon, Salmo salar L., Following Vaccine Injection.” Aquaculture 300 (1): 223–30. doi:10.1016/j.aquaculture.2010.01.002. Smith, C.L., and C.R. Powell. 1971. “The Summer Fish Communities of Brier Creek, Marshall County, Oklahoma.” American Museum Novitates 2458: 1–30. Smith, T. M., and R.L. Smith. 2008. Elements of Ecology. 7th ed. San Francisco: Benjamin Cummings. Sobocinski, K.L., J.R. Cordell, and C.A. Simenstad. 2004. “Fish Habitat Values and Functions of the Marine Riparian Zone.” In Proceedings of the DFO/PSAT Sponsored Marine Riparian Experts Workshop, Tsawwassen, BC, February 17–18, 2004 (Canadian Manuscript Report of Fisheries and Aquatic Sciences No. 2680), ed. J.P. Lemieux, J. Brennan, M. Farrell, C.D. Levings, and D. Myers, 25–30. Vancouver: Fisheries and Oceans Canada.  Steele, J.H. 1998. “Regime Shifts in Marine Ecosystems.” Ecological Applications 8 (Supp.): S33–S36. Svanbäck, R., and D.I. Bolnick. 2007. “Intraspecific Competition Drives Increased Resource Use Diversity within a Natural Population.” Proceedings of the Royal Society of London: Biological Sciences 274 (1611): 839–44. Sverdrup, H.U., M.W. Johnson, and R.H. Fleming. 1942. The Oceans: Their Physics, Chemistry, and General Biology. Vol. 7. New York: Prentice‐Hall. Syvitski, J.P.M., D.C. Burrell, and J.M. Skei. 1986. Fjords: Processes and Products. New York: Springer‐Verlag.  Tagliapietra, D., M. Sigovini, and A. Volpi Ghirardini. 2009. “A Review of Terms and Definitions to Categorize Estuaries, Lagoons and Associated Environments.” Marine and Freshwater Research 60 (6): 497–509.  119  Tamas, D.A. 1988. “The US National Marine Sanctuary Program: An Analysis of the Program's Implementation and Current Issues.” Coastal Management 16 (4): 275–93.  Tamasi, R., P. Wainwright, and S. North. 1997. Baynes Sound Fish Habitat Atlas – Prototype. Report prepared by LGL Limited for Oceans Habitat Action Plan, Environmental Analysis Component. Ottawa: Fisheries and Oceans Canada. Tarbotton, M., and P.G. Harrison. 1996. A Review of Recent Physical and Biological Development of the Southern Roberts Bank Seagrass System 1950-1994. Prepared for the Roberts Bank Environmental Review Committee, Vancouver by Triton Consultants Lt. Vancouver.  Teal, J.M. 1962. “Energy Flow in the Salt Marsh Ecosystem.” Ecology 43 (4): 614–24.  Tinsley, D. 1998. “The Thames Estuary: A History of the Impact of Humans on the Environment and a Description of the Current Approach to Environmental Management.” In A Rehabilitated Estuarine Ecosystem: The Environment and Ecology of the Thames Estuary, ed. M.J. Attrill, 5–26. London: Kluwer Academic Publishers. doi:10.1007/978‐1‐4419‐8708‐2_2. Tully, J.P. 1949. Oceanography and the Prediction of Pulp Mill Pollution in Alberni Inlet. Fisheries Research Board Canadian Bulletin No. 83. Ottawa: Fisheries and Oceans Canada. Tutty, B. D., B.A. Raymond, and K. Conlin. 1983. Estuarine Restoration and Salmonid Utilization of a Previously Dyked Slough in the Englishman River Estuary, Vancouver Island, British Columbia. Canadian Manuscript Report of Fisheries and Aquatic Sciences No. 1689. Vancouver: Fisheries and Oceans Canada, Pacific Region. United Kingdom Environment Agency. 2007. “United Kingdom Environmental Quality Standards.” http://webarchive.nationalarchives.gov.uk/20140328084622/http://www.environment‐agency.gov.uk/research/planning/40295.aspx. 120  US National Academy of Sciences. 1971. Radioactivity in the Marine Environment. Panel on Radioactivity in the Marine Environment of the Committee on Oceanography. Washington, DC: National Academy of Sciences. Van Wilgen, B.W., R.M. Cowling, and C.J. Burgers. 1996. “Valuation of Ecosystem Services.” BioScience 46 (3): 184–89. Walker, B., and D. Salt. 2006. Resilience Thinking: Sustaining Ecosystems and People in a Changing World. Washington, DC: Island Press. Walling, D.E., and B.W. Webb. 1996. “Erosion and Sediment Yield: A Global Overview.” In Proceedings of the Exeter Symposium, July 1996 (International Association of Hydraulic Sciences Publication No. 236), 3–19. Oxfordshire: International Association of Hydraulic Sciences Press.  Warren, C.E. 1971. Biology and Water Pollution Control. Philadelphia: W.B. Saunders. Whited, D.C., J.S. Kimball, M.S. Lorang, and J.A. Stanford. 2011. “Estimation of Juvenile Salmon Habitat in Pacific Rim Rivers Using Multiscalar Remote Sensing and Geospatial Analysis.” River Research and Applications 29 (2): 135–48. doi:10.1002/rra.1585. Whitehouse, T.R., C.D. Levings, and J.S. Macdonald. 1993. “Chironomid (Diptera) Insects from Natural and Transplanted Estuarine Marshes in British Columbia.” In Proceedings of the 1993 Canadian Coastal Conference, Vancouver, May 4–7, 1993, ed. D. Leighton, 500–24. Ottawa: Coastal Zone Engineering Program, National Research Council of Canada. Widdows, J., A.J. Bale, M.D. Brinsley, P. Somerfield, and R.J. Uncles. 2007. “An Assessment of the Potential Impact of Dredging Activity on the Tamar Estuary over the Last Century: Ecological Changes and Potential Drivers.” Hydrobiologia 588 (1): 97–108. 121  Williams, J.G. 2008. “Mitigating the Effects of High‐Head Dams on the Columbia River, USA: Experience from the Trenches.” Hydrobiologia 609 (1): 241–51. Wolf, E.G., B. Morson, and K.W. Fucik. 1983. “Preliminary Studies of Food Habits of Juvenile Fish, China Poot Marsh and Potter Marsh, Alaska, 1978.” Estuaries 6 (2): 102–14.  Wolfe, D.A., and B. Kjerfve. 1986. “Estuarine Variability: An Overview.” In Estuarine Variability, ed. D.A. Wolfe, 3–17. London: Academic Press. Wrona, F.J., T.D. Prowse, J.D. Reist, J.E. Hobbie, L.M. Lévesque, and W.F. Vincent. 2006. “Climate Impacts on Arctic Freshwater Ecosystems and Fisheries: Background, Rationale and Approach of the Arctic Climate Impact Assessment (ACIA).” AMBIO: A Journal of the Human Environment 35 (7): 326–29. Xiong, Q., and T.C. Royer. 1984. “Coastal Temperature and Salinity in the Northern Gulf of Alaska, 1970–1983.” Journal of Geophysical Research 89 (C5): 8061–68. Yamamuro, M., J.I. Hiratsuka, Y. Ishitobi, S. Hosokawa, and Y. Nakamura. 2006. “Ecosystem Shift Resulting from Loss of Eelgrass and Other Submerged Aquatic Vegetation in Two Estuarine Lagoons, Lake Nakaumi and Lake Shinji, Japan.” Journal of Oceanography 62 (4): 551–58.  Invasive Species in Salmonid Estuaries Aoyama, T., K. Naito, K., and T. Takami. 1999. “Occurrence of Sea‐Run Migrant Brown Trout (Salmo trutta) in Hokkaido, Japan.” Science Reports of the Hokkaido Salmon Hatchery 53: 81–83. Berger, V.J.A., and A.D. Naumov. 2002. “Biological Invasions in the White Sea.” In Invasive Aquatic Species of Europe: Distribution, Impacts, and Management, ed. E. Leppakoski, S. Gollasch, and S. Olenin, 35–239. Dordrecht, Netherlands: Kluwer Academic Publishers. 122  Bollens, S.M., J.R. Cordell, S. Avent, and R. Hooff. 2002. “Occurrences, Causes and Consequences of Zooplankton Invasions: A Brief Review, Plus Two Case Studies from the Northeast Pacific Ocean.” Hydrobiologia 480 (1–3): 87–110. Caffrey, J.M., B. Hayden, and T. Walsh. 2007. Dace (Leuciscus leuciscus L.), an Invasive Fish Species in Ireland. Irish Freshwater Fisheries, Ecology and Management Series, No. 5. Dublin: Central Fisheries Board. Cambray, J.A. 2003. “The Global Impact of Alien Trout Species – A Review; with Reference to Their Impact in South Africa.” African Journal of Aquatic Science 28 (1): 61–67. Cordell, J.R., S.M. Bollens, R. Draheim, and M. Sytsma. 2008. “Asian Copepods on the Move: Recent Invasions in the Columbia‐Snake River System, USA.” ICES Journal of Marine Science 65 (5): 753–58. Cordell, J.R., M. Rasmussen, and S.M. Bollens. 2007. “Biology of the Introduced Copepod Pseudodiaptomus inopinus in a Northeast Pacific Estuary.” Marine Ecology Progress Series 333: 213–27. Fuller, P.L., L.G. Nico, and J.D. Williams. 1999. Nonindigenous Fishes Introduced into Inland Waters of the United States. American Fisheries Society Special Publication 27. Gainesville, FL: US Geological Survey. Hasegawa, K., T. Yamamoto, and S. Kitanishi. 2010. “Habitat Niche Separation of the Nonnative Rainbow Trout and Native Masu Salmon in the Atsuta River, Hokkaido, Japan.” Fisheries Science 76 (2): 251–56. 123  Heland, M., and E. Beall. 1997. “Étude expérimentale de la compétition interspécifique entre juvéniles de saumon coho, Oncorhynchus kisutch, et de saumon atlantique, Salmo salar, en eau douce.” Bulletin Français de la Pêche et de la Pisciculture (344–45): 241–52. Herbst, D.B., E.L. Silldorff, and S.D. Cooper. 2009. “The Influence of Introduced Trout on the Benthic Communities of Paired Headwater Streams in the Sierra Nevada of California.” Freshwater Biology 54 (6): 1324–42. Imperial, M.T., and T.M. Hennessey. 1996. “An Ecosystem‐Based Approach to Managing Estuaries: An Assessment of the National Estuary Program.” Coastal Management 24 (2): 115–39. Kato, K. 1985. “Natural Spawning of Rainbow Trout Salmo gairdneri in the Upper Tama River, Tokyo.” Bulletin of the Japanese Society of Scientific Fisheries 51: 1947–53. [In Japanese with English abstract] Levings, C.D., D. Kieser, D., G.S. Jamieson, and S. Dudas. 2002. “Marine and Estuarine Alien Species in the Strait of Georgia, British Columbia.” In Alien Invaders in Canada’s Waters, Wetlands, and Forests, ed. R. Claudia, P. Nantel, and E. Muckle‐Jeffs, 111–31. Ottawa: Natural Resources Canada, Canadian Forest Service. McDowall, R.M. 1990. “When Galaxiid and Salmonid Fishes Meet: A Family Reunion in New Zealand.” Journal of Fish Biology 37 (SA): 35–43. –. 2001. “The Origin of the Salmonid Fishes: Marine, Freshwater... or Neither?” Reviews in Fish Biology and Fisheries 11 (3): 71–179. Nehring, S., and K.J. Hesse. 2008. “Invasive Alien Plants in Marine Protected Areas: The Spartina anglica Affair in the European Wadden Sea.” Biological Invasions 10 (6): 937–50. 124  Nicholls, A.G. 1957. “The Tasmanian Trout Fishery. 11. The Fishery of the North‐West Region.” Australian Journal of Marine and Freshwater Research 9 (1): 19–59. Pascual, M.A., J.L. Lancelotti, B. Ernst, J.E. Ciancio, E. Aedo, and M. Garcia‐Asorey. 2009. “Scale, Connectivity, and Incentives in the Introduction of Non‐Native Species: The Case of Exotic Salmonids in Patagonia.” Frontiers in Ecology and the Environment 7: 533–40.  Petersen, J.H., R.A. Hinrichsen, D.M. Gadomski, D.H. Feil, and D.W. Rondorf. 2003. “American Shad in the Columbia River.” In Biodiversity, Status, and Conservation of the World’s Shads, ed. Karin E. Limburg and John R. Waldman, American Fisheries Society Symposium 35: 141–55. Preisler, R.K., K. Wasson, W.J. Wolff, and M.C. Tyrrell. 2009. “Invasions of Estuaries vs. the Adjacent Open Coast: A Global Perspective.” In Biological Invasions in Marine Ecosystems, Ecological Studies, ed. G. Rilov and J.A. Crooks, 24: 587–617. Heidelberg: Springer‐Verlag.  Schoenherr, A.A. 1981. “The Role of Competition in the Replacement of Native Fishes by Introduced Species.” In Fishes in North American Deserts, ed. R.S. Naiman and D.L. Stolz, 173–203. New York: Wiley. Solar, I.I. 2009. “Use and Exchange of Salmonid Genetic Resources Relevant for Food and Aquaculture.” Reviews in Aquaculture 1 (3–4): 174–96.  Soto, D., I. Arismendi, J. Gonzalez, J. Sanzana, F. Jara, C. Jara, et al. 2006. “Southern Chile, Trout and Salmon Country: Invasion Patterns and Threats for Native Species. (Sur de Chile, país de truchas y salmones: patrones de invasión y amenazas para las especies nativas).” Revista chilena de historia natural 79 (1): 97–117. In English with Spanish abstract. Sytsma, M.D., J.R. Cordell, J.W. Chapman, and R.C. Draheim. 2004. Lower Columbia River Aquatic Nonindigenous Species Survey 2001–2004. Center for Lakes and Reservoirs Publications and 125  Presentations, Paper 23. Portland, OR: Portland State University. http://pdxscholar.library.pdx.edu/centerforlakes_pub/23. Takami, T., and T. Aoyama. 1999. “Distributions of Rainbow and Brown Trout in Hokkaido, Northern Japan.” Wildlife Conservation Japan 4 (1): 41–48. Townsend, C.R. 1996. “Invasion Biology and Ecological Impacts of Brown Trout Salmo trutta in New Zealand.” Biological Conservation 78 (1–2): 13–22.  Webb, B.F. 1973. “Fish Populations of the Avon‐Heathcote Estuary: 5. Records of Less Common Species.” New Zealand Journal of Marine and Freshwater Research 7 (4): 307–21. Young, K.A., J.B. Dunham, J.F. Stephenson, A. Terreau, A.F. Thailly, G. Gajardo, and C. Garcia de Leaniz. 2010. “A Trial of Two Trouts: Comparing the Impacts of Rainbow and Brown Trout on a Native Galaxid.” Animal Conservation 13 (4): 399–410. Methods Baran, E., and F. Warry. 2008. Simple Data Analysis for Biologists. Phnom Penh: WorldFish Center and the Fisheries Administration. http://www.worldfishcenter.org/resource_centre/WF_1817.pdf. Borgstrøm, R., J. Opdahl, M.A. Svenning, M. Länsman, P. Orell, E. Niemelä, et al. 2010. “Temporal Changes in Ascendance and In‐Season Exploitation of Atlantic Salmon, Salmo salar, Inferred by a Video Camera Array.” Fisheries Management and Ecology 17 (5): 454–63. Cadima, E.X., A.M. Caramelo, M. Afonso‐Dias, P. Conte de Barros, M.O. Tandstad, and J.I. de Leiva‐Moreno. 2005. Sampling Methods Applied to Fisheries Science: A Manual. FAO Fisheries Technical Paper 434. Rome: Food and Agriculture Organization of the United Nations. Diana, J.S. 2004. Biology and Ecology of Fishes. 2nd ed. Traverse City, MI: Biological Sciences Press. 126  Elliott, M., and K.L. Hemingway. 2002. “Field Methods.” In Fishes in Estuaries, ed. M. Elliott and K. Hemingway, 410–509. Oxford: Blackwell Science. Gotelli, N.J., and A.M. Ellison. 2004. A Primer of Ecological Statistics. Sunderland, MA: Sinauer Associates. Hayes, D.B., C.P. Ferreri, and W.W. Taylor. 2012. “Active Fish Capture Methods.” In Fisheries Techniques, ed. D.B. Hayes, C.P. Ferreri, and W.W. Taylor, 267–304. Bethesda, MD: American Fisheries Society. Hubert, W.A., K.L. Pope, and J.M. Dettmers. 2012. “Passive Capture Techniques.” In Fisheries Techniques, 3rd ed., ed. A.V. Zale, D.L. Parrish, and T.M. Sutton, 223–65. Bethesda, MD: American Fisheries Society. Jaenicke, H.W., A.G. Celewycz, J.E. Bailey, and J.A. Orsi. 1985. “Paired Open Beach Seines to Study Estuarine Migrations of Juvenile Salmon.” Marine Fisheries Review 46 (3): 62. Kelly, F.L., L. Connor, R. Matson, E. Morrissey, C. Wogerbauer, R. Feeney, and K. Rocks. 2012. Water Framework Directive Fish Stock Survey of Transitional Waters in the South Western River Basin District. Dublin: Inland Fisheries Ireland. Levings, C.D., and M.S. Kotyk. 1983. Results of Two Boat Trawling for Juvenile Salmonids in Discovery Passage and Nearby Channels, Northern Strait of Georgia. Canadian Manuscript Report of Fisheries and Aquatic Sciences No. 1730. West Vancouver: Fisheries and Oceans Canada. Levings, C.D., G.L. Greer, and P. Miller. 1983. Results of Preliminary Mark‐Capture Experiments with Juvenile Salmonids on Sturgeon and Roberts Bank, Fraser River Estuary. Canadian Manuscript Report of Fisheries and Aquatic Sciences No. 1684. West Vancouver: Fisheries and Oceans Canada. 127  McMichael, G.A., M.B. Eppard, T.J. Carlson, J.A. Carter, B.D. Ebberts, R.S. Brown, et al. 2010. “The Juvenile Salmon Acoustic Telemetry System: A New Tool.” Fisheries (Bethesda, MD) 35 (1): 9–22.  Muncy, R.J., N.C. Parker, and H.A. Poston. 1990. “Inorganic Chemical Marks Induced in fish.” In Fish‐Marking Techniques, ed. N.C. Parker; A.E. Giorgi; R.C. Heidinger; D.B. Jester, Jr.; E.D. Prince; and G.A. Winans, 541–46. American Fisheries Society Symposium 7.  Shin, Y.‐J., L.J. Shannon, A. Bundy, M. Coll, K. Aydin, N. Bez, et al. 2010. “Using Indicators for Evaluating, Comparing, and Communicating the Ecological Status of Exploited Marine Ecosystems. 2. Setting the Scene.” ICES Journal of Marine Science 67 (4): 692–716. doi:10.1093/icesjms/fsp294. Sonoma County Water Agency. 2014. Fisheries Monitoring in Lower Mainstem Russian River Tributaries and Estuary. http://www.scwa.ca.gov/files/docs/projects/rrifr/2010_LowerRiverFisheriesMonitoring_LandownerAccessSummary‐final.pdf. Thorsteinsson, V. 2002. Tagging Methods for Stock Assessment and Research in Fisheries. Report of Concerted Action FAIR CT.96.1394 (CATAG). Marine Research Institute Technical Report No. 79. Reykjavik: Marine Research Institute.   128  Appendix 5  Colour Photos Linked to Figures in the Book Figure 2  Figure 2 The Yamato River estuary, Japan, from the eighteenth century, showing how the mouth of the river was straightened for shipping. Notes: Development of the port is indicated by streets and roads. This estuary is now completely developed and is part of Sakai City, near Osaka. Source: From Japanese Maps of the Tokugawa Era, University British Columbia, Digital Collection, with permission. 129  Figure 8  Beach and vegetation habitat near Tvärminne, Finland, on the Baltic Sea near the estuary of the Svartå River. Source: Photo by Dr. Alf Norkko, Tvärminne Zoological Station, reproduced with permission.    130  Figure 9  Eastern sector of the outer Homathko River estuary, an undisturbed estuary on fjordic Bute Inlet, British Columbia. Notes: a = riverine channel of a branch of the main river, b = sandflats, c = mudflats, d = brackish marsh, e = riparian vegetation, f = tidal channel, g = wet meadow, h = tidal swamp‐forested. Arrow in lower centre is seaward towards the coastal zone. On the left, a new channel recently created by the main river breaking through the forested flood plain can be seen. Source: Photo by author, August, 1980. .    b c b d e a      f a  g 131  Figure 10  Intertidal zone of Bute Inlet, British Columbia, in the coastal zone further seaward from the outer Homathko River estuary shown in Figure 9. Note: Macroalgae at the low and mid‐intertidal zone grade into riparian vegetation at higher elevations. Source: Photo by Neil McDaniel; August, 1967, reproduced with permission.     132  Figure 11 (right panel)   Aerial infra-red photograph of Roberts Bank, Fraser River estuary, British Columbia, Canada, taken at low tide  in 1975. Notes: The causeway shown in the centre leads to a coal port terminal built on an artificial island. In the right centre, another causeway leads to a ferry terminal. An eelgrass bed lies in the low intertidal zonation between the two causeways. Sand flats and salt marsh are found in the higher intertidal. See left panel in the main book to locate sampling locations used by Macdonald, 1994.  Source: Photo by Tarbotton and Harrison, 1996, reproduced with permission.   133  Figure 13  Left panel: Brown trout, Klamath River estuary, California. Right panel: Sea trout, Rio Grande River estuary, Argentina. Source: Brown trout photo by Mike Wallace, California Fish and Wildlife, Arcata, California, reproduced with permission. Sea trout photo by Lynn Palensky, Portland, Oregon, reproduced with permission.    134  Figure 14  Antennae for PIT tags and fyke net used to assess migrations and residency of juvenile Chinook salmon at a tidal channel in the Salmon River estuary, Oregon. Source: Reproduced from Hering et al. 2010, copyright 2008 Canadian Science Publishing or its licensors. Reproduced with permission.    135  Figure 22  Sea wall at the St. Lawrence River estuary (Île d’Orleans) near Québec City. Woody debris from fragmented riparian vegetation has collected at the base of the seawall. Source: Photo by author, April, 2011. 136  Orkla River Estuary, Norway  Training walls at the Orkla River estuary, Norway, looking downstream.  Source: Photo by author, June, 2005.   137  The Mølnargårds River Estuary, Norway  The Mølnargårds River estuary near the museum in Botngård, Sor‐Trondelag County, Norway.  Source: Photo by author, June, 2005.     138  Nisqually River Estuary, Washington  Breaching a dike to restore a previously isolated portion of the Nisqually River estuary, Washington. Source: Photo by the US Fish and Wildlife Service, reproduced with permission.   

Cite

Citation Scheme:

        

Citations by CSL (citeproc-js)

Usage Statistics

Share

Embed

Customize your widget with the following options, then copy and paste the code below into the HTML of your page to embed this item in your website.
                        
                            <div id="ubcOpenCollectionsWidgetDisplay">
                            <script id="ubcOpenCollectionsWidget"
                            src="{[{embed.src}]}"
                            data-item="{[{embed.item}]}"
                            data-collection="{[{embed.collection}]}"
                            data-metadata="{[{embed.showMetadata}]}"
                            data-width="{[{embed.width}]}"
                            async >
                            </script>
                            </div>
                        
                    
IIIF logo Our image viewer uses the IIIF 2.0 standard. To load this item in other compatible viewers, use this url:
http://iiif.library.ubc.ca/presentation/dsp.641.1-0225821/manifest

Comment

Related Items